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- PDB-7vt9: CRYSTAL STRUCTURE AT 3.4 ANGSTROMS RESOLUTION OF Maltodextrin glu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vt9
タイトルCRYSTAL STRUCTURE AT 3.4 ANGSTROMS RESOLUTION OF Maltodextrin glucosidase, MalZ, FROM Escherichia coli
要素Maltodextrin glucosidase
キーワードHYDROLASE / Alpha-amylase / Maltodextrin glucosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


maltose metabolic process / alpha-glucan catabolic process / alpha-1,4-glucosidase activity / alpha-glucosidase / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Maltodextrin glucosidase / Glycoside hydrolase, family 13, N-terminal Ig-like domain / Alpha amylase, N-terminal ig-like domain / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Immunoglobulin E-set ...Maltodextrin glucosidase / Glycoside hydrolase, family 13, N-terminal Ig-like domain / Alpha amylase, N-terminal ig-like domain / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Immunoglobulin E-set / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Maltodextrin glucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Ahn, W.-C. / Ahn, Y. / Woo, E.-J.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2021M3A9G8025599 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2021R1A2C2011328 韓国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Dimeric architecture of maltodextrin glucosidase (MalZ) provides insights into the substrate recognition and hydrolysis mechanism.
著者: Ahn, W.C. / An, Y. / Song, K.M. / Park, K.H. / Lee, S.J. / Oh, B.H. / Park, J.T. / Woo, E.J.
履歴
登録2021年10月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltodextrin glucosidase
B: Maltodextrin glucosidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,8122
ポリマ－140,8122
非ポリマー00
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3900 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area43560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)204.186, 204.186, 267.916
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Space group name HallI4bw2bw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: x+1/2,-y,-z+3/4
#5: -x+1/2,y,-z+3/4
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1,x+1/2,z+5/4
#11: y+1,-x+1/2,z+5/4
#12: x+1,-y+1/2,-z+5/4
#13: -x+1,y+1/2,-z+5/4
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and ((resid 1 and (name N or name...
d_2ens_1(chain "B" and ((resid 1 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Auth seq-ID: 1 - 604 / Label seq-ID: 1 - 604

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
d_1AA
d_2BB

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.0246912371563, -0.999667243429, 0.00746627230298), (-0.999665315024, -0.0247474881892, -0.0075378887199), (0.00772015192353, -0.00727765365577, -0.999943715922) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.0246912371563, -0.999667243429, 0.00746627230298), (-0.999665315024, -0.0247474881892, -0.0075378887199), (0.00772015192353, -0.00727765365577, -0.999943715922)
ベクター: -0.0760326104703, -1.29667442099, -137.93932711)

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要素

#1: タンパク質 Maltodextrin glucosidase / Alpha-glucosidase


分子量: 70406.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: malZ, b0403, JW0393 / 発現宿主: Escherichia coli MC1061 (大腸菌) / 参照: UniProt: P21517, alpha-glucosidase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.64 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% polyacrylic acid 5100, 100 mM HEPES/Sodium hydroxide pH 7.0 and 20 mM Magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 195 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月2日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→40.91 Å / Num. obs: 43678 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 25.4 % / Biso Wilson estimate: 80.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.355 / Net I/σ(I): 4.02
反射 シェル解像度: 3.3→3.418 Å / 冗長度: 14.6 % / Rmerge(I) obs: 0.001 / Num. unique obs: 4169 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2D0G

2d0g


解像度: 3.3→40.91 Å / SU ML: 0.6527 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 40.0566
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3431 1960 4.67 %
Rwork0.3032 40042 -
obs0.3051 42002 98.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 120.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→40.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9762 0 0 1 9763
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014610060
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.82913696
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09391396
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01261812
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.01031330
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.25651080492 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.380.40921160.40742289X-RAY DIFFRACTION80.43
3.38-3.470.42671270.38832713X-RAY DIFFRACTION93.88
3.47-3.570.3841530.38242846X-RAY DIFFRACTION99.14
3.57-3.690.34161370.35352870X-RAY DIFFRACTION100
3.69-3.820.37591440.33382880X-RAY DIFFRACTION100
3.82-3.970.37491410.32952901X-RAY DIFFRACTION99.97
3.97-4.150.40471410.33512898X-RAY DIFFRACTION99.87
4.15-4.370.36931450.32112900X-RAY DIFFRACTION99.9
4.37-4.650.33791410.30652900X-RAY DIFFRACTION100
4.65-50.36681410.28422906X-RAY DIFFRACTION99.97
5-5.510.34471380.282924X-RAY DIFFRACTION100
5.51-6.30.30461520.29032946X-RAY DIFFRACTION99.9
6.3-7.930.32571430.28612977X-RAY DIFFRACTION99.94
7.93-40.910.27721410.23013092X-RAY DIFFRACTION99.11
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.5358538903 Å / Origin y: -23.6310403161 Å / Origin z: -68.7830396425 Å
111213212223313233
T0.739278735866 Å20.100995342622 Å20.188582855456 Å2-0.726078211949 Å20.142331859133 Å2--0.679651825925 Å2
L1.21307787762 °20.322369887935 °2-0.248049392124 °2-0.991546951759 °2-0.161987951793 °2--0.401486968497 °2
S0.0233359703939 Å °-0.204836892955 Å °-0.122451734808 Å °-0.307577819494 Å °0.115195770612 Å °-0.148526162744 Å °-0.0518559151446 Å °-0.150229324784 Å °-0.154353961756 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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