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- PDB-7vtz: Chitoporin from Escherichia coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vtz
タイトルChitoporin from Escherichia coli
要素Chitoporin
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Outer membrane protein Chitoporin specific porin
機能・相同性
機能・相同性情報


diacetylchitobiose metabolic process / oligosaccharide transport / polysaccharide transport / channel activity / porin activity / pore complex / monoatomic ion transport / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Outer membrane porin, bacterial / outer membrane porin, OprD family / Porin domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Amornloetwattana, R. / Soysa, H.S.M. / Suginta, W. / van den Berg, B.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Union (EU)European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of chitoporin from Escherichia coli
著者: Soysa, H.S.M. / Suginta, W.
履歴
登録2021年11月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年10月11日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / atom_type / audit_author / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_src_gen / pdbx_contact_author / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / software / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_contact_author.id / _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.number_reflns_R_free / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _software.classification / _software.name / _software.version / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle
解説: Ligand identity / 詳細: Changing ligand / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chitoporin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6326
ポリマ－50,3411
非ポリマー1,2915
水2,360131
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.913, 58.673, 95.028
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.384, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Chitoporin / ChiP-III


分子量: 50340.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: chiP, ybfM, b0681, JW0667 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P75733
#2: 化合物
ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION


分子量: 195.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 30-35% PEG 400, 0.1 M Hepes pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.94842 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.94842 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→62.72 Å / Num. obs: 40616 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.6 % / Biso Wilson estimate: 33.72 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Num. unique obs: 3324 / CC1/2: 0.989

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1→49 Å / SU ML: 0.2759 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.5751
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2863 2091 5.2 %
Rwork0.2362 38082 -
obs0.2389 40173 98.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3501 0 34 131 3666
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00823643
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0514947
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0627487
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0068642
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.2335487
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.150.43621340.35692455X-RAY DIFFRACTION96.6
2.15-2.20.37841720.3422423X-RAY DIFFRACTION97.05
2.2-2.260.3061390.33052488X-RAY DIFFRACTION97.44
2.26-2.330.3291130.32952543X-RAY DIFFRACTION98.26
2.33-2.40.35271370.32532497X-RAY DIFFRACTION98.47
2.4-2.490.32241420.32162523X-RAY DIFFRACTION99.14
2.49-2.590.36581440.3132517X-RAY DIFFRACTION99.11
2.59-2.710.33931450.29472544X-RAY DIFFRACTION99.41
2.71-2.850.35741280.28492538X-RAY DIFFRACTION99.44
2.85-3.030.30081290.26662577X-RAY DIFFRACTION99.85
3.03-3.260.30691340.23952578X-RAY DIFFRACTION99.82
3.26-3.590.2551290.22242579X-RAY DIFFRACTION99.96
3.59-4.110.23841430.19662574X-RAY DIFFRACTION99.96
4.11-5.180.23831400.17792600X-RAY DIFFRACTION99.96
5.18-490.27851620.18392646X-RAY DIFFRACTION99.82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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