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- PDB-7vrc: Structure of the Yeast SNF11/SNF2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vrc
タイトルStructure of the Yeast SNF11/SNF2 complex
要素
  • Transcription regulatory protein SNF11
  • XXYS1_4_G0032080.mRNA.1.CDS.1
キーワードNUCLEAR PROTEIN / helix bundle
機能・相同性SWI/SNF complex / chromatin remodeling / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytosol / : / Transcription regulatory protein SNF11
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.147 Å
データ登録者Cheng, Y. / Chen, F. / Zhou, H. / Long, J.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870750 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31670758 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the Yeast SNF11/SNF2 complex
著者: Cheng, Y. / Chen, F. / Zhou, H. / Long, J.
履歴
登録2021年10月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription regulatory protein SNF11
B: XXYS1_4_G0032080.mRNA.1.CDS.1
C: Transcription regulatory protein SNF11
D: XXYS1_4_G0032080.mRNA.1.CDS.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6084
ポリマ－51,6084
非ポリマー00
水2,522140
1
A: Transcription regulatory protein SNF11
B: XXYS1_4_G0032080.mRNA.1.CDS.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8042
ポリマ－25,8042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2080 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area9720 Å2
手法PISA
2
C: Transcription regulatory protein SNF11
D: XXYS1_4_G0032080.mRNA.1.CDS.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8042
ポリマ－25,8042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2400 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area9530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.445, 63.539, 118.466
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Transcription regulatory protein SNF11 / SWI/SNF complex component SNF11


分子量: 18678.834 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SNF11, YDR073W, D4411 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P38956
#2: タンパク質 XXYS1_4_G0032080.mRNA.1.CDS.1 / SNF2


分子量: 7125.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS5717 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7I9GI57
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.79 M sodium phosphate monobasic monohydrate and 0.61 M potassium phosphate dibasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.147→50 Å / Num. obs: 20093 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.8 % / Rpim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 14.78
反射 シェル解像度: 2.147→2.19 Å / Num. unique obs: 959 / Rpim(I) all: 0.391

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.147→44.044 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2599 959 5.08 %
Rwork0.1942 17909 -
obs0.1974 18868 93.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 68.43 Å2 / Biso mean: 29.4193 Å2 / Biso min: 9.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.147→44.044 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2564 0 0 140 2704
Biso mean---37.78 -
残基数----316
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082602
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9323523
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055422
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006453
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.91637
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.147-2.26020.27111010.203187669
2.2602-2.40180.27911130.1959232687
2.4018-2.58720.25721430.1958264498
2.5872-2.84760.22871620.18912706100
2.8476-3.25950.26491150.19532746100
3.2595-4.10610.26381600.17812761100
4.1061-5.830.26271650.2064285098

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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