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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vw4 | ||||||
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タイトル | The X-ray structure of sperm whale F46C/L61C myoglobin double mutant | ||||||
要素 | Myoglobin | ||||||
キーワード | OXYGEN STORAGE / SPERM WHALE myoglobin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Physeter macrocephalus (マッコウクジラ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Lin, Y.W. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The X-ray structure of sperm whale F46C/L61C myoglobin double mutant 著者: Lin, Y.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7vw4.cif.gz | 54.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7vw4.ent.gz | 32.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7vw4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vw/7vw4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vw/7vw4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 101mS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17312.102 Da / 分子数: 1 / 変異: F46C, L61C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Physeter macrocephalus (マッコウクジラ) 遺伝子: MB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02185 |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.21 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: PEG 8000, Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, Sodium acetate trihydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9791 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→24.01 Å / Num. obs: 27268 / % possible obs: 95.63 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 22.61 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08057 / Rpim(I) all: 0.02286 / Net I/σ(I): 25.39 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.6268 / Mean I/σ(I) obs: 6.15 / Num. unique obs: 2600 / Rpim(I) all: 0.1739 / % possible all: 94.34 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 101M 解像度: 1.8→24.01 Å / SU ML: 0.227 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 24.0506 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.52 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→24.01 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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