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- PDB-7vw7: Crystal structure of the 2 ADP-AlF4-bound V1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vw7
タイトルCrystal structure of the 2 ADP-AlF4-bound V1 complex
要素
  • (V-type sodium ATPase subunit ...) x 3
  • V-type sodium ATPase catalytic subunit A
キーワードMOTOR PROTEIN (モータータンパク質) / P-loop (Walkerモチーフ) / Hydrolase (加水分解酵素) / Na(+)-ATPase / ATP binding (アデノシン三リン酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


proton-transporting ATP synthase complex / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / ATP合成酵素 / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / hydrolase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
ATPase, V1 complex, subunit F, bacterial/archaeal / ATPase, V1 complex, subunit D / ATPase, V1 complex, subunit F / ATPase, V1 complex, subunit F superfamily / ATP synthase subunit D / ATP synthase (F/14-kDa) subunit / V-type ATP synthase regulatory subunit B/beta / V-type ATP synthase catalytic alpha chain / ATPsynthase alpha/beta subunit, N-terminal extension / ATPsynthase alpha/beta subunit N-term extension ...ATPase, V1 complex, subunit F, bacterial/archaeal / ATPase, V1 complex, subunit D / ATPase, V1 complex, subunit F / ATPase, V1 complex, subunit F superfamily / ATP synthase subunit D / ATP synthase (F/14-kDa) subunit / V-type ATP synthase regulatory subunit B/beta / V-type ATP synthase catalytic alpha chain / ATPsynthase alpha/beta subunit, N-terminal extension / ATPsynthase alpha/beta subunit N-term extension / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / TETRAFLUOROALUMINATE ION / V-type ATP synthase alpha chain / V-type ATP synthase subunit F / V-type ATP synthase beta chain / V-type ATP synthase subunit D
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus hirae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.818 Å
データ登録者Suzuki, K. / Shekhar, M. / Gupta, C. / Singharoy, A. / Murata, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2022
タイトル: Revealing a Hidden Intermediate of Rotatory Catalysis with X-ray Crystallography and Molecular Simulations.
著者: Shekhar, M. / Gupta, C. / Suzuki, K. / Chan, C.K. / Murata, T. / Singharoy, A.
履歴
登録2021年11月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: V-type sodium ATPase catalytic subunit A
B: V-type sodium ATPase catalytic subunit A
C: V-type sodium ATPase catalytic subunit A
D: V-type sodium ATPase subunit B
E: V-type sodium ATPase subunit B
F: V-type sodium ATPase subunit B
G: V-type sodium ATPase subunit D
H: V-type sodium ATPase subunit NtpG (F)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)399,26515
ポリマ－398,0648
非ポリマー1,2017
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area36150 Å2
ΔGint-158 kcal/mol
Surface area121400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.740, 128.870, 231.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 V-type sodium ATPase catalytic subunit A / V-ATPase subunit A


分子量: 67473.273 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus hirae (バクテリア)
遺伝子: ntpA, atpA, BHG15_05195, E5348_07375, EB10_01559, GUI85_04285, NCTC12204_02059
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ntpA / 参照: UniProt: A0A1V8WY35, ATP合成酵素

-
V-type sodium ATPase subunit ... , 3種, 5分子 DEFGH

#2: タンパク質 V-type sodium ATPase subunit B / V-ATPase subunit B


分子量: 52424.312 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus hirae (バクテリア)
遺伝子: ntpB, atpB, BHG15_05190, E5348_07370, EB10_01558, NCTC12204_02058
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1V8XC32
#3: タンパク質 V-type sodium ATPase subunit D


分子量: 25587.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus hirae (バクテリア) / 遺伝子: ntpD, I6I80_06820, NCTC12204_02057 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7Z9AX30, ATP合成酵素
#4: タンパク質 V-type sodium ATPase subunit NtpG (F) / V-ATPase subunit F


分子量: 12783.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus hirae (バクテリア)
遺伝子: ntpG, atpF, BHG15_05200, E5348_07380, EB10_01560, GUI85_04280, NCTC12204_02060
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1V8XC17

