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万見
- PDB-7vs3: The crystal structure of rat calcium-dependent activator protein ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vs3
タイトルThe crystal structure of rat calcium-dependent activator protein for secretion (CAPS) C2PH
要素Calcium-dependent secretion activator 1
キーワードEXOCYTOSIS / Ca2+-dependent exocytosis / Vesicle priming / Munc13 / CAPS / SNARE complex assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


extrinsic component of neuronal dense core vesicle membrane / catecholamine secretion / dense core granule / regulated exocytosis / presynaptic dense core vesicle exocytosis / vesicle organization / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / synaptic vesicle priming / positive regulation of exocytosis / exocytosis ...extrinsic component of neuronal dense core vesicle membrane / catecholamine secretion / dense core granule / regulated exocytosis / presynaptic dense core vesicle exocytosis / vesicle organization / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / synaptic vesicle priming / positive regulation of exocytosis / exocytosis / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / establishment of localization in cell / protein transport / presynapse / cytoplasmic vesicle / glutamatergic synapse / calcium ion binding / protein kinase binding
類似検索 - 分子機能
Calcium-dependent secretion activator / MUN domain / Munc13 homology 1 / MUN domain / Munc13-homology domain 1 (MHD1) profile. / Domain of Unknown Function (DUF1041) / C2 domain / C2 domain profile. / PH domain / PH domain profile. ...Calcium-dependent secretion activator / MUN domain / Munc13 homology 1 / MUN domain / Munc13-homology domain 1 (MHD1) profile. / Domain of Unknown Function (DUF1041) / C2 domain / C2 domain profile. / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium-dependent secretion activator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.595 Å
データ登録者Zhou, H. / Wei, Z.Q. / Zhang, L. / Ren, Y.J. / Ma, C.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31670846 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31721002 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: The C 2 and PH domains of CAPS constitute an effective PI(4,5)P2-binding unit essential for Ca 2+ -regulated exocytosis.
著者: Zhang, L. / Li, L. / Wei, Z. / Zhou, H. / Liu, H. / Wang, S. / Ren, Y. / Dai, T. / Wang, J. / Hu, Z. / Ma, C.
履歴
登録2021年10月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年4月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium-dependent secretion activator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9744
ポリマ－27,6861
非ポリマー2883
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area240 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area11840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.940, 62.452, 64.071
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-802-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Calcium-dependent secretion activator 1 / Calcium-dependent activator protein for secretion 1 / CAPS-1 / rCAPS


分子量: 27685.623 Da / 分子数: 1 / 断片: C2PH domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Cadps, Caps, Caps1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q62717
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.21 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 0.1M Tris pH 8.5, 2.5M ammonium sulfate / PH範囲: 8.0 - 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月11日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→50 Å / Num. obs: 7469 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 9 % / Rrim(I) all: 0.225 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.59→2.69 Å / 冗長度: 8.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 716 / Rrim(I) all: 0.779 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WI1, 3W56

1wi1

3w56


解像度: 2.595→42.561 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 375 5.08 %
Rwork0.223 7013 -
obs0.2261 7388 99.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 65.3 Å2 / Biso mean: 40.8747 Å2 / Biso min: 30.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.595→42.561 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1823 0 15 22 1860
Biso mean--53.81 40.55 -
残基数----235
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031880
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6132557
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043282
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004325
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1621118
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5952-2.97060.34911150.2823227198
2.9706-3.74240.28591270.22672320100
3.7424-42.5610.25531330.2028242299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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