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- PDB-7vrs: The complex of Acyltransferase and Acyl Carrier Protein Domains f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vrs
タイトルThe complex of Acyltransferase and Acyl Carrier Protein Domains from module 9 of Salinomycin Polyketide Synthase
要素(Type I modular polyketide synthase) x 2
キーワードTRANSFERASE / complex / cis-acting / acyltransferase / acyl carrier protein
機能・相同性
機能・相同性情報


macrolide biosynthetic process / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / oxidoreductase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Quinone oxidoreductase/zeta-crystallin, conserved site / Quinone oxidoreductase / zeta-crystallin signature. / Polyketide synthase dimerisation element domain / Polyketide synthase dimerisation element domain / : / Polyketide synthase extender module SpnB, Rossmann fold domain / Polyketide synthase, docking domain / Erythronolide synthase docking domain / Zinc-binding dehydrogenase / : ...Quinone oxidoreductase/zeta-crystallin, conserved site / Quinone oxidoreductase / zeta-crystallin signature. / Polyketide synthase dimerisation element domain / Polyketide synthase dimerisation element domain / : / Polyketide synthase extender module SpnB, Rossmann fold domain / Polyketide synthase, docking domain / Erythronolide synthase docking domain / Zinc-binding dehydrogenase / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain / PKS_PP_betabranch / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / GroES-like superfamily / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1,1'-butane-1,4-diylbis(1H-pyrrole-2,5-dione) / 4'-PHOSPHOPANTETHEINE / Type I modular polyketide synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces albus subsp. albus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Feng, Y. / Zheng, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770068, 32070040 中国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Structural visualization of transient interactions between the cis-acting acyltransferase and acyl carrier protein of the salinomycin modular polyketide synthase.
著者: Feng, Y. / Zhang, F. / Huang, S. / Deng, Z. / Bai, L. / Zheng, J.
履歴
登録2021年10月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type I modular polyketide synthase
B: Type I modular polyketide synthase
C: Type I modular polyketide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,2536
ポリマ－108,3993
非ポリマー8553
水2,144119
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.613, 102.061, 150.991
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number17
Space group name H-MP2221

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要素

#1: タンパク質 Type I modular polyketide synthase


分子量: 48557.383 Da / 分子数: 2 / 変異: S190C, C298S, C347S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces albus subsp. albus (バクテリア)
遺伝子: salAV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H1ZZT7
#2: タンパク質 Type I modular polyketide synthase


分子量: 11283.735 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces albus subsp. albus (バクテリア)
遺伝子: salAV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H1ZZT7
#3: 化合物 ChemComp-ME9 / 1,1'-butane-1,4-diylbis(1H-pyrrole-2,5-dione) / N,N′-テトラメチレンビス(マレインイミド)


分子量: 248.235 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H12N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PNS / 4'-PHOSPHOPANTETHEINE / パンテテイン4′-りん酸


分子量: 358.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C11H23N2O7PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris-HCl (pH 8.0), 0.4 M MgCl2, 0.2 M Na2SO4, 26% (v/v) PEG 3350
PH範囲: 7.6-8.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月15日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 36632 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 1793

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7VT1

7vt1


解像度: 2.6→47.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 19.63 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.584 / ESU R Free: 0.275 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2251 1816 5 %RANDOM
Rwork0.1859 ---
obs0.1878 34508 98.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 239.95 Å2 / Biso mean: 41.361 Å2 / Biso min: 15.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.44 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.07 Å2-0 Å2
3---0.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→47.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7143 0 57 119 7319
Biso mean--59.74 33.77 -
残基数----974
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0137337
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0176991
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4141.62210008
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2341.56815994
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9385971
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.04121.078371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.318151061
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6041558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2931
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.020.028569
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.021667
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 120 -
Rwork0.26 2385 -
all-2505 -
obs--94.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1681-0.15220.03790.3571-0.12060.48310.0247-0.03710.0315-0.052-0.0175-0.0001-0.01540.0225-0.00720.1018-0.0056-0.00870.02990.00010.0607-35.755228.183-6.4601
20.18810.2279-0.1850.5434-0.31840.3549-0.0135-0.02480.0090.0590.02790.06670.0113-0.0023-0.01440.0743-0.0130.01460.0586-0.00260.0598-57.078214.4722.1889
310.1053-0.74252.16180.5815-0.59371.0245-0.03070.2607-0.0268-0.0297-0.03780.11720.0453-0.0160.06850.0069-0.0070.02040.0521-0.06470.188-8.753934.2936-4.262
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 444
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 444
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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