-
非ポリマー , 5種, 8分子

#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.63 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Bis Tris propane, NaF, PEG-3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.818→46.128 Å / Num. obs: 71426 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.904 % / Biso Wilson estimate: 119.54 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.172 / Rrim(I) all: 0.199 / Χ2: 0.908 / Net I/σ(I): 7.61
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.818-4.053.8810.9531.544443511565114490.5921.10599
4.05-4.333.9210.5562.624244710864108250.8330.64399.6
4.33-4.673.940.3084.483974310117100870.9380.35799.7
4.67-5.113.9340.2495.5436528930892850.9570.28899.8
5.11-5.713.9270.255.5432821837983580.9520.2999.7
5.71-6.573.9240.1897.1729192745474400.970.21999.8
6.57-8.023.890.0913.4424582633863190.9930.10599.7
8.02-11.193.8510.04126.418740487448660.9980.04799.8
11.19-46.1283.7060.03631.4310367285627970.9980.04297.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation9.28 Å46.13 Å
Translation9.28 Å46.13 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX1.12-2829精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VR5

3vr5


解像度: 3.818→46.128 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2671 3559 4.98 %
Rwork0.226 67847 -
obs0.2281 71406 99.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 309.41 Å2 / Biso mean: 148.6814 Å2 / Biso min: 67.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.818→46.128 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24999 0 72 1 25072
Biso mean--118.58 135.53 -
残基数----3381
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00325492
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.50934668
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0433981
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044591
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.69615341
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.818-3.87010.41491430.3529271098
3.8701-3.92540.37851410.3442266999
3.9254-3.98390.35381430.33082720100
3.9839-4.04610.43831450.3223269099
4.0461-4.11240.36011410.2992728100
4.1124-4.18330.33251410.2961269299
4.1833-4.25930.30411470.25722762100
4.2593-4.34120.25241430.2405267499
4.3412-4.42970.26861440.22122755100
4.4297-4.5260.22281480.2162684100
4.526-4.63110.24861390.21492705100
4.6311-4.74690.29251430.21152760100
4.7469-4.87510.3151440.21552686100
4.8751-5.01830.25411430.22532709100
5.0183-5.18010.2731470.24342744100
5.1801-5.3650.29291390.2512699100
5.365-5.57950.2821400.24052716100
5.5795-5.83290.27721450.23392732100
5.8329-6.13980.32061390.24292732100
6.1398-6.52350.26211390.22322711100
6.5235-7.02550.26591410.2172708100
7.0255-7.72960.24091380.21052722100
7.7296-8.84120.2051420.17012718100
8.8412-11.11320.17551400.1452723100
11.1132-46.1280.23191440.2121269899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.04910.04960.04260.04350.08540.031-0.06290.17360.7239-0.0606-0.94230.1126-0.11530.3962-01.37120.4484-0.00461.4930.11121.1427-60.005810.6087-1.7732
20.09880.1416-0.12520.1386-0.08550.045-1.5467-0.2872-0.0397-0.38150.4469-0.5665-0.2393-1.0122-01.28880.2649-0.00221.3926-0.10721.7016-59.272213.44032.8062
30.016-0.08650.0370.0480.0292-0.05940.28280.2766-0.064-0.48340.03370.7144-0.50920.069101.50070.2596-0.11540.90910.01011.2113-46.789327.8368-0.1074
40.271-0.08490.2351-0.27560.08830.09260.36510.2611-0.1025-0.0048-0.452-0.0555-0.713-0.0823-01.88980.36370.00071.53240.27251.4688-41.478635.5459-8.4989
5-0.0698-0.12890.07890.07590.28310.20260.62330.80820.30910.43-0.62330.47-0.12710.0026-01.53120.2214-0.06311.49720.29310.7165-39.890728.5398-14.5323
60.5819-0.08960.55290.3013-0.21420.407-0.1153-0.06590.56730.0929-0.15040.093-0.32890.0279-01.41050.06740.20180.85540.02381.3077-32.007328.223410.841
70.3043-0.530.01890.20650.08250.16620.23670.0966-0.2973-0.1251-0.2991-0.2543-0.20670.1978-01.28180.01720.11770.87370.07161.0028-31.646815.48444.3428
80.32830.06420.20370.203-0.05690.03730.2276-0.1476-0.46570.227-0.2478-1.0542-0.2535-0.4967-01.3085-0.05770.15650.8589-0.01521.2277-17.995521.576217.4319
