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- PDB-7vs7: Crystal structure of the ectodomain of OsCERK1 in complex with ch... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vs7
タイトルCrystal structure of the ectodomain of OsCERK1 in complex with chitin hexamer
要素Chitin elicitor receptor kinase 1
キーワードTRANSFERASE / CERK1 / chitin / PAMP / immunity / symbiosis / immune receptor / ANTIFUNGAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane receptor protein kinase activity / chitin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
LysM domain receptor kinase CERK1/LYK3-like / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chitin elicitor receptor kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa Japonica Group (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.015 Å
データ登録者Li, X.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J Integr Plant Biol / 年: 2023
タイトル: Structural insight into chitin perception by chitin elicitor receptor kinase 1 of Oryza sativa.
著者: Xu, L. / Wang, J. / Xiao, Y. / Han, Z. / Chai, J.
履歴
登録2021年10月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.country / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chitin elicitor receptor kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9185
ポリマ－22,9531
非ポリマー2,9654
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3850 Å2
ΔGint54 kcal/mol
Surface area12010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.043, 61.406, 46.409
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.650, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Chitin elicitor receptor kinase 1 / OsCERK1 / LysM domain receptor-like kinase 1 / LysM RLK1 / LysM-containing receptor-like kinase 1 / ...OsCERK1 / LysM domain receptor-like kinase 1 / LysM RLK1 / LysM-containing receptor-like kinase 1 / LysM domain receptor-like kinase 9 / OsLysM-RLK9


分子量: 22953.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ)
遺伝子: CERK1, RLK9, Os08g0538300, LOC_Os08g42580, P0665C04.34, P0666G10.101
発現宿主: Insect BA phytoplasma (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0P0XII1, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1237.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 878.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3][LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5]/1-2-1-3-2/a3-b1_a4-c1_a6-e1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.25M Magnesium chloride, 0.1 M TRIS, pH8.5, and 30% (w/v) PEG4000.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: AGILENT EOS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 15362 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 31.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 25.78
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.319 / Num. unique obs: 1486

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
PHENIX1.10-2155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EBZ

4ebz


解像度: 2.015→42.175 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2348 777 5.06 %
Rwork0.1898 14574 -
obs0.1922 15351 97.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 95.5 Å2 / Biso mean: 42.8789 Å2 / Biso min: 20.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.015→42.175 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1515 0 200 38 1753
Biso mean--53.54 39.1 -
残基数----205
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061770
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9532451
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049314
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005299
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.2991024
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.0151-2.14130.29791140.2253225292
2.1413-2.30660.28151100.2147249199
2.3066-2.53870.27171060.2132246799
2.5387-2.9060.26151450.2216246099
2.906-3.6610.23111600.1964243999
3.661-42.1750.20291420.1603246597
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 31.3453 Å / Origin y: -2.9306 Å / Origin z: 59.8769 Å
111213212223313233
T0.3393 Å20.0382 Å20.0123 Å2-0.1949 Å2-0.02 Å2--0.218 Å2
L0.8917 °20.2775 °2-0.0333 °2-2.2587 °2-0.6058 °2--2.4814 °2
S-0.0028 Å °-0.0956 Å °0.037 Å °0.0736 Å °0.0067 Å °0.0394 Å °-0.126 Å °-0.0144 Å °-0.0102 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain 'A' and resid 29 through 233)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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