PDB-7vu4: de novo design based on 1r26

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vu4

タイトル

de novo design based on 1r26

要素

de novo design protein

キーワード

DE NOVO PROTEIN

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Zhang, L.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Comput Sci / 年: 2023
タイトル: Rotamer-free protein sequence design based on deep learning and self-consistency.
著者: Zhang, L.

履歴

登録	2021年11月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _citation.country

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vu4.cif.gz	81.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vu4.ent.gz	61.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vu4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/7vu4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/7vu4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7vqlC 7vqvC 7vqwC 7vtyC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: de novo design protein

13.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	26.772, 52.651, 67.192
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	de novo design protein 分子量: 13796.659 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 28.33 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Sodium cacodylate pH6.5 27 % w/v PEG 2000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9875 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9875 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→41.44 Å / Num. obs: 11028 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.4 % / B_iso Wilson estimate: 20.95 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 21.6
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / Num. unique obs: 560 / CC_1/2: 0.915

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.7→24.87 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.57 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2254	540	4.92 %
R_work	0.1916	10443	-
obs	0.1932	10983	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 114.39 Å² / B_iso mean: 31.9811 Å² / B_iso min: 11.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→24.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	931	0	0	73	1004
B_iso mean	-	-	-	34.7	-
残基数	-	-	-	-	117

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 4 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.7-1.87	0.2753	127	0.215	2558	2685
1.87-2.14	0.2246	134	0.1906	2558	2692
2.14-2.7	0.2296	153	0.1898	2589	2742
2.7-24.87	0.2152	126	0.1891	2738	2864

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -8.1011 Å / Origin y: 26.9888 Å / Origin z: 17.7763 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1401 Å²	-0.0027 Å²	0.0047 Å²	-	0.1269 Å²	0.0055 Å²	-	-	0.1447 Å²
L	1.417 °²	-0.1338 °²	-0.0243 °²	-	0.9612 °²	-0.022 °²	-	-	1.076 °²
S	0.0109 Å °	-0.0003 Å °	-0.077 Å °	-0.0595 Å °	0.0058 Å °	0.0091 Å °	0.0639 Å °	-0.0483 Å °	0.0001 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 117
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 75

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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