90.06440.0149-0.33920.09980.33780.8850.281-0.32730.33260.0177-0.42260.3331-0.09390.497501.6126-0.44080.15251.3139-0.07881.5164-2.536633.799426.8447
100.216-0.00670.40770.92340.5616-1.60050.23870.4409-1.21540.11990.2175-0.5101-1.0251-0.6314-00.6354-0.1597-0.26740.7511-0.39912.1288-31.2387-38.02577.8271
110.3086-0.194-0.27480.31070.1350.63570.0034-0.1752-0.3740.0111-0.0147-0.1188-0.33560.041100.883-0.0359-0.36710.78150.16431.2086-15.3727-26.327936.662
120.15350.2061-0.12820.1041-0.18750.09740.1927-0.1864-0.7885-0.15290.0151-0.0754-0.1619-0.200201.26750.0001-0.1681.31310.2051.6525-3.1984-33.578534.9373
13-0.1310.24280.1381-0.0947-0.0350.04070.3775-0.0418-0.610.1714-0.6011-0.803-0.03190.508901.43660.0479-0.48171.38520.20261.97187.081-31.566541.9778
140.0857-0.0339-0.01460.0721-0.07010.14180.0789-0.5602-0.4786-0.3333-0.41110.3431-0.0291-0.3869-01.1334-0.1162-0.02851.8254-0.41951.0801-77.4992-16.604624.4736
150.8791-0.64250.74160.83980.42620.45040.0052-0.4389-0.17990.24-0.1750.35280.1475-0.09501.0724-0.21580.25982.2212-0.1580.7848-78.6384-6.503151.7716
160.015-0.1735-0.73741.5471-0.1360.11670.1635-0.41760.1232-0.2106-0.07550.12410.1442-0.3389-01.1161-0.13550.0411.77670.00660.927-64.3719-5.630146.0843
17-0.09730.30710.12580.1932-0.23930.29250.5693-1.5527-0.4216-0.41241.12335.02740.14680.0177-01.1406-0.19821.02262.498-3.041-7.6435-40.34964.228865.9473
180.071-0.0591-0.14190.0171-0.13930.0808-0.7799-0.28250.2566-0.2837-0.2715-0.3177-0.0171-0.605101.41190.24260.07071.5844-0.2241.4545-75.69925.341414.4054
190.22960.1558-0.02490.2783-0.24860.10760.33410.19990.7476-0.0728-0.06160.5903-0.3426-0.615101.26660.2330.13531.4841-0.00621.211-77.84456.769719.8007
200.0619-0.05450.04530.0135-0.0237-0.03910.9666-0.03240.473-0.7495-0.60230.811-0.1263-0.3779-01.51070.48350.3311.6666-0.36431.5553-73.536927.808832.2161
210.8211-0.10360.54030.0091-0.50510.68690.0028-0.28960.37070.0380.09840.0384-0.144-0.552-01.14610.15320.31111.246-0.38761.0625-56.292524.300432.0779
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24-0.0138-0.05940.0960.0381-0.0810.08950.0049-0.149-0.1797-0.1678-0.1799-0.31710.0167-0.048501.33180.28090.09631.31980.04691.1997-45.246-2.1989-7.9762
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26-0.00510.0485-0.1192-0.00660.0492-0.0355-0.30870.9392-0.0055-0.4217-0.03140.0431-0.66710.274601.18420.05240.31551.3697-0.34591.5404-14.61216.2453-4.335
270.66040.0765-0.3995-0.24040.42150.73630.08320.0112-0.2074-0.06370.186-0.1648-0.0515-0.1171-00.92950.04730.06880.7174-0.14940.9863-18.1994-8.73136.7742
280.29310.14940.22590.3834-0.00540.14610.05250.00780.19650.25680.2288-0.5666-0.17430.035701.05760.0876-0.09081.2649-0.39041.84896.9388-8.055421.9243
290.23130.0086-0.04540.097-0.03230.10340.2009-0.9231-0.1155-0.7841-0.0826-0.55340.3624-0.381501.4891-0.2204-0.16971.2475-0.1341.9997-63.3579-34.674313.1038
300.06880.1303-0.0299-0.11940.35650.26350.50350.645-0.98870.3615-0.7809-0.2009-0.2262-0.234701.1643-0.1292-0.03271.18-0.21081.2696-61.573-33.450215.276
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33-0.04770.07540.3341-0.1860.3316-0.1950.5085-1.6832-1.1136-0.7475-1.08412.10040.2121.4061-01.1989-0.4529-0.03572.50520.7097-0.2213-32.9286-17.272159.8254
34-0.098-0.03640.2602-0.06150.09530.0261.1264-1.2797-0.609-0.1334-0.5159-0.29450.271.1676-01.8425-0.2314-0.20143.15831.8108-2.8857-34.0767-23.267767.3294
35-0.1354-0.24260.54940.84220.8775-0.27140.5411.0347-0.21080.4997-0.1501-0.52530.1712-0.0752-01.4741-0.1543-0.55481.56160.05061.3124-8.28795.89150.8452
36-0.3083-0.53780.41640.4755-0.0197-0.15060.49441.39650.75431.0588-0.5559-0.6736-0.1145-1.078102.1975-0.6043-0.84930.9820.2131.88762.96683.503268.5108
370.07250.0864-0.12960.18470.25330.14460.3353-0.0484-0.2632-0.4150.0391-0.3743-0.0060.2525-01.2948-0.02740.19711.1870.09011.2157-37.586-4.885426.3765
38-0.05230.01-0.0353-0.0173-0.00270.07230.8343-0.1333-0.40411.06910.4853-0.3137-0.3644-0.344902.649-0.2159-0.69142.44170.50991.96749.0508-4.958881.3422
39-0.0064-0.00490.00360.006-0.00410.00010.10640.0784-0.1792-0.16910.1465-0.32870.1422-0.2087-03.941-0.2583-0.51452.46270.02982.32910.3441-13.351976.2396
400.0041-0.0152-0.0216-0.0354-0.0085-0.0299-0.06720.0486-0.0320.29640.4381-0.1321-0.2491-0.113903.3054-1.0289-0.5222.56950.5542.71212.0232-3.469176.2908
