+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vpd | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of Streptomyces coelicolor RNAP-promoter open complex with one Zur dimers | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of siderophore biosynthetic process / regulation of secondary metabolite biosynthetic process / DNA-binding transcription repressor activity / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces coelicolor A3 | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yang, X. / Zheng, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis of Streptomyces transcription activation by zinc uptake regulator. 著者: Xu Yang / Yiqun Wang / Guiyang Liu / Zixin Deng / Shuangjun Lin / Jianting Zheng / ![]() 要旨: Streptomyces coelicolor (Sc) is a model organism of actinobacteria to study morphological differentiation and production of bioactive metabolites. Sc zinc uptake regulator (Zur) affects both ...Streptomyces coelicolor (Sc) is a model organism of actinobacteria to study morphological differentiation and production of bioactive metabolites. Sc zinc uptake regulator (Zur) affects both processes by controlling zinc homeostasis. It activates transcription by binding to palindromic Zur-box sequences upstream of -35 elements. Here we deciphered the molecular mechanism by which ScZur interacts with promoter DNA and Sc RNA polymerase (RNAP) by cryo-EM structures and biochemical assays. The ScZur-DNA structures reveal a sequential and cooperative binding of three ScZur dimers surrounding a Zur-box spaced 8 nt upstream from a -35 element. The ScRNAPσHrdB-Zur-DNA structures define protein-protein and protein-DNA interactions involved in the principal housekeeping σHrdB-dependent transcription initiation from a noncanonical promoter with a -10 element lacking the critical adenine residue at position -11 and a TTGCCC -35 element deviating from the canonical TTGACA motif. ScZur interacts with the C-terminal domain of ScRNAP α subunit (αCTD) in a complex structure trapped in an active conformation. Key ScZur-αCTD interfacial residues accounting for ScZur-dependent transcription activation were confirmed by mutational studies. Together, our structural and biochemical results provide a comprehensive model for transcription activation of Zur family regulators. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 703 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 559.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 32063MC ![]() 7vo0C ![]() 7vo9C ![]() 7vpzC ![]() 7x74C ![]() 7x75C ![]() 7x76C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 6分子 ABSCDE
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 36734.641 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpoA, GTW64_13255 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | | ![]() 分子量: 128644.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: rpoB, SCO4654, SCD82.26 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質 | | ![]() 分子量: 145912.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: rpoC, SCO4655, SCD40A.01, SCD82.27 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() #4: タンパク質 | | ![]() 分子量: 9716.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: rpoZ, SCO1478, SC9C5.02c / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|
-タンパク質 , 2種, 3分子 FMN
#5: タンパク質 | 分子量: 58288.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: sigA, SLI_6088 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#6: タンパク質 | 分子量: 16904.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: SCO2508 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 OP
#7: DNA鎖 | 分子量: 25808.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() 参照: GenBank: 24418971 |
---|---|
#8: DNA鎖 | 分子量: 26017.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 2種, 9分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#9: 化合物 | ChemComp-MG / |
---|---|
#10: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
-
試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of Streptomyces coelicolor RNAP-promoter open complex with one Zur dimers タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 0.56 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結![]() | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 289 K |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-
解析
CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
---|---|
3次元再構成![]() | 解像度: 3.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 19427 / 対称性のタイプ: POINT |