PDB-7vty: de novo designed protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vty

タイトル

de novo designed protein

要素

de novo designed protein

キーワード

DE NOVO PROTEIN

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Zhang, L.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Comput Sci / 年: 2023
タイトル: Rotamer-free protein sequence design based on deep learning and self-consistency.
著者: Zhang, L.

履歴

登録	2021年10月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vty.cif.gz	29.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vty.ent.gz	18.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vty.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7vty_validation.pdf.gz	427.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7vty_full_validation.pdf.gz	429.4 KB	表示
XML形式データ	7vty_validation.xml.gz	5.5 KB	表示
CIF形式データ	7vty_validation.cif.gz	6.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/7vty ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/7vty	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7vqlC 7vqvC 7vqwC 7vu4C 1cy5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: de novo designed protein

10.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.035, 56.035, 95.075
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

#1: タンパク質	de novo designed protein 分子量: 10254.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.2 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 4% v/v Tacsimate pH 7.0 12% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→48.27 Å / Num. obs: 4957 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 68.52 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / Num. unique obs: 569 / CC_1/2: 0.766

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1cy5

1cy5

解像度: 2.5→39.62 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 22.46 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2754	264	5.34 %
R_work	0.2235	4680	-
obs	0.2262	4944	96.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 120.75 Å² / B_iso mean: 70.9146 Å² / B_iso min: 44.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.5→39.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	715	0	0	0	715
残基数	-	-	-	-	90

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.5-3.15	0.36	146	0.2744	2368	2514	99
3.15-39.62	0.2532	118	0.212	2312	2430	95

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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