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- PDB-7vwk: The product template domain of AviM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vwk
タイトルThe product template domain of AviM
要素Polyketide synthaseポリケチド合成酵素
キーワードANTIBIOTIC (抗生物質) / iterative polyketide synthase / product template domain / C2-C7 cyclization
機能・相同性
機能・相同性情報


polyketide biosynthetic process / : / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / antibiotic biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / PKS_DH / Polyketide synthase, dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain ...Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / PKS_DH / Polyketide synthase, dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ポリケチド合成酵素
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces viridochromogenes Tue57 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Feng, Y. / Yang, X. / Zheng, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32070040 中国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: The Streptomyces viridochromogenes product template domain represents an evolutionary intermediate between dehydratase and aldol cyclase of type I polyketide synthases.
著者: Feng, Y. / Yang, X. / Ji, H. / Deng, Z. / Lin, S. / Zheng, J.
履歴
登録2021年11月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyketide synthase
B: Polyketide synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4912
ポリマ－54,4912
非ポリマー00
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1310 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area23260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.679, 58.708, 82.502
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.280, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Polyketide synthase / ポリケチド合成酵素


分子量: 27245.666 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces viridochromogenes Tue57 (バクテリア)
遺伝子: aviM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O05170
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 1 M lithium chloride, 28% PEG 4000 (w/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→82.01 Å / Num. obs: 31071 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / Rmerge(I) obs: 0.445 / Num. unique obs: 1588

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 5.058 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2528 1657 5.1 %RANDOM
Rwork0.2022 ---
obs0.2048 31071 97.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 143.99 Å2 / Biso mean: 49.743 Å2 / Biso min: 21.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.76 Å2-0 Å2-2.51 Å2
2--1.34 Å20 Å2
3---0.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3693 0 0 39 3732
Biso mean---41.06 -
残基数----500
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0193783
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023560
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7831.9725188
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.52638200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8515498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.98922.922154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.96915546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9651537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2615
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214294
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02735
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 103 -
Rwork0.272 2161 -
obs--92.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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