PDB-7vtr: 3-ketoacyl-CoA thiolase Tfu_0875

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vtr

タイトル

3-ketoacyl-CoA thiolase Tfu_0875

要素

Thiolase

キーワード

TRANSFERASE / Claisen condensation / Reverse beta-oxidation / Thiolase

機能・相同性

機能・相同性情報

acetyl-CoA C-acyltransferase / acetyl-CoA C-acyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermobifida fusca (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Liu, L.X. / Zhou, S.H. / Deng, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2023
タイトル: Rational Design of the Substrate Tunnel of beta-Ketothiolase Reveals a Local Cationic Domain Modulated Rule that Improves the Efficiency of Claisen Condensation
著者: Liu, L. / Zhou, S. / Deng, Y.

履歴

登録	2021年10月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vtr.cif.gz	312.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vtr.ent.gz	250.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vtr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7vtr_validation.pdf.gz	450.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7vtr_full_validation.pdf.gz	466.8 KB	表示
XML形式データ	7vtr_validation.xml.gz	67.1 KB	表示
CIF形式データ	7vtr_validation.cif.gz	99.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/7vtr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/7vtr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ulqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (12) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thiolase

B: Thiolase

C: Thiolase

D: Thiolase

162 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thiolase

D: Thiolase

B: Thiolase

C: Thiolase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
162 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	154.470, 71.070, 158.648
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Thiolase 分子量: 40610.703 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermobifida fusca (strain YX) (バクテリア) 遺伝子: Tfu_0875 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47RK4, acetyl-CoA C-acyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.11 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 3350, Ammonium acetate, BIS-TRIS

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.93→50 Å / Num. obs: 131106 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.1 % / CC_1/2: 0.985 / CC star: 0.996 / Net I/σ(I): 15
反射シェル	解像度: 1.93→1.96 Å / Num. unique obs: 130937 / CC_1/2: 0.985

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	v 1.19	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ulq

1ulq

解像度: 1.93→26.68 Å / 交差検証法: THROUGHOUT

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2147	-	-
R_work	0.1798	-	-
obs	0.1803	131106	99.52 %

原子変位パラメータ

B_iso max: 126.54 Å² / B_iso mean: 24.3328 Å² / B_iso min: 10.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.93→26.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11432	0	0	1337	12769

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)