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- PDB-7vrg: Crystal structure of chitinase-h from O. furnacalis in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vrg
タイトルCrystal structure of chitinase-h from O. furnacalis in complex with Lynamicin B
要素Chitinase
キーワードHYDROLASE / chitinase h / O. furnacalis / Lynamicin B
機能・相同性
機能・相同性情報


chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Chitinase A N-terminal / Chitinase A, N-terminal domain / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 18 ...Chitinase A N-terminal / Chitinase A, N-terminal domain / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 18 / Immunoglobulin E-set / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7U8 / Chitinase
類似検索 - 構成要素
生物種Ostrinia furnacalis (アワノメイガ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Lu, Q. / Liu, T. / Zhou, Y. / Yang, Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2021
タイトル: Lynamicin B is a Potential Pesticide by Acting as a Lepidoptera-Exclusive Chitinase Inhibitor.
著者: Lu, Q. / Xu, L. / Liu, L. / Zhou, Y. / Liu, T. / Song, Y. / Ju, J. / Yang, Q.
履歴
登録2021年10月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chitinase
B: Chitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,1838
ポリマ－119,9752
非ポリマー2,2096
水7,782432
1
A: Chitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0924
ポリマ－59,9871
非ポリマー1,1043
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Chitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0924
ポリマ－59,9871
非ポリマー1,1043
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.908, 77.859, 81.972
Angle α, β, γ (deg.)113.634, 109.902, 95.000
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TYR / Beg label comp-ID: TYR / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Auth seq-ID: 14 - 552 / Label seq-ID: 1 - 539

Dom-IDComponent-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
11chain 'A'AA
22chain 'B'BB

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要素

#1: タンパク質 Chitinase


分子量: 59987.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ostrinia furnacalis (アワノメイガ)
遺伝子: OfChi-h / 発現宿主: Komagataella phaffii CBS 7435 (菌類) / 参照: UniProt: Q4AE59
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-7U8 / methyl 4-[5,6-bis(chloranyl)-1H-indol-3-yl]-3-(5-chloranyl-1H-indol-3-yl)-1H-pyrrole-2-carboxylate / Lynamicin B / リナミシンB


分子量: 458.724 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C22H14Cl3N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 432 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 100mM HEPES pH 7.0, 26% (w/v) Jeffamine ED-2001

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→43.034 Å / Num. obs: 108457 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 31.32 Å2 / CC1/2: 0.978 / Rsym value: 0.149 / Net I/σ(I): 4.64
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.88 / Num. unique obs: 7985 / CC1/2: 0.382 / Rsym value: 0.91 / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5gqb

5gqb


解像度: 2.4→43.03 Å / SU ML: 0.3129 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.2137
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2433 3880 3.58 %
Rwork0.2342 104523 -
obs0.2345 108403 95.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→43.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8472 0 144 432 9048
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00838860
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.936512026
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06161244
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01061552
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.25893170
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.430.31891400.32983722X-RAY DIFFRACTION93.92
2.43-2.460.36861330.33173671X-RAY DIFFRACTION94.67
2.46-2.490.38191380.32173713X-RAY DIFFRACTION95.13
2.49-2.530.34141400.30823825X-RAY DIFFRACTION95.36
2.53-2.560.30661370.30363705X-RAY DIFFRACTION94.96
2.56-2.60.32521370.29923733X-RAY DIFFRACTION94.67
2.6-2.640.31081410.29463721X-RAY DIFFRACTION94.56
2.64-2.680.29251350.29323645X-RAY DIFFRACTION94.08
2.68-2.730.34731430.29313851X-RAY DIFFRACTION95.83
2.73-2.780.27951410.28733714X-RAY DIFFRACTION95.71
2.78-2.830.26761370.2863786X-RAY DIFFRACTION95.78
2.83-2.890.30461400.28433715X-RAY DIFFRACTION95.75
2.89-2.950.32711400.27863797X-RAY DIFFRACTION95.88
2.96-3.020.29351380.26013688X-RAY DIFFRACTION94.99
3.02-3.10.23651420.25513765X-RAY DIFFRACTION95.67
3.1-3.180.2431390.24773721X-RAY DIFFRACTION95.45
3.18-3.280.25281410.24613838X-RAY DIFFRACTION95.51
3.28-3.380.22351390.22813755X-RAY DIFFRACTION95.68
3.38-3.50.20751370.2193729X-RAY DIFFRACTION95.22
3.5-3.640.27411350.2033687X-RAY DIFFRACTION94.98
3.64-3.810.20791410.20113758X-RAY DIFFRACTION95.24
3.81-4.010.16521380.19453745X-RAY DIFFRACTION95.26
4.01-4.260.21221390.17873701X-RAY DIFFRACTION95.1
4.26-4.590.1821410.18473794X-RAY DIFFRACTION94.91
4.59-5.050.18751380.18563666X-RAY DIFFRACTION94.53
5.05-5.780.25361400.20623714X-RAY DIFFRACTION94.05
5.78-7.270.21271330.22313697X-RAY DIFFRACTION94.29
7.28-43.030.19361370.21073667X-RAY DIFFRACTION93.37

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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