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- PDB-7vr4: Crystal structure of (-)-pulegone reductase PR1294 from Nepeta te... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vr4
タイトルCrystal structure of (-)-pulegone reductase PR1294 from Nepeta tenuifolia in complex with NADPH
要素(-)-pulegone reductase PR1294 from Nepeta tenuifolia in complex with NADPH
キーワードPLANT PROTEIN / double bond reductase
機能・相同性NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種Schizonepeta tenuifolia (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Lin, W. / Wang, W.W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of (-)-pulegone reductase PR1294 from Nepeta tenuifolia in complex with NADPH
著者: Lin, W. / Wang, W.W.
履歴
登録2021年10月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: (-)-pulegone reductase PR1294 from Nepeta tenuifolia in complex with NADPH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9942
ポリマ－38,2511
非ポリマー7431
水5,224290
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1340 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area15040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.245, 71.199, 81.146
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.580, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 (-)-pulegone reductase PR1294 from Nepeta tenuifolia in complex with NADPH


分子量: 38250.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Schizonepeta tenuifolia (植物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris (pH 6.5), 25 % W/V PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→19.63 Å / Num. obs: 80816 / % possible obs: 96.53 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 1.69→1.75 Å / Num. unique obs: 3348 / CC1/2: 0.977 / % possible all: 79.07

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7EQL

7eql


解像度: 1.69→19.628 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 20.55 / 立体化学のターゲット値: LS_WUNIT_K1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1962 2000 4.84 %
Rwork0.1617 76905 -
obs0.1633 80816 96.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 80.95 Å2 / Biso mean: 29.4989 Å2 / Biso min: 12.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.69→19.628 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2628 0 48 290 2966
Biso mean--17.59 37.59 -
残基数----340
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.6902-1.71080.4061610.3591127645
1.7108-1.73250.26041200.2665239984
1.7325-1.75520.23551410.2399270896
1.7552-1.77930.21981420.2276279298
1.7793-1.80470.25951420.2115279598
1.8047-1.83160.2411460.2067285698
1.8316-1.86020.2231330.2054271799
1.8602-1.89070.26131460.2011289299
1.8907-1.92320.25611390.2034274299
1.9232-1.95820.2331460.1928284399
1.9582-1.99580.19651430.1881279999
1.9958-2.03650.19421440.1868283699
2.0365-2.08070.20861430.1817280799
2.0807-2.12910.2141400.1794283799
2.1291-2.18230.19411410.1807274999
2.1823-2.24120.20921500.1753289699
2.2412-2.3070.17331440.1801277999
2.307-2.38140.16881430.1741280199
2.3814-2.46630.19461480.1714287499
2.4663-2.56490.18621410.17382799100
2.5649-2.68130.22891460.16442828100
2.6813-2.82230.20821450.16432819100
2.8223-2.99860.23521400.15892850100
2.9986-3.22920.16251470.15342856100
3.2292-3.55240.18281450.14112853100
3.5524-4.06250.20191440.13292829100
4.0625-5.10330.14981430.11282841100
5.1033-19.6280.18181480.1375283299
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.2084 Å / Origin y: -14.661 Å / Origin z: 16.1114 Å
111213212223313233
T0.147 Å20.0276 Å20.0048 Å2-0.159 Å2-0.0062 Å2--0.1812 Å2
L0.5072 °20.1128 °20.4377 °2-1.1389 °20.0353 °2--1.9362 °2
S-0.0524 Å °-0.0531 Å °0.0075 Å °0.2201 Å °0.0108 Å °-0.0891 Å °0.0244 Å °0.0371 Å °0.0416 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 344
2X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 300
3X-RAY DIFFRACTION1allS301
4X-RAY DIFFRACTION1allB402

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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