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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vqj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of NDM-1 in complex with hydrolyzed 1u. | ||||||
![]() | Metallo-beta-lactamase NDM-1 | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / NDM-1 | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xie, H.X. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of NDM-1 in complex with hydrolyzed 1u. 著者: Xie, H.X. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 109.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 75.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5ypnS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25631.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.67 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.44→50 Å / Num. obs: 16684 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 31.49 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Rpim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 6.42 |
反射 シェル | 解像度: 2.44→2.48 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.718 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 784 / Rpim(I) all: 0.408 / % possible all: 95.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5YPN 解像度: 2.45→38.06 Å / SU ML: 0.321 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.548 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.93 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→38.06 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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