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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vr5 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of CmABCB1 W114Y/W161Y/W363Y/W364Y/M391W (4WY/M391W) mutant | ||||||||||||
![]() | Probable ATP-dependent transporter ycf16 | ||||||||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Multi-Drug Transporter ABC Transporter | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() oligopeptide export from mitochondrion / ABC-type oligopeptide transporter activity / mitochondrial inner membrane / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Inoue, Y. / Ogawa, H. / Kato, H. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure-based alteration of tryptophan residues of the multidrug transporter CmABCB1 to assess substrate binding using fluorescence spectroscopy. 著者: Inoue, Y. / Yamaguchi, T. / Otsuka, T. / Utsunomiya, Y. / Pan, D. / Ogawa, H. / Kato, H. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 292.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 199.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 964.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 970.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6a6nS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 66200.680 Da / 分子数: 1 / 変異: W114Y,W161Y,W363Y,W364Y,M391W / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: 10D / 遺伝子: CYME_CMD148C / プラスミド: PPICZ-A / 発現宿主: ![]() | ||||||
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#2: 糖 | #3: 化合物 | ChemComp-TRS / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.72 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 15.2% PEG 2000 MME, 100 mM potassium nitrate, 100 mM magnesium nitrate, 0.07 mM clotrimazole |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→50 Å / Num. obs: 19770 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 100.58 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rrim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 13.42 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.742 / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / Num. unique obs: 2819 / CC1/2: 0.926 / Rrim(I) all: 0.771 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6A6N 解像度: 3→15.97 Å / SU ML: 0.4396 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 31.5907 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 121.49 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→15.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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