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万見
- PDB-7vpz: Cryo-EM structure of Streptomyces coelicolor transcription initia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vpz
タイトルCryo-EM structure of Streptomyces coelicolor transcription initial complex with one Zur dimer
要素
  • (DNA (84-MER)) x 2
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4
  • Putative metal uptake regulation protein
  • RNA
  • RNA polymerase principal sigma factor HrdB
キーワードDNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of secondary metabolite biosynthetic process / bacterial-type RNA polymerase holo enzyme binding / DNA-binding transcription repressor activity / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / protein-DNA complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase ...regulation of secondary metabolite biosynthetic process / bacterial-type RNA polymerase holo enzyme binding / DNA-binding transcription repressor activity / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / protein-DNA complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferric-uptake regulator, C-terminal domain / Ferric-uptake regulator / Ferric uptake regulator family / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 ...Ferric-uptake regulator, C-terminal domain / Ferric-uptake regulator / Ferric uptake regulator family / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / RNA / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNA polymerase principal sigma factor HrdB / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / Metal uptake regulation protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor A3
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.14 Å
データ登録者Yang, X. / Zheng, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770068, 32070040 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022
タイトル: Structural basis of Streptomyces transcription activation by zinc uptake regulator.
著者: Xu Yang / Yiqun Wang / Guiyang Liu / Zixin Deng / Shuangjun Lin / Jianting Zheng /
要旨: Streptomyces coelicolor (Sc) is a model organism of actinobacteria to study morphological differentiation and production of bioactive metabolites. Sc zinc uptake regulator (Zur) affects both ...Streptomyces coelicolor (Sc) is a model organism of actinobacteria to study morphological differentiation and production of bioactive metabolites. Sc zinc uptake regulator (Zur) affects both processes by controlling zinc homeostasis. It activates transcription by binding to palindromic Zur-box sequences upstream of -35 elements. Here we deciphered the molecular mechanism by which ScZur interacts with promoter DNA and Sc RNA polymerase (RNAP) by cryo-EM structures and biochemical assays. The ScZur-DNA structures reveal a sequential and cooperative binding of three ScZur dimers surrounding a Zur-box spaced 8 nt upstream from a -35 element. The ScRNAPσHrdB-Zur-DNA structures define protein-protein and protein-DNA interactions involved in the principal housekeeping σHrdB-dependent transcription initiation from a noncanonical promoter with a -10 element lacking the critical adenine residue at position -11 and a TTGCCC -35 element deviating from the canonical TTGACA motif. ScZur interacts with the C-terminal domain of ScRNAP α subunit (αCTD) in a complex structure trapped in an active conformation. Key ScZur-αCTD interfacial residues accounting for ScZur-dependent transcription activation were confirmed by mutational studies. Together, our structural and biochemical results provide a comprehensive model for transcription activation of Zur family regulators.
履歴
登録2021年10月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
F: RNA polymerase principal sigma factor HrdB
M: Putative metal uptake regulation protein
N: Putative metal uptake regulation protein
O: DNA (84-MER)
P: DNA (84-MER)
Q: RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)503,73320
ポリマ－503,18511
非ポリマー5489
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha


分子量: 36734.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
遺伝子: rpoA, GTW64_13255 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6G2M9E1, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 128644.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: rpoB, SCO4654, SCD82.26 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9L0L0, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta'


分子量: 145912.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: rpoC, SCO4655, SCD40A.01, SCD82.27 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8CJT1, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega


分子量: 9716.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: rpoZ, SCO1478, SC9C5.02c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KXS1, DNA-directed RNA polymerase

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タンパク質 , 2種, 3分子 FMN

#5: タンパク質 RNA polymerase principal sigma factor HrdB / RNA polymerase sigma factor SigA


分子量: 58188.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: hrdB, sigA, SCO5820, SC5B8.10 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P18183
#6: タンパク質 Putative metal uptake regulation protein


分子量: 16904.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: SCO2508 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9L2H5

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DNA鎖 , 2種, 2分子 OP

#7: DNA鎖 DNA (84-MER)


分子量: 25808.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
参照: GenBank: 24418971
#8: DNA鎖 DNA (84-MER)


分子量: 26008.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)

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RNA鎖 , 1種, 1分子 Q

#9: RNA鎖 RNA


分子量: 1626.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)

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非ポリマー , 2種, 9分子

#10: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of Streptomyces coelicolor transcription initial complex with one Zur dimer
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.56 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESHEPES1
2100 mMKClKCl1
32 mMDTTDTT1
45 mMMgCl2MgCl21
50.02 mMZnSO4ZnSO41
試料濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 289 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影
IDImaging-ID電子線照射量 (e/Å2)フィルム・検出器のモデル
1140GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
2140GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 21494 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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