410.0268-0.00270.0177-0.0040.02940.08450.0088-0.221-0.39030.51120.6948-0.2624-0.5943-0.917202.234-0.3425-0.57721.8028-0.24242.14862.9969-7.764668.1482
42-0.008-0.0010.00920.0085-0.00640.02290.1915-0.26840.1112-0.06810.10190.1765-0.15390.1563-0.00012.40480.3786-0.35031.7443-0.02083.540118.5231-6.454267.811
430.01810.0104-0.00320.00030.0050.00330.3640.1417-0.25440.002-0.0551-0.1843-0.2352-0.1653-01.7064-0.1586-0.12882.1507-0.3932.59096.7467-0.204153.7688
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 26 )A0 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 27 through 63 )A27 - 63
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 64 through 90 )A64 - 90
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 91 through 162 )A91 - 162
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 163 through 202 )A163 - 202
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 203 through 344 )A203 - 344
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 345 through 390 )A345 - 390
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 391 through 452 )A391 - 452
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 453 through 587 )A453 - 587
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid -6 through 390 )B-6 - 390
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 391 through 499 )B391 - 499
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 500 through 536 )B500 - 536
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 537 through 586 )B537 - 586
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 1 through 63 )C1 - 63
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 64 through 248 )C64 - 248
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 249 through 416 )C249 - 416
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 417 through 579 )C417 - 579
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 4 through 28 )D4 - 28
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 29 through 77 )D29 - 77
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 78 through 106 )D78 - 106
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 107 through 305 )D107 - 305
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 306 through 455 )D306 - 455
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 4 through 38 )E4 - 38
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 39 through 68 )E39 - 68
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 69 through 187 )E69 - 187
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 188 through 217 )E188 - 217
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 218 through 364 )E218 - 364
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 365 through 455 )E365 - 455
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 1 through 38 )F1 - 38
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 39 through 77 )F39 - 77
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 78 through 217 )F78 - 217
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 218 through 340 )F218 - 340
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 341 through 410 )F341 - 410
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 411 through 453 )F411 - 453
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'G' and (resid 6 through 63 )G6 - 63
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'G' and (resid 64 through 172 )G64 - 172
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'G' and (resid 173 through 206 )G173 - 206
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'H' and (resid 2 through 29 )H2 - 29
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'H' and (resid 30 through 42 )H30 - 42
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'H' and (resid 43 through 51 )H43 - 51
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'H' and (resid 52 through 76 )H52 - 76
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'H' and (resid 77 through 84 )H77 - 84
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'H' and (resid 85 through 101 )H85 - 101

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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