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- PDB-7vtl: Crystal structure of GH family 64 beta-1,3-glucanase complexed wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vtl
タイトルCrystal structure of GH family 64 beta-1,3-glucanase complexed with Laminaritriose
要素beta-1,3-glucanase
キーワードHYDROLASE / beta-1 / 3-Glucanase / glycoside hydrolase family 64 / carbohydrate binding module
機能・相同性4beta-beta-mannobiose
機能・相同性情報
生物種Streptomyces pratensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07037904157 Å
データ登録者Jiang, Z.Q. / Ma, J.W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of GH family 64 beta-1,3-glucanase complexed with Laminaritriose
著者: Jiang, Z.Q. / Ma, J.W.
履歴
登録2021年10月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: beta-1,3-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2513
ポリマ－40,5661
非ポリマー6852
水3,027168
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1220 Å2
ΔGint10 kcal/mol
Surface area15640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.680, 81.680, 161.240
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-476-

HOH

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要素

#1: タンパク質 beta-1,3-glucanase


分子量: 40566.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces pratensis (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 4beta-beta-mannobiose
記述子タイププログラム
DManpb1-3DManpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a1122h-1b_1-5]/1-1/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.1M sodium malonate pH 7.0, 0.1M HEPES pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→25.38 Å / Num. obs: 38667 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 18.6 % / Biso Wilson estimate: 50.9503395566 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 2.07→2.1221 Å / Rmerge(I) obs: 0.079 / Num. unique obs: 38667

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2474精密化
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7VTK

7vtk


解像度: 2.07037904157→25.3769832441 Å / SU ML: 0.232772607368 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.6591252789
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228699693042 1953 5.18890483022 %
Rwork0.207707837251 35685 -
obs0.208790400183 37638 97.2407378701 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 63.8672822637 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07037904157→25.3769832441 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2838 0 46 168 3052
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008191084614352968
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.040086806714063
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0633109708745453
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00714041285465537
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.89566167171090
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0704-2.12210.2817265231411320.282458X-RAY DIFFRACTION94.3533697632
2.1221-2.17950.305261793251330.3045753610612408X-RAY DIFFRACTION94.1459799926
2.1795-2.24360.290597487291350.2873287940482457X-RAY DIFFRACTION95.5752212389
2.2436-2.31590.3036826119731380.2794441927652475X-RAY DIFFRACTION95.5742501829
2.3159-2.39870.3142246408631380.2800923252552492X-RAY DIFFRACTION95.532146749
2.3987-2.49460.2769572777041340.2762485X-RAY DIFFRACTION96.2513781698
2.4946-2.6080.2902394860851380.2816373003882485X-RAY DIFFRACTION96.2922173275
2.608-2.74540.3001411855921450.2760984762372530X-RAY DIFFRACTION97.4499089253
2.7454-2.91720.280079384051370.2754460452312584X-RAY DIFFRACTION98.1247746123
2.9172-3.1420.2793100095351400.2668548917162588X-RAY DIFFRACTION98.9481320276
3.142-3.45750.2872802777831420.237519219392614X-RAY DIFFRACTION99.7105643994
3.4575-3.95620.2553966102661450.1990084920172644X-RAY DIFFRACTION99.7853309481
3.9562-4.97820.1731684051091450.1520554577092662X-RAY DIFFRACTION99.9643874644
4.9782-25.3760.162169250931510.1615751849792803X-RAY DIFFRACTION99.4278020868
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 37.2105397521 Å / Origin y: -32.2099839299 Å / Origin z: 14.8690926805 Å
111213212223313233
T0.312749125314 Å20.0929093165509 Å2-0.0453400976459 Å2-0.650751487001 Å2-0.0804135107342 Å2--0.447752962533 Å2
L2.39553179961 °20.843252476109 °2-1.26029198716 °2-0.592566374926 °2-0.443851746076 °2--1.45028101203 °2
S0.00420849599914 Å °-0.0998695809406 Å °0.152635651365 Å °-0.0934217070684 Å °-0.0739692643745 Å °0.194906432222 Å °-0.00687996482365 Å °-0.330171364733 Å °0.0581869506857 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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