PDB-7vrr: Crystal structure of Arabidopsis thaliana HDT1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vrr

タイトル

Crystal structure of Arabidopsis thaliana HDT1

要素

Histone deacetylase HDT1

キーワード

CHAPERONE / HDAC / HD-tuin / HDT / Histone deactylase / nucleoplasmin

機能・相同性

機能・相同性情報

polarity specification of adaxial/abaxial axis / seed dormancy process / DNA-mediated transformation / root development / histone deacetylase activity / nucleolus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Kumar, A. / Bobde, R.C. / Vasudevan, D.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Plant Cell / 年: 2022
タイトル: Plant-specific HDT family histone deacetylases are nucleoplasmins.
著者: Bobde, R.C. / Kumar, A. / Vasudevan, D.

履歴

登録	2021年10月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vrr.cif.gz	188.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vrr.ent.gz	153.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vrr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7vrr_validation.pdf.gz	458.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7vrr_full_validation.pdf.gz	462.5 KB	表示
XML形式データ	7vrr_validation.xml.gz	16 KB	表示
CIF形式データ	7vrr_validation.cif.gz	22.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/7vrr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/7vrr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7vmfSC 7vmhC 7vmiC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (3) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (3) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Histone deacetylase HDT1

B: Histone deacetylase HDT1

C: Histone deacetylase HDT1

D: Histone deacetylase HDT1

E: Histone deacetylase HDT1

53.4 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.961, 79.961, 143.625
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Histone deacetylase HDT1 / HD-tuins protein 1 / Histone deacetylase 2a 分子量: 10679.218 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: HDT1, HD2A, HDA3, At3g44750, T32N15.8 / プラスミド: pet22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9FVE6

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.02 %
結晶化	温度: 301 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 50 mM MgCl2.6H2O, 0.1M HEPES (pH 7.5), 30% V/V PEG MME 550

-
データ収集

回折	平均測定温度: 103 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97947 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年1月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→44.42 Å / Num. obs: 10405 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.7 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.108 / R_rim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 20.2
反射シェル	解像度: 2.95→3.13 Å / 冗長度: 10.1 % / R_merge(I) obs: 0.637 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique obs: 1621 / CC_1/2: 0.928 / R_sym value: 0.705 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7VMF

7vmf

解像度: 2.95→41.11 Å / 交差検証法: THROUGHOUT

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.247	-	-
R_work	0.224	-	-
obs	-	9849	99.91 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→41.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3554	0	0	0	3554

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.018	3670
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3484
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.315	1.879	4965
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.95	2.824	8079
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.299	5	443
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.124	25.733	150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.327	15	628
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	561
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4038
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	758
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.95→3.03 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.373	32	-
R_work	0.319	698	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.6462	0.4831	0.3364	6.0354	-1.9644	5.3526	-0.0181	0.1282	0.4069	0.041	-0.159	-0.3789	-0.5111	0.0089	0.1771	0.1007	-0.054	-0.0581	0.0857	0.1053	0.1858	21.137	75.749	-5.942
2	3.6406	0.7914	1.9148	4.9892	-1.6519	5.9038	0.1097	0.2419	0.0802	-0.4983	-0.1556	0.2784	0.3598	-0.2979	0.0459	0.1552	-0.0315	-0.0801	0.1264	0.0126	0.0541	9.496	61.005	-11.594
3	5.2541	0.2642	0.0504	6.7127	-0.6676	3.8497	-0.0983	-0.3279	0.1026	0.9439	-0.312	-0.8205	-0.2632	0.4673	0.4103	0.2646	-0.119	-0.268	0.1261	0.1217	0.3217	30.092	70.396	10.665
4	4.7534	-0.9218	2.4346	8.5485	-1.9905	5.8503	0.0616	-0.3727	0.0266	0.7427	-0.1809	-0.4602	-0.0687	-0.095	0.1192	0.1996	-0.0899	-0.1203	0.075	0.0598	0.0861	23.999	52.254	15.357
5	4.3988	0.1362	1.3375	6.5539	-2.2029	6.3399	0.1969	0.1031	-0.1774	-0.2088	0.0744	0.6	0.6245	-0.3573	-0.2713	0.2405	-0.1268	-0.0729	0.079	0.0265	0.0741	11.372	46.469	1.549

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 96
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 95
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 95
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 96
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 95

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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