PDB-7vwo: TA complex from Mycobacterium tuberculosis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vwo

タイトル

TA complex from Mycobacterium tuberculosis

要素

Antitoxin VapB43
Ribonuclease VapC43

キーワード

TOXIN/ANTITOXIN / Toxin-Antitoxin complex Ribonuclease / TOXIN / TOXIN-ANTITOXIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of growth / negative regulation of growth / RNA nuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Eun, H.-J. / Lee, B.-J. / Lee, J.-Y.

資金援助

韓国, 3件

組織	認可番号	国
National Research Foundation (NRF, Korea)	2018R1A5A2024425	韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)	2021R1F1A1050961	韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)	2021 BK21 Plus Project for Medicine, Dentistry and Pharmacy	韓国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: TA complex from Mycobacterium tuberculosis
著者: Eun, H.-J. / Lee, B.-J. / Lee, J.-Y.

履歴

登録	2021年11月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vwo.cif.gz	386.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vwo.ent.gz	316.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vwo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vw/7vwo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vw/7vwo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribonuclease VapC43

B: Ribonuclease VapC43

E: Ribonuclease VapC43

K: Ribonuclease VapC43

I: Ribonuclease VapC43

G: Ribonuclease VapC43

H: Antitoxin VapB43

D: Antitoxin VapB43

J: Antitoxin VapB43

105 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribonuclease VapC43

B: Ribonuclease VapC43

D: Antitoxin VapB43

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
35 kDa, 3 ポリマー
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2

E: Ribonuclease VapC43

G: Ribonuclease VapC43

H: Antitoxin VapB43

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35 kDa, 3 ポリマー
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3

K: Ribonuclease VapC43

I: Ribonuclease VapC43

J: Antitoxin VapB43

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	50.847, 74.501, 74.882
Angle α, β, γ (deg.)	73.16, 70.24, 70.03
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	ASP	ASP	A	A	1 - 142	1 - 142
2	1	MET	MET	ASP	ASP	B	B	1 - 142	1 - 142
1	2	MET	MET	ASP	ASP	A	A	1 - 142	1 - 142
2	2	MET	MET	ASP	ASP	E	C	1 - 142	1 - 142
1	3	MET	MET	ASP	ASP	A	A	1 - 142	1 - 142
2	3	MET	MET	ASP	ASP	K	D	1 - 142	1 - 142
1	4	MET	MET	ASP	ASP	A	A	1 - 142	1 - 142
2	4	MET	MET	ASP	ASP	I	E	1 - 142	1 - 142
1	5	MET	MET	ASP	ASP	A	A	1 - 142	1 - 142
2	5	MET	MET	ASP	ASP	G	F	1 - 142	1 - 142
1	6	MET	MET	ASP	ASP	B	B	1 - 142	1 - 142
2	6	MET	MET	ASP	ASP	E	C	1 - 142	1 - 142
1	7	MET	MET	ASP	ASP	B	B	1 - 142	1 - 142
2	7	MET	MET	ASP	ASP	K	D	1 - 142	1 - 142
1	8	MET	MET	ASP	ASP	B	B	1 - 142	1 - 142
2	8	MET	MET	ASP	ASP	I	E	1 - 142	1 - 142
1	9	MET	MET	ASP	ASP	B	B	1 - 142	1 - 142
2	9	MET	MET	ASP	ASP	G	F	1 - 142	1 - 142
1	10	MET	MET	ASP	ASP	E	C	1 - 142	1 - 142
2	10	MET	MET	ASP	ASP	K	D	1 - 142	1 - 142
1	11	MET	MET	ASP	ASP	E	C	1 - 142	1 - 142
2	11	MET	MET	ASP	ASP	I	E	1 - 142	1 - 142
1	12	MET	MET	ASP	ASP	E	C	1 - 142	1 - 142
2	12	MET	MET	ASP	ASP	G	F	1 - 142	1 - 142
1	13	MET	MET	ASP	ASP	K	D	1 - 142	1 - 142
2	13	MET	MET	ASP	ASP	I	E	1 - 142	1 - 142
1	14	MET	MET	ASP	ASP	K	D	1 - 142	1 - 142
2	14	MET	MET	ASP	ASP	G	F	1 - 142	1 - 142
1	15	MET	MET	ASP	ASP	I	E	1 - 142	1 - 142
2	15	MET	MET	ASP	ASP	G	F	1 - 142	1 - 142
1	16	TYR	TYR	ASN	ASN	H	G	1 - 28	1 - 28
2	16	TYR	TYR	ASN	ASN	D	H	1 - 28	1 - 28
1	17	TYR	TYR	ASN	ASN	H	G	1 - 28	1 - 28
2	17	TYR	TYR	ASN	ASN	J	I	1 - 28	1 - 28
1	18	TYR	TYR	ASN	ASN	D	H	1 - 28	1 - 28
2	18	TYR	TYR	ASN	ASN	J	I	1 - 28	1 - 28

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Ribonuclease VapC43 / RNase VapC43 / Toxin VapC43 分子量: 16081.110 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: vapC43, Rv2872, MTCY274.03 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3)pLysS 参照: UniProt: P9WF55, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質・ペプチド	Antitoxin VapB43 分子量: 2862.205 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: vapB43, Rv2871, MTCY274.02 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P9WL41
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 618 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Potassium chloride, 0.1 M Magnesium acetate tetrahydrate 0.05 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5 10% w/v Polyethylene glycol 8,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→44.55 Å / Num. obs: 59128 / % possible obs: 95.67 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.048 / R_pim(I) all: 0.042 / R_rim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 5.1
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / Num. unique obs: 8216 / CC_1/2: 0.323

