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万見
- PDB-7vr5: Crystal structure of CmABCB1 W114Y/W161Y/W363Y/W364Y/M391W (4WY/M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vr5
タイトルCrystal structure of CmABCB1 W114Y/W161Y/W363Y/W364Y/M391W (4WY/M391W) mutant
要素Probable ATP-dependent transporter ycf16
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Multi-Drug Transporter ABC Transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


oligopeptide export from mitochondrion / ABC-type oligopeptide transporter activity / mitochondrial inner membrane / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. ...Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable ATP-dependent transporter ycf16
類似検索 - 構成要素
生物種Cyanidioschyzon merolae (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Inoue, Y. / Ogawa, H. / Kato, H.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19K22495 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H03222 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21K19333 日本
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022
タイトル: Structure-based alteration of tryptophan residues of the multidrug transporter CmABCB1 to assess substrate binding using fluorescence spectroscopy.
著者: Inoue, Y. / Yamaguchi, T. / Otsuka, T. / Utsunomiya, Y. / Pan, D. / Ogawa, H. / Kato, H.
履歴
登録2021年10月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable ATP-dependent transporter ycf16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2884
ポリマ－66,2011
非ポリマー1,0873
水21612
1
A: Probable ATP-dependent transporter ycf16
ヘテロ分子

A: Probable ATP-dependent transporter ycf16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,5768
ポリマ－132,4012
非ポリマー2,1756
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555-x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/31
Buried area12910 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area52760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)179.570, 179.570, 158.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Space group name HallR32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
#7: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3
#11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3
#12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3
#13: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
#16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3
#17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3
#18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3

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要素

#1: タンパク質 Probable ATP-dependent transporter ycf16


分子量: 66200.680 Da / 分子数: 1 / 変異: W114Y,W161Y,W363Y,W364Y,M391W / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cyanidioschyzon merolae (strain 10D) (真核生物)
株: 10D / 遺伝子: CYME_CMD148C / プラスミド: PPICZ-A / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): SMD1163 / 参照: UniProt: M1VAN7
#2: 糖 ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 15.2% PEG 2000 MME, 100 mM potassium nitrate, 100 mM magnesium nitrate, 0.07 mM clotrimazole

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 19770 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 100.58 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rrim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 13.42
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.742 / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / Num. unique obs: 2819 / CC1/2: 0.926 / Rrim(I) all: 0.771 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6A6N

6a6n


解像度: 3→15.97 Å / SU ML: 0.4396 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 31.5907
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2637 1004 5.12 %
Rwork0.2132 18618 -
obs0.2157 19622 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 121.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→15.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4487 0 57 12 4556
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00244626
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49926267
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0378732
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0038797
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.07321648
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.160.35841320.32512648X-RAY DIFFRACTION99.93
3.16-3.350.3381540.2892618X-RAY DIFFRACTION99.96
3.35-3.610.27941410.24722630X-RAY DIFFRACTION99.89
3.61-3.970.31731340.23272661X-RAY DIFFRACTION99.96
3.97-4.530.27961390.19942659X-RAY DIFFRACTION100
4.53-5.660.22191460.20682676X-RAY DIFFRACTION100
5.67-15.970.24161580.18552726X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.32565997195-3.48479991178-1.193584386936.609341386561.301905358010.837821150295-0.0407591346701-0.562665532684-0.626508379744-1.01838838565-0.403671342419-0.9156410575830.5059436039610.2114276871330.3574120454041.302315242910.4156391264080.5280869237570.8934413667680.4182930563551.1630488012131.364484063326.902094000736.4141139511
21.94454657799-2.216830073311.902709533491.52517778764-1.654964268471.87137699117-1.18261766051-0.6382956380790.4670473510152.22071357378-0.235938360946-2.04435773062-0.6603232912730.7450104333670.544783885931.360337670330.2344698338840.25642821091.042147978670.3637017412261.0632451182447.636041650151.739726269629.7388596781
33.91963383444-4.453311673050.7848154007083.20634892621-1.837688070422.36414275058-1.27081035883-0.804155994969-0.299246156910.5869241577040.810059382867-1.191974948470.7374120110770.2904567753460.3407774693711.363159443510.4598618617070.2136231169740.9262265590130.243189524761.0989155346755.866635517443.144047546325.8208567502
42.38809484217-2.47628722626-0.631951234374.5614653524-0.09438187422441.43114556339-0.0882471810044-0.133959134770.401949395849-0.0349173053693-0.0472476423076-0.5176734021890.3397365858230.1087616776070.09533760808720.647296127322-0.006613842186460.01236540829810.6148416397390.0757691363610.6688204509359.3768798690558.211559572441.7795398901
58.19227983537-3.346393889161.826709292553.514609055344.200786140898.629056859330.1013671408841.009079565450.534695778989-1.39225180496-0.323756339132-0.0221335963624-0.6002440634130.7234569024930.1662731526951.05675492934-0.0376093816768-0.1045044396450.7774822022560.08433394364060.941640584116-6.1371555761865.955212479827.8588773028
63.11337225227-0.461573147951-2.117067561945.41716059793-4.844989015746.73910826942-0.01688999419081.097083222861.381227750580.2841148753370.426583988340.634172475622-0.757337317578-0.594531012814-0.4095156587680.6991398784410.0803023122261-0.06797562952050.8458602815450.105211844521.37332479757-5.0619319296187.028851149537.3008068217
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 101 through 258 )101 - 2581 - 158
22chain 'A' and (resid 259 through 317 )259 - 317159 - 217
33chain 'A' and (resid 318 through 370 )318 - 370218 - 270
44chain 'A' and (resid 371 through 575 )371 - 575271 - 475
55chain 'A' and (resid 576 through 631 )576 - 631476 - 531
66chain 'A' and (resid 632 through 688 )632 - 688532 - 588

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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