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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vu0 | ||||||
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タイトル | Chitoporin from Escherichia coli | ||||||
![]() | Chitoporin | ||||||
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機能・相同性 | ![]() diacetylchitobiose metabolic process / oligosaccharide transport / polysaccharide transport / channel activity / ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Suginta, W. / Soysa, H.S.M. / Amornloetwattana, R. / van den Berg, B. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Chitoporin from Escherichia coli 著者: Suginta, W. / Soysa, H.S.M. / Amornloetwattana, R. / van den Berg, B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 286.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 184.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7vtzS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50340.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: chiP, ybfM, b0681, JW0667 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: 糖 | ChemComp-DMU / #3: 化合物 | ChemComp-C8E / ( #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.22 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 30-35 % PEG 400, 0.1 M Hepes pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.85→63.25 Å / Num. obs: 124529 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 21.29 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 8.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.85 Å / Num. unique obs: 6172 / CC1/2: 0.855 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 7VTZ 解像度: 1.85→63.25 Å / SU ML: 0.2165 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.6656 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.92 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→63.25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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