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- PDB-7vr5: Crystal structure of CmABCB1 W114Y/W161Y/W363Y/W364Y/M391W (4WY/M... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7vr5 | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of CmABCB1 W114Y/W161Y/W363Y/W364Y/M391W (4WY/M391W) mutant | ||||||||||||
![]() | Probable ATP-dependent transporter ycf16 | ||||||||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Multi-Drug Transporter ABC Transporter | ||||||||||||
Function / homology | ![]() ABC-type transporter activity / chloroplast / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Inoue, Y. / Ogawa, H. / Kato, H. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structure-based alteration of tryptophan residues of the multidrug transporter CmABCB1 to assess substrate binding using fluorescence spectroscopy. Authors: Inoue, Y. / Yamaguchi, T. / Otsuka, T. / Utsunomiya, Y. / Pan, D. / Ogawa, H. / Kato, H. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 292.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 199.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 964.9 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 970.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 21.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 29.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6a6nS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 66200.680 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: W114Y,W161Y,W363Y,W364Y,M391W Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: 10D / Gene: CYME_CMD148C / Plasmid: PPICZ-A / Production host: ![]() | ||||||
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#2: Sugar | #3: Chemical | ChemComp-TRS / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.7 Å3/Da / Density % sol: 66.72 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 15.2% PEG 2000 MME, 100 mM potassium nitrate, 100 mM magnesium nitrate, 0.07 mM clotrimazole |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 24, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3→50 Å / Num. obs: 19770 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 100.58 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rrim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 13.42 |
Reflection shell | Resolution: 3→3.16 Å / Redundancy: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.742 / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / Num. unique obs: 2819 / CC1/2: 0.926 / Rrim(I) all: 0.771 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6A6N Resolution: 3→15.97 Å / SU ML: 0.4396 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / Phase error: 31.5907 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 121.49 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3→15.97 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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