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- PDB-7vrf: Crystal structure of Oxpecker chromodomain in complex with H3K9me3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vrf
タイトルCrystal structure of Oxpecker chromodomain in complex with H3K9me3
要素
  • H3K9me3
  • Oxpecker
キーワードGENE REGULATION / chromodomain / histone binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Interleukin-7 signaling / Chromatin modifying enzymes / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / RCAF complex / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / PRC2 methylates histones and DNA / HDACs deacetylate histones ...Interleukin-7 signaling / Chromatin modifying enzymes / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / RCAF complex / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / PRC2 methylates histones and DNA / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Transcriptional regulation by small RNAs / Estrogen-dependent gene expression / HATs acetylate histones / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Oxidative Stress Induced Senescence / polytene chromosome / nucleosomal DNA binding / chromosome organization / pericentric heterochromatin / : / structural constituent of chromatin / nucleosome / heterochromatin formation / nucleosome assembly / protein heterodimerization activity / chromatin binding / chromatin / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / Chromo domain subgroup / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / Histone H3 signature 1. ...: / : / Chromo domain subgroup / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Oxpecker / Histone H3
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Huang, Y. / Jin, Z. / Yu, B.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171186 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the chromodomain of Oxpecker in complex with histone H3 lysine 9 trimethylation reveal a transposon silencing mechanism by heterodimerization.
著者: Jin, Z. / Yu, B. / Huang, Y.
履歴
登録2021年10月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxpecker
B: Oxpecker
C: H3K9me3
D: H3K9me3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5364
ポリマ－19,5364
非ポリマー00
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4010 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area8460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.421, 37.455, 38.757
Angle α, β, γ (deg.)61.228, 88.787, 74.943
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 Oxpecker


分子量: 8560.701 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Oxp, Dmel\CG18186, OXP, CG18186, Dmel_CG18186 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A1ZAW9
#2: タンパク質・ペプチド H3K9me3


分子量: 1207.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P02299
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.29 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M ammonium citrate, 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 15565 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 23.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 30.8
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Rmerge(I) obs: 0.233 / Num. unique obs: 752

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHENIX1.18.2_3874精密化
Cootモデル構築
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4U68

4u68


解像度: 1.7→25.72 Å / SU ML: 0.1369 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.07 / 位相誤差: 27.8653
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2384 1549 9.96 %
Rwork0.192 14005 -
obs0.1965 15554 95.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→25.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1155 0 0 97 1252
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01161179
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.29841586
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0597161
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072198
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.5314165
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.750.26291310.21341214X-RAY DIFFRACTION90.39
1.76-1.820.24691470.20491249X-RAY DIFFRACTION95.55
1.82-1.890.26121430.20531287X-RAY DIFFRACTION95.21
1.89-1.980.29661350.21491282X-RAY DIFFRACTION95.49
1.98-2.080.2681430.21561295X-RAY DIFFRACTION95.8
2.08-2.210.23551440.20391255X-RAY DIFFRACTION95.43
2.21-2.380.23271450.20091276X-RAY DIFFRACTION96.21
2.38-2.620.26611430.22781316X-RAY DIFFRACTION97.33
2.62-30.26951430.22341285X-RAY DIFFRACTION97.01
3-3.780.24131350.18341279X-RAY DIFFRACTION94.58
3.78-25.720.19611400.15611267X-RAY DIFFRACTION95.13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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