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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vpb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a novel hydrolase in apo form | ||||||
![]() | plastic degrading hydrolase Ple629 | ||||||
![]() | HYDROLASE / plastic degradation | ||||||
機能・相同性 | ACETATE ION / 4-(2-hydroxyethylcarbamoyl)benzoic acid![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wu, P. / Zhao, Y.P. / Li, Z.S. / Ingrid, M.C. / Lara, P. / Gao, J. / Han, X. / Li, Q. / Basak, O. / Liu, W.D. / Wei, R. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structural insight and engineering of a plastic degrading hydrolase Ple629. 著者: Li, Z. / Zhao, Y. / Wu, P. / Wang, H. / Li, Q. / Gao, J. / Qin, H.M. / Wei, H. / Bornscheuer, U.T. / Han, X. / Wei, R. / Liu, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 126.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 95.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 852.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 859.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 41.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6sbnS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30291.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pET-32a / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-J1K / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.35 % / Mosaicity: 1.092 ° |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG 8000, 0.2M calcium acelate, 0.1M sodium cacodylate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月4日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.68→30 Å / Num. obs: 56997 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 15.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.151 / Χ2: 0.728 / Net I/σ(I): 3.4 / Num. measured all: 639478 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6SBN 解像度: 1.68→23.44 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 18.76 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 70.97 Å2 / Biso mean: 19.2942 Å2 / Biso min: 8.31 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.68→23.44 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
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