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- PDB-7vwn: The structure of an engineered PET hydrolase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vwn
タイトルThe structure of an engineered PET hydrolase
要素Poly(ethylene terephthalate) hydrolase
キーワードHYDROLASE / PET hydrolase / PETase / biodegradation of microplastics
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylesterase activity / poly(ethylene terephthalate) hydrolase / carboxylic ester hydrolase activity / xenobiotic catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cutinase / PET hydrolase-like / : / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Poly(ethylene terephthalate) hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Ideonella sakaiensis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Xie, W. / Jia, Q.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770075 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870782 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: An engineered PET hydrolase for biodegradation of microplastics in ocean water
著者: Xie, W. / Jia, Q.
履歴
登録2021年11月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly(ethylene terephthalate) hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6224
ポリマ－28,5161
非ポリマー1063
水5,080282
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, PDBePISA
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area9610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.588, 50.536, 41.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.458, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-644-

HOH

21A-662-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Poly(ethylene terephthalate) hydrolase / PET hydrolase / PETase / PET-digesting enzyme


分子量: 28515.600 Da / 分子数: 1
変異: T29S, K95N, I168R, P181V, S214V, N233C, A248D, R280A, S282C
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ideonella sakaiensis (strain NBRC 110686 / TISTR 2288 / 201-F6) (バクテリア)
株: NBRC 110686 / TISTR 2288 / 201-F6 / 遺伝子: ISF6_4831 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0K8P6T7, poly(ethylene terephthalate) hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.86 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 1.8 M (NH4)2SO4, 0.1 M NaCl and 0.1 M MES pH6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 42326 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 15.37 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェル解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 3822 / CC1/2: 0.93 / % possible all: 91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EQE

6eqe


解像度: 1.45→32.95 Å / SU ML: 0.1257 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 18.4513 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1788 2165 5.21 %
Rwork0.1546 39383 -
obs0.1559 41548 98.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→32.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1924 0 3 282 2209
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01381985
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.39242711
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1236300
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0108359
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.9691102
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.490.25551330.2172490X-RAY DIFFRACTION93.54
1.49-1.520.25271410.19842582X-RAY DIFFRACTION97.88
1.52-1.560.22521610.18592576X-RAY DIFFRACTION98.03
1.56-1.610.22741420.1872591X-RAY DIFFRACTION98.24
1.61-1.660.20141550.17962603X-RAY DIFFRACTION98.32
1.66-1.720.19851330.1752629X-RAY DIFFRACTION98.61
1.72-1.790.2111310.16422615X-RAY DIFFRACTION98.56
1.79-1.870.18531480.15882624X-RAY DIFFRACTION98.58
1.87-1.970.18711400.15832639X-RAY DIFFRACTION99.29
1.97-2.10.16851390.15182629X-RAY DIFFRACTION99.28
2.1-2.260.1811370.14962668X-RAY DIFFRACTION99.4
2.26-2.480.16171490.14982639X-RAY DIFFRACTION99.61
2.48-2.840.15851470.14942691X-RAY DIFFRACTION99.82
2.84-3.580.16171570.14242654X-RAY DIFFRACTION100
3.58-32.950.1751520.14492753X-RAY DIFFRACTION99.86
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.3142520429 Å / Origin y: 0.0269757496878 Å / Origin z: 11.5592270117 Å
111213212223313233
T0.132784956294 Å20.0204926882239 Å20.00763590103791 Å2-0.115115145907 Å2-0.00715248473477 Å2--0.0771075621616 Å2
L2.57405549597 °2-0.20231613674 °20.437118967333 °2-1.39502521359 °2-0.108752919334 °2--1.14899065147 °2
S0.0625707164727 Å °0.332457780433 Å °-0.0259774994391 Å °-0.234830377828 Å °-0.059580382937 Å °0.019926616975 Å °-0.0372877100568 Å °-0.0402335067127 Å °-0.00803150598201 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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