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- PDB-7vpy: Crystal structure of the neutralizing nanobody P86 against SARS-CoV-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vpy
タイトルCrystal structure of the neutralizing nanobody P86 against SARS-CoV-2
要素Nanobody
キーワードIMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2
生物種Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Maeda, R. / Fujita, J. / Konishi, Y. / Kazuma, Y. / Yamazaki, H. / Anzai, I. / Yamaguchi, K. / Kasai, K. / Nagata, K. / Yamaoka, Y. ...Maeda, R. / Fujita, J. / Konishi, Y. / Kazuma, Y. / Yamazaki, H. / Anzai, I. / Yamaguchi, K. / Kasai, K. / Nagata, K. / Yamaoka, Y. / Miyakawa, K. / Ryo, A. / Shirakawa, K. / Makino, F. / Matsuura, Y. / Inoue, T. / Imura, A. / Namba, K. / Takaori-Kondo, A.
資金援助 日本, 5件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)20fk0108268 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)20fk018517 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)20fk018413 日本
Japan Science and Technology 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: A panel of nanobodies recognizing conserved hidden clefts of all SARS-CoV-2 spike variants including Omicron.
著者: Ryota Maeda / Junso Fujita / Yoshinobu Konishi / Yasuhiro Kazuma / Hiroyuki Yamazaki / Itsuki Anzai / Tokiko Watanabe / Keishi Yamaguchi / Kazuki Kasai / Kayoko Nagata / Yutaro Yamaoka / Kei ...著者: Ryota Maeda / Junso Fujita / Yoshinobu Konishi / Yasuhiro Kazuma / Hiroyuki Yamazaki / Itsuki Anzai / Tokiko Watanabe / Keishi Yamaguchi / Kazuki Kasai / Kayoko Nagata / Yutaro Yamaoka / Kei Miyakawa / Akihide Ryo / Kotaro Shirakawa / Kei Sato / Fumiaki Makino / Yoshiharu Matsuura / Tsuyoshi Inoue / Akihiro Imura / Keiichi Namba / Akifumi Takaori-Kondo /
要旨: We are amid the historic coronavirus infectious disease 2019 (COVID-19) pandemic. Imbalances in the accessibility of vaccines, medicines, and diagnostics among countries, regions, and populations, ...We are amid the historic coronavirus infectious disease 2019 (COVID-19) pandemic. Imbalances in the accessibility of vaccines, medicines, and diagnostics among countries, regions, and populations, and those in war crises, have been problematic. Nanobodies are small, stable, customizable, and inexpensive to produce. Herein, we present a panel of nanobodies that can detect the spike proteins of five SARS-CoV-2 variants of concern (VOCs) including Omicron. Here we show via ELISA, lateral flow, kinetic, flow cytometric, microscopy, and Western blotting assays that our nanobodies can quantify the spike variants. This panel of nanobodies broadly neutralizes viral infection caused by pseudotyped and authentic SARS-CoV-2 VOCs. Structural analyses show that the P86 clone targets epitopes that are conserved yet unclassified on the receptor-binding domain (RBD) and contacts the N-terminal domain (NTD). Human antibodies rarely access both regions; consequently, the clone buries hidden crevasses of SARS-CoV-2 spike proteins that go undetected by conventional antibodies.
履歴
登録2021年10月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nanobody
B: Nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,21612
ポリマ－31,2892
非ポリマー92710
水3,927218
1
A: Nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1256
ポリマ－15,6451
非ポリマー4805
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0916
ポリマ－15,6451
非ポリマー4465
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.078, 43.166, 56.027
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.758, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-389-

HOH

21B-412-

HOH

31B-417-

HOH

-
要素

#1: 抗体 Nanobody


分子量: 15644.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 51 mg/mL protein, 0.2 M Ammonium sulfate, and 30% w/v polyethylene glycol 4,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→49.13 Å / Num. obs: 30851 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 17.41 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 1493 / CC1/2: 0.835 / Rrim(I) all: 0.668

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ivo

5ivo


解像度: 1.6→30.8 Å / SU ML: 0.1602 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.4932
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2131 1510 4.9 %
Rwork0.1769 29324 -
obs0.1787 30834 98.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→30.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1770 0 49 218 2037
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00611973
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87192687
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0618282
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061352
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.1701284
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.650.25121250.2342646X-RAY DIFFRACTION99
1.65-1.710.23961160.20942670X-RAY DIFFRACTION99.15
1.71-1.780.26661440.20782637X-RAY DIFFRACTION99.04
1.78-1.860.26671500.19272652X-RAY DIFFRACTION98.87
1.86-1.960.18431270.17052673X-RAY DIFFRACTION99.04
1.96-2.080.19811290.17182679X-RAY DIFFRACTION99.5
2.08-2.240.23521550.17362652X-RAY DIFFRACTION99.19
2.24-2.470.22921380.18452650X-RAY DIFFRACTION99.15
2.47-2.820.24231390.1962688X-RAY DIFFRACTION98.71
2.82-3.560.2221360.17282664X-RAY DIFFRACTION97.77
3.56-30.80.17071510.15492713X-RAY DIFFRACTION97.75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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