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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vx0 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | The structure of GdmN complex with ATP | ||||||||||||||||||||||||
![]() | GdmN | ||||||||||||||||||||||||
![]() | TRANSFERASE / Carbamoylation / Ansamycins antibiotics / Homodimer | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Wei, J. / Zheng, J. / Zhou, J. / Kang, Q. / Bai, L. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 7件
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![]() | ![]() タイトル: Endowing homodimeric carbamoyltransferase GdmN with iterative functions through structural characterization and mechanistic studies. 著者: Wei, J. / Zhang, X. / Zhou, Y. / Cheng, X. / Lin, Z. / Tang, M. / Zheng, J. / Wang, B. / Kang, Q. / Bai, L. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 350.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 224.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 51.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 72.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7vyjC ![]() 7vyoC ![]() 7vypC ![]() 7vznC ![]() 7vzqC ![]() 7vzuC ![]() 7vzyC ![]() 7vzzC ![]() 3venS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 76536.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: gdmN / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 8種, 478分子 ![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/CP.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/CP.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 化合物 | ChemComp-EDO / #7: 化合物 | ChemComp-CP / | #8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.25 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M Lithium sulfate monohydrate, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350 and 0.1 M Tris, pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97853 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 113024 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.7 % / Biso Wilson estimate: 24.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 36.368 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / Rmerge(I) obs: 1.025 / Num. unique obs: 5618 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3VEN 解像度: 2→25.64 Å / SU ML: 0.1953 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.4677 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.16 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→25.64 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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