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→44.55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 12.045 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24685	2962	4.8 %	RANDOM
R_work	0.2014	-	-	-
obs	0.2036	59128	96.36 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.22 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.1 Å²	0.68 Å²	-1.23 Å²
2-	-	-0.8 Å²	0.2 Å²
3-	-	-	0.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2→44.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7388	0	0	618	8006

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.013	7563
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	7089
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.936	1.638	10290
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.469	1.586	16098
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.023	5	927
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.512	19.593	516
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.05	15	1146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.681	15	108
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	924
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	8793
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1995
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.858	3.007	3735
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.858	3.008	3734
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.676	4.494	4653
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.676	4.493	4654
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.606	3.497	3828
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.605	3.496	3829
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.28	5.071	5638
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.122	38.1	8873
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.083	37.509	8755
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	4542	0.09
1	2	B	4542	0.09
2	1	A	4505	0.1
2	2	E	4505	0.1
3	1	A	4503	0.1
3	2	K	4503	0.1
4	1	A	4500	0.09
4	2	I	4500	0.09
5	1	A	4611	0.07
5	2	G	4611	0.07
6	1	B	4606	0.08
6	2	E	4606	0.08
7	1	B	4478	0.1
7	2	K	4478	0.1
8	1	B	4505	0.09
8	2	I	4505	0.09
9	1	B	4523	0.1
9	2	G	4523	0.1
10	1	E	4463	0.1
10	2	K	4463	0.1
11	1	E	4468	0.09
11	2	I	4468	0.09
12	1	E	4523	0.09
12	2	G	4523	0.09
13	1	K	4592	0.07
13	2	I	4592	0.07
14	1	K	4492	0.1
14	2	G	4492	0.1
15	1	I	4511	0.09
15	2	G	4511	0.09
16	1	H	578	0.15
16	2	D	578	0.15
17	1	H	566	0.17
17	2	J	566	0.17
18	1	D	565	0.16
18	2	J	565	0.16

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.293	198	-
R_work	0.276	4309	-
obs	-	-	95.37 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3491	-0.5923	0.1669	2.5832	-0.036	1.9752	-0.0718	-0.1107	0.3172	0.1741	0.1517	0.0574	-0.1134	0.0101	-0.0799	0.1641	0.0186	0.0721	0.0113	-0.0013	0.0698	3.552	5.7041	9.8111
2	2.9828	-0.7989	1.4015	2.3855	-0.0789	2.3252	-0.0352	0.2939	-0.1043	-0.2268	0.1583	0.2457	-0.0046	0.0235	-0.1231	0.1456	-0.03	0.0411	0.111	0.0468	0.0805	-5.6948	-7.0609	-7.2889
3	2.949	0.4965	-0.9592	2.092	-0.0115	2.1724	-0.0717	-0.2806	0.0944	0.2312	0.1943	0.187	0.0612	-0.0667	-0.1226	0.138	0.0537	0.0471	0.1132	0.0525	0.0494	19.6802	-24.0685	16.32
4	0.8558	-0.0485	0.1034	3.6228	-0.8182	2.7983	0.1797	0.0457	-0.1697	-0.249	-0.1373	0.0307	0.3543	-0.0507	-0.0425	0.112	0.0012	-0.0097	0.1517	0.029	0.0787	16.4912	-33.8556	-32.8661
5	0.9918	0.2216	0.0518	4.042	-0.7565	3.2037	0.1534	-0.0526	0.1412	0.304	-0.1606	-0.0487	-0.3784	-0.052	0.0072	0.1327	0.0107	0.0714	0.1308	0.0275	0.0752	16.401	-11.0389	-27.1354
6	3.4445	0.5895	-0.0952	2.7184	0.1852	1.976	-0.0152	0.1256	-0.3206	-0.2093	0.1366	0.0628	0.177	0.0095	-0.1213	0.1519	0.0088	0.0075	0.0158	0.0008	0.055	29.0549	-36.7748	-0.7294
7	3.5315	0.9936	0.6571	2.3491	-0.314	2.8774	0.0952	-0.0714	-0.2767	0.129	0.018	-0.3295	0.1134	0.2398	-0.1132	0.3035	0.0728	-0.0012	0.1765	-0.0227	0.2791	39.6704	-38.8079	6.3597
8	3.3477	-0.3998	0.2563	2.1263	-0.4976	3.0416	-0.061	0.1464	0.512	0.0072	0.0093	-0.3197	-0.1853	0.3345	0.0517	0.3507	-0.0232	0.1262	0.2067	0.0251	0.2468	14.0757	7.733	2.7531
9	3.6733	-1.648	2.3282	1.0777	-1.1605	1.9884	0.1865	-0.2393	0.0271	-0.0504	0.0215	0.3918	-0.18	-0.5528	-0.208	0.4111	0.1178	0.1339	0.4916	-0.0464	0.5032	5.4367	-8.9477	-33.1433

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 142
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 142
3	X-RAY DIFFRACTION	3	E	1 - 142
4	X-RAY DIFFRACTION	4	K	1 - 142
5	X-RAY DIFFRACTION	5	I	1 - 142
6	X-RAY DIFFRACTION	6	G	1 - 142
7	X-RAY DIFFRACTION	7	H	1 - 28
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	1 - 28
9	X-RAY DIFFRACTION	9	J	1 - 28

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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