+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vu1 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Chitoporin from Escherichia coli complex with chitohexaose | ||||||
![]() | Chitoporin | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / Outer membrane protein Chitoporin specific porin | ||||||
機能・相同性 | ![]() diacetylchitobiose metabolic process / oligosaccharide transport / polysaccharide transport / channel activity / porin activity / pore complex / monoatomic ion transport / cell outer membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Suginta, W. / Soysa, H.S.M. / Amornloetwattana, R. / van den Berg, B. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Chitporin from Escherichia coli complex with chitohexaose 著者: Soysa, H.S.M. / Suginta, W. / Amornloetwattana, R. / van den Berg, B. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 445.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 297.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 4.7 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 4.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 41.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 58.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7vtzS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 49512.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: chiP, ybfM, b0681, JW0667 / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|
-糖 , 2種, 8分子 ![](data/chem/img/DMU.gif)
#2: 多糖 | #3: 糖 | ChemComp-DMU / |
---|
-非ポリマー , 3種, 467分子 ![](data/chem/img/C8E.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-C8E / ( #5: 化合物 | ChemComp-MG / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.72 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 30-35% PEG 400, 0.1 M Hepes pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97883 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→62.5 Å / Num. obs: 107599 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 16.85 Å2 / CC1/2: 0.974 / Net I/σ(I): 4.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / Num. unique obs: 5303 / CC1/2: 0.9 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7VTZ 解像度: 1.9→62.34 Å / SU ML: 0.2073 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.0807 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.02 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→62.34 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|