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- PDB-7vp8: Crystal structure of ferritin from Ureaplasma urealyticum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vp8
タイトルCrystal structure of ferritin from Ureaplasma urealyticum
要素Ferritin-like diiron domain-containing protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Ferritin / Ferritin subfamily / Ureaplasma / Mycoplasma
機能・相同性Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / ferric iron binding / Ferritin-like superfamily / : / Ferritin-like diiron domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Ureaplasma urealyticum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.002 Å
データ登録者Wang, W. / Liu, X. / Wang, Y. / Fu, D. / Wang, H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)62075118, 21601112 中国
引用ジャーナル: Chin.Chem.Lett. / 年: 2022
タイトル: Distinct structural characteristics define a new subfamily of Mycoplasma ferritin
著者: Wang, W. / Liu, X. / Wang, Y. / Wang, Y. / Fu, D. / Xi, H. / Zhao, Y. / Wang, H.
履歴
登録2021年10月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin-like diiron domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3778
ポリマ－20,0471
非ポリマー3307
水4,143230
1
A: Ferritin-like diiron domain-containing protein
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)489,037192
ポリマ－481,12424
非ポリマー7,914168
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_566z,-x+1,-y+11
crystal symmetry operation7_665-z+1,-x+1,y1
crystal symmetry operation8_656-z+1,x,-y+11
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_656-y+1,z,-x+11
crystal symmetry operation11_566y,-z+1,-x+11
crystal symmetry operation12_665-y+1,-z+1,x1
crystal symmetry operation13_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation14_666-y+1,-x+1,-z+11
crystal symmetry operation15_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation16_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation17_556x,z,-y+11
crystal symmetry operation18_655-x+1,z,y1
crystal symmetry operation19_666-x+1,-z+1,-y+11
crystal symmetry operation20_565x,-z+1,y1
crystal symmetry operation21_556z,y,-x+11
crystal symmetry operation22_565z,-y+1,x1
crystal symmetry operation23_655-z+1,y,x1
crystal symmetry operation24_666-z+1,-y+1,-x+11
Buried area103860 Å2
ΔGint-2011 kcal/mol
Surface area141790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)178.441, 178.441, 178.441
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-204-

FE

21A-454-

HOH

31A-469-

HOH

41A-473-

HOH

51A-495-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Ferritin-like diiron domain-containing protein


分子量: 20046.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ureaplasma urealyticum (バクテリア)
遺伝子: EPH05_02360 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A514J930
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.34 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: NaCl, PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→34.341 Å / Num. obs: 16992 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 37.9 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Net I/σ(I): 42.6
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 9.37 / Num. unique obs: 832 / CC1/2: 0.976

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Alphafold2

解像度: 2.002→34.341 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 17.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1905 1697 10 %
Rwork0.1591 15279 -
obs0.1623 16976 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.7 Å2 / Biso mean: 21.4593 Å2 / Biso min: 7.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.002→34.341 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1381 0 7 230 1618
Biso mean--46 28.99 -
残基数----168
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.002-2.06040.25851370.16371226
2.0604-2.12690.18881380.16111249
2.1269-2.20290.2061390.15411242
2.2029-2.29110.23311370.15251249
2.2911-2.39540.20521380.15781232
2.3954-2.52160.18581400.1621263
2.5216-2.67960.22461400.16721258
2.6796-2.88630.21591390.17831259
2.8863-3.17660.20751430.16611275
3.1766-3.63590.18431420.14941293
3.6359-4.57910.15121470.13341309
4.5791-34.3410.16091570.1761424

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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