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- PDB-7vpf: Crystal structure of a novel putative sugar isomerase from the ps... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vpf
タイトルCrystal structure of a novel putative sugar isomerase from the psychrophilic bacterium Paenibacillus sp. R4
要素Xylose isomeraseキシロースイソメラーゼ
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / sugar isomerase / xylose isomeras / glucose isomerase (キシロースイソメラーゼ) / Paenibacillus (パエニバシラス属) / psychrophilic bacteria / cold adaptation
機能・相同性Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / isomerase activity / キシロースイソメラーゼ
機能・相同性情報
生物種Paenibacillus sp. FSL H7-0331 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.983 Å
データ登録者Park, H.H. / Lee, J.H. / Kwon, S.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2020R1G1A1100765 韓国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of a novel putative sugar isomerase from the psychrophilic bacterium Paenibacillus sp. R4.
著者: Kwon, S. / Ha, H.J. / Kang, Y.J. / Sung, J.H. / Hwang, J. / Lee, M.J. / Lee, J.H. / Park, H.H.
履歴
登録2021年10月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xylose isomerase
B: Xylose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4416
ポリマ－65,2302
非ポリマー2114
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, Dimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2720 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area21040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.932, 141.932, 76.701
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 1 through 273)
21(chain B and resid 1 through 273)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Auth seq-ID: 1 - 273 / Label seq-ID: 21 - 293

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1(chain A and resid 1 through 273)AA
2(chain B and resid 1 through 273)BB

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要素

#1: タンパク質 Xylose isomerase / キシロースイソメラーゼ


分子量: 32615.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paenibacillus sp. FSL H7-0331 (バクテリア)
遺伝子: BK127_09920 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1R1C9D1
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium Fluoride, 0.1 M Bis-Tris propane (pH 7.5), 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.98→50 Å / Num. obs: 11523 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.118 / Χ2: 0.921 / Net I/σ(I): 34.4 / Num. measured all: 117028
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.98-3.0510.10.3757590.9620.1220.3940.85599.7
3.05-3.139.90.3417690.9690.1120.360.83499
3.13-3.219.90.3017990.970.0990.3170.84499.6
3.21-3.310.30.2347790.9840.0750.2460.837100
3.3-3.4110.70.1987770.9820.0630.2080.81799.6
3.41-3.5310.50.1647790.9920.0520.1730.84799.4
3.53-3.6710.30.1437730.9920.0460.150.90299.7
3.67-3.84100.147840.9910.0450.1470.96499.5
3.84-4.049.40.1117880.9950.0370.1170.83599.5
4.04-4.39.40.1017590.9950.0330.1060.92999.2
4.3-4.639.50.1017790.9940.0340.1071.05599
4.63-5.099.90.0887850.9960.0280.0930.81598.9
5.09-5.83110.0917640.9950.0280.0951.15399.7
5.83-7.3411.30.0927900.9950.0280.0961.12599.9
7.34-1010.10.0976390.9890.0330.1020.97281.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QC0

3qc0


解像度: 2.983→26.823 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 31.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2712 542 4.73 %
Rwork0.214 10914 -
obs0.2167 11456 97.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 200.49 Å2 / Biso mean: 81.9806 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.983→26.823 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4248 0 4 0 4252
Biso mean--158.89 --
残基数----546
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2560X-RAY DIFFRACTION8.77TORSIONAL
12B2560X-RAY DIFFRACTION8.77TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.983-3.28240.38961370.3158272998
3.2824-3.75620.33151440.2478277299
3.7562-4.72820.25751330.2022275799
4.7282-100.22131280.1852265695

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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