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- PDB-7vqf: Phenol binding protein, MopR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vqf
タイトルPhenol binding protein, MopR
要素Phenol sensing regulator, MopR
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Transcriptional regulator / phenol
機能・相同性ACETATE ION / PHENOL
機能・相同性情報
生物種Acinetobacter calcoaceticus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Singh, J. / Ray, S. / Anand, R.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
Department of Science & Technology (DST, India)EMR/2015/002121 インド
Board of Research in Nuclear Sciences (BRNS)20150237B02RP00614-BRNS インド
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Phenol sensing in nature is modulated via a conformational switch governed by dynamic allostery.
著者: Singh, J. / Sahil, M. / Ray, S. / Dcosta, C. / Panjikar, S. / Krishnamoorthy, G. / Mondal, J. / Anand, R.
履歴
登録2021年10月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2022年9月7日ID: 6L79
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年2月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenol sensing regulator, MopR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6324
ポリマ－26,4131
非ポリマー2193
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area10710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.200, 118.300, 56.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Phenol sensing regulator, MopR


分子量: 26413.219 Da / 分子数: 1 / 変異: G148P / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter calcoaceticus (バクテリア)
遺伝子: mopR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-IPH / PHENOL / フェノ-ル


分子量: 94.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.7 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M Mg-acetate.tetrahydrate, 15% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→33.3 Å / Num. obs: 9592 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 37.99 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 9.26
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Num. unique obs: 1769 / CC1/2: 0.86

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5KBE

5kbe


解像度: 2.3→33.3 Å / SU ML: 0.3313 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.9969
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2635 479 5 %
Rwork0.2225 9110 -
obs0.2246 9589 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→33.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1536 0 12 21 1569
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00371594
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6572152
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0387222
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033284
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.6954208
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.630.3391570.2642989X-RAY DIFFRACTION99.9
2.63-3.320.27591580.2483005X-RAY DIFFRACTION99.87
3.32-33.30.24051640.20243116X-RAY DIFFRACTION99.18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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