PDB-7vud: Carotenoid Cleavage Dioxygenase 1 from Osmanthus fragrans

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vud

タイトル

Carotenoid Cleavage Dioxygenase 1 from Osmanthus fragrans

要素

Carotenoid cleavage dioxygenase 1

キーワード

PLANT PROTEIN / Carotenoid Cleavage Dioxygenase 1 (CCD1) / lycopene / ionone / psi-ionone / pseudo-ionone.

機能・相同性

Carotenoid oxygenase / Retinal pigment epithelial membrane protein / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / metal ion binding / NICKEL (II) ION / Carotenoid cleavage dioxygenase 1

機能・相同性情報

生物種

Osmanthus fragrans (ウスギモクセイ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Sharma, D. / Xue, B.

資金援助

シンガポール, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Carotenoid Cleavage Dioxygenase 1 from Osmanthus fragrans
著者: Sharma, D. / Xue, B.

履歴

登録	2021年11月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vud.cif.gz	225.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vud.ent.gz	174.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vud.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7vud_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7vud_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7vud_validation.xml.gz	21.5 KB	表示
CIF形式データ	7vud_validation.cif.gz	28.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/7vud ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/7vud	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3npeS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (2) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Carotenoid cleavage dioxygenase 1

ヘテロ分子

65.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	209.941, 209.941, 209.941
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	213
Space group name H-M	P4₁32

#1: タンパク質	Carotenoid cleavage dioxygenase 1 分子量: 63356.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Osmanthus fragrans (ウスギモクセイ) 遺伝子: CCD1 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: D4QE74
#2: 化合物	ChemComp-OXN / OXTOXYNOL-10 / ALPHA-[4-(1,1,3,3-TETRAMETHYLBUTYL)PHENYL]-OMEGA-HYDROXYPOLY(OXY-1,2-ETHANEDIYL) / TRITON X-100 / 29-[4-(1,1,3,3-テトラメチルブチル)フェノキシ]-3,6,9,12,15,18,21,24,27-ノナオ(以下略) 分子量: 646.849 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₆₂O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 6.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 79.79 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M Tris pH 7.5, 1.5M Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 98.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2021年2月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→49.53 Å / Num. obs: 39479 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 81 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.0148 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 2.8→2.91 Å / R_merge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4387 / CC_1/2: 0.38

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3npe

3npe

解像度: 2.8→49.48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / SU B: 11.469 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.303 / ESU R Free: 0.251 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2584	1971	5.003 %
R_work	0.2273	37429	-
all	0.229	-	-
obs	-	39400	99.964 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.231 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→49.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4261	0	83	18	4362

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	4453
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	4236
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.451	1.651	6026
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.39	1.579	9782
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.634	5	534
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.31	22.909	220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.615	15	753
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.997	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	551
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4933
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1003
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	805
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.219	0.2	4031
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	2117
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	2388
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	97
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.107	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.466	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.443	0.2	109
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.09	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.922	6.199	2139
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.923	6.198	2138
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.181	9.304	2672
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.181	9.305	2673
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.355	6.489	2313
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.34	6.474	2306
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.795	9.638	3354
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.827	9.614	3343
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.352	70.263	4675
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.362	70.256	4672

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.873	0.379	135	0.347	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.873-2.952	0.364	148	0.323	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.952-3.037	0.333	126	0.313	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
3.037-3.131	0.297	141	0.289	2505	X-RAY DIFFRACTION	100
3.131-3.234	0.272	133	0.27	2417	X-RAY DIFFRACTION	100
3.234-3.347	0.34	136	0.249	2333	X-RAY DIFFRACTION	100
3.347-3.473	0.265	127	0.245	2277	X-RAY DIFFRACTION	100
3.473-3.615	0.279	111	0.229	2209	X-RAY DIFFRACTION	100
3.615-3.776	0.226	121	0.213	2095	X-RAY DIFFRACTION	100
3.776-3.96	0.248	102	0.203	2041	X-RAY DIFFRACTION	100
3.96-4.174	0.252	116	0.198	1908	X-RAY DIFFRACTION	100
4.174-4.427	0.211	92	0.176	1848	X-RAY DIFFRACTION	100
4.427-4.733	0.202	96	0.171	1722	X-RAY DIFFRACTION	100
4.733-5.112	0.206	82	0.187	1618	X-RAY DIFFRACTION	100
5.112-5.599	0.279	67	0.215	1518	X-RAY DIFFRACTION	100
5.599-6.26	0.248	55	0.249	1383	X-RAY DIFFRACTION	100
6.26-7.227	0.268	60	0.257	1231	X-RAY DIFFRACTION	100
7.227-8.849	0.265	55	0.208	1049	X-RAY DIFFRACTION	100
8.849-12.503	0.181	40	0.188	842	X-RAY DIFFRACTION	100
12.503-49.48	0.353	28	0.336	504	X-RAY DIFFRACTION	97.4359

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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