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- PDB-7vww: X-ray structure of a domain-swapped poly-glutamine Monellin mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vww
タイトルX-ray structure of a domain-swapped poly-glutamine Monellin mutant
要素Monellin chain B,Monellin chain A
キーワードPLANT PROTEIN (植物) / X-ray crystal structure (X線回折)
機能・相同性Monellin, A chain / Monellin, A chain superfamily / Monellin, B chain / モネリン / モネリン / Cystatin superfamily / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Monellin chain A / Monellin chain B
機能・相同性情報
生物種Dioscoreophyllum cumminsii (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Manjula, R. / Ramaswamy, S. / Gosavi, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Effect of polyQ on protein assembly
著者: Manjula, R. / Gosavi, S. / Subramanian, R.
履歴
登録2021年11月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Monellin chain B,Monellin chain A
B: Monellin chain B,Monellin chain A
C: Monellin chain B,Monellin chain A
D: Monellin chain B,Monellin chain A
E: Monellin chain B,Monellin chain A
F: Monellin chain B,Monellin chain A
G: Monellin chain B,Monellin chain A
H: Monellin chain B,Monellin chain A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,80332
ポリマ－84,2568
非ポリマー2,54724
水1,20767
1
A: Monellin chain B,Monellin chain A
B: Monellin chain B,Monellin chain A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8079
ポリマ－21,0642
非ポリマー7437
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5840 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area11530 Å2
手法PISA
2
C: Monellin chain B,Monellin chain A
D: Monellin chain B,Monellin chain A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,01911
ポリマ－21,0642
非ポリマー9559
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5700 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area11230 Å2
手法PISA
3
E: Monellin chain B,Monellin chain A
F: Monellin chain B,Monellin chain A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5957
ポリマ－21,0642
非ポリマー5315
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5610 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area10900 Å2
手法PISA
4
G: Monellin chain B,Monellin chain A
H: Monellin chain B,Monellin chain A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3825
ポリマ－21,0642
非ポリマー3183
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5700 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area11370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.309, 68.149, 84.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.66, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Monellin chain B,Monellin chain A / Monellin chain II / Monellin chain I


分子量: 10531.993 Da / 分子数: 8 / 変異: R48Q,E49Q,I50Q,K51Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dioscoreophyllum cumminsii (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02882, UniProt: P02881
#2: 化合物...
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M Carboxylic acid, 0.1M Buffer system-2 pH7.5, 50% of precipitation mix-1 condition of Morpheus complete HT-96

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→53.12 Å / Num. obs: 26343 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 47.02 Å2 / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 50642
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.7-2.8320.397684335060.6820.3970.5611.6100
8.96-53.121.80.0213787620.9990.020.02917.899.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18_3845: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7EUA

7eua


解像度: 2.7→45.37 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3241 1228 4.72 %
Rwork0.2629 --
obs0.2657 26035 98.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→45.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5741 0 168 67 5976
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026043
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3578098
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.331892
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041820
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021055
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.810.36721400.32542761X-RAY DIFFRACTION100
2.81-2.940.34921480.28922748X-RAY DIFFRACTION100
2.94-3.090.28941140.27922804X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.280.34411600.28972723X-RAY DIFFRACTION100
3.28-3.540.48821180.34552687X-RAY DIFFRACTION96
3.54-3.890.32731200.30612696X-RAY DIFFRACTION96
3.89-4.460.30421220.23352758X-RAY DIFFRACTION98
4.46-5.610.27511430.20392802X-RAY DIFFRACTION100
5.61-45.370.29221630.23132828X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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