+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7voz | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Solution structure of cecropin P1(1-29) in dodecylphosphocholine micelles | ||||||
要素 | Cecropin-P1 | ||||||
キーワード | ANTIMICROBIAL PROTEIN / cecropin P1 / calmodulin-fusion / antimicrobial peptides | ||||||
機能・相同性 | antimicrobial peptide secretion / Cecropin family signature. / Cecropin / Cecropin family / antibacterial humoral response / defense response to bacterium / extracellular region / Cecropin-P1