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- PDB-7vu9: Pholiota squarrosa lectin (PhoSL) in complex with fucose(alpha1-6... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vu9
タイトルPholiota squarrosa lectin (PhoSL) in complex with fucose(alpha1-6)[GlcNAc(beta1-4)]GlcNAc
要素Lectin (PhoSL)
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Lectin / Trimer / Fucose
機能・相同性FORMIC ACID / Lectin (PhoSL)
機能・相同性情報
生物種Pholiota squarrosa (シロナメツムタケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.154 Å
データ登録者Yamasaki, K. / Yamasaki, T. / Kubota, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H02397 日本
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2023
タイトル: Core fucose-specific Pholiota squarrosa lectin (PhoSL) as a potent broad-spectrum inhibitor of SARS-CoV-2 infection.
著者: Yamasaki, K. / Adachi, N. / Ngwe Tun, M.M. / Ikeda, A. / Moriya, T. / Kawasaki, M. / Yamasaki, T. / Kubota, T. / Nagashima, I. / Shimizu, H. / Tateno, H. / Morita, K.
履歴
登録2021年11月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lectin (PhoSL)
B: Lectin (PhoSL)
C: Lectin (PhoSL)
D: Lectin (PhoSL)
E: Lectin (PhoSL)
F: Lectin (PhoSL)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,34518
ポリマ－26,6466
非ポリマー3,69912
水2,774154
1
A: Lectin (PhoSL)
B: Lectin (PhoSL)
C: Lectin (PhoSL)
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking, gel filtration
  • 15.2 kDa, 3 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1739
ポリマ－13,3233
非ポリマー1,8506
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7630 Å2
ΔGint17 kcal/mol
Surface area6590 Å2
手法PISA
2
D: Lectin (PhoSL)
E: Lectin (PhoSL)
F: Lectin (PhoSL)
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking, gel filtration
  • 15.2 kDa, 3 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1739
ポリマ－13,3233
非ポリマー1,8506
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7710 Å2
ΔGint16 kcal/mol
Surface area6500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.739, 127.057, 39.418
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-309-

HOH

21B-328-

HOH

31D-312-

HOH

41E-321-

HOH

51F-326-

HOH

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
Lectin (PhoSL)


分子量: 4440.958 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Pholiota squarrosa (シロナメツムタケ)
参照: UniProt: A0A384E107
#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 4.3 M sodium formate (pH 7.0)

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.154→44.87 Å / Num. obs: 17730 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 9.18
反射 シェル解像度: 2.154→2.28 Å / 冗長度: 3.43 % / Rmerge(I) obs: 0.661 / Mean I/σ(I) obs: 1.81 / Num. unique obs: 5358 / CC1/2: 0.684 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSMar 15, 2019データ削減
XDSMar 15, 2019データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6A86

6a86


解像度: 2.154→44.865 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 6.909 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.199 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2446 887 5.003 %
Rwork0.1788 16842 -
all0.182 --
obs-17729 99.842 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 38.896 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.064 Å20 Å20 Å2
2---0.041 Å20 Å2
3----0.023 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.154→44.865 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1878 0 252 154 2284
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0132230
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0181890
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7741.8183094
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.211.7464430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg18.7125.67261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.724.66775
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.83215252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_3_deg26.075154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2366
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022534
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02446
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.2283
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1870.21571
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.21028
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0830.2933
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.2127
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1970.215
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2490.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2710.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3263.886972
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.3243.887973
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.1395.7821208
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.1385.7861209
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2064.2851257
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.2084.2851255
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2436.2741880
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.2426.2741881
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.92345.2662291
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.94345.0792274
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.154-2.210.439640.312180.30612930.7670.85599.14930.293
2.21-2.270.353620.28211800.28612440.8090.84199.83920.274
2.27-2.3360.336620.29411670.29712290.8150.8321000.282
2.336-2.4080.383590.28911180.29411780.7690.83699.91510.274
2.408-2.4860.321580.27511040.27811620.8690.8721000.25
2.486-2.5730.341550.23910500.24411050.840.8941000.215
2.573-2.670.295540.22610290.22910830.850.8821000.201
2.67-2.7790.235520.2069940.20810460.9040.911000.183
2.779-2.9020.294500.2029430.2079940.8950.92599.89940.187
2.902-3.0430.289480.2129160.2169640.9130.9321000.198
3.043-3.2070.264450.2048580.2079030.9250.9381000.192
3.207-3.40.26440.1868260.198710.9310.94899.88520.176
3.4-3.6330.264410.1737900.1778320.9320.96199.87980.17
3.633-3.9220.18390.1357320.1377720.9660.9799.87050.138
3.922-4.2940.149350.1156570.1176930.9760.9899.85570.124
4.294-4.7950.184320.0976170.1016490.9690.9851000.109
4.795-5.5260.138290.1145540.1155830.9780.9851000.127
5.526-6.7430.226250.1444700.1474970.9520.97699.59760.147
6.743-9.4290.224200.1723760.1743970.9620.97499.74810.189
9.429-44.8650.273130.1932420.1962580.9310.97198.83720.238

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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