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- PDB-7vta: Talaromyces verruculosus talaropentaene synthase apo -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vta
タイトルTalaromyces verruculosus talaropentaene synthase apo
要素TvTS cyclase domain
キーワードTRANSFERASE / Talaromyces verruculosus / talaropentaene synthase / triterpene
生物種Talaromyces verruculosus (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Hui, T. / Mori, T. / Abe, I.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Discovery of non-squalene triterpenes.
著者: Hui Tao / Lukas Lauterbach / Guangkai Bian / Rong Chen / Anwei Hou / Takahiro Mori / Shu Cheng / Ben Hu / Li Lu / Xin Mu / Min Li / Naruhiko Adachi / Masato Kawasaki / Toshio Moriya / Toshiya ...著者: Hui Tao / Lukas Lauterbach / Guangkai Bian / Rong Chen / Anwei Hou / Takahiro Mori / Shu Cheng / Ben Hu / Li Lu / Xin Mu / Min Li / Naruhiko Adachi / Masato Kawasaki / Toshio Moriya / Toshiya Senda / Xinghuan Wang / Zixin Deng / Ikuro Abe / Jeroen S Dickschat / Tiangang Liu /
要旨: All known triterpenes are generated by triterpene synthases (TrTSs) from squalene or oxidosqualene. This approach is fundamentally different from the biosynthesis of short-chain (C-C) terpenes that ...All known triterpenes are generated by triterpene synthases (TrTSs) from squalene or oxidosqualene. This approach is fundamentally different from the biosynthesis of short-chain (C-C) terpenes that are formed from polyisoprenyl diphosphates. In this study, two fungal chimeric class I TrTSs, Talaromyces verruculosus talaropentaene synthase (TvTS) and Macrophomina phaseolina macrophomene synthase (MpMS), were characterized. Both enzymes use dimethylallyl diphosphate and isopentenyl diphosphate or hexaprenyl diphosphate as substrates, representing the first examples, to our knowledge, of non-squalene-dependent triterpene biosynthesis. The cyclization mechanisms of TvTS and MpMS and the absolute configurations of their products were investigated in isotopic labelling experiments. Structural analyses of the terpene cyclase domain of TvTS and full-length MpMS provide detailed insights into their catalytic mechanisms. An AlphaFold2-based screening platform was developed to mine a third TrTS, Colletotrichum gloeosporioides colleterpenol synthase (CgCS). Our findings identify a new enzymatic mechanism for the biosynthesis of triterpenes and enhance understanding of terpene biosynthesis in nature.
履歴
登録2021年10月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年6月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TvTS cyclase domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9871
ポリマ－36,9871
非ポリマー00
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13130 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)76.503, 61.770, 81.071
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.283, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Space group name HallC2y(x,y,-x+z)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 TvTS cyclase domain


分子量: 36987.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Talaromyces verruculosus (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-Cl (pH 8.5), 0.1 M MgCl2, 30% PEG 4000, 0.2 M NDSB-211

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→47.07 Å / Num. obs: 13274 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.568 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 9399

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ER8

5er8


解像度: 2.4→47.07 Å / SU ML: 0.3285 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.9923
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2702 634 4.78 %
Rwork0.2309 12635 -
obs0.2328 13269 99.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2032 0 0 29 2061
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00742069
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91132794
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0532306
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0074363
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8352752
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.590.31151160.25232504X-RAY DIFFRACTION98.24
2.59-2.850.28491180.22712511X-RAY DIFFRACTION98.8
2.85-3.260.28161170.25642547X-RAY DIFFRACTION99.85
3.26-4.10.27861600.21792495X-RAY DIFFRACTION99.55
4.1-47.070.24671230.22672578X-RAY DIFFRACTION98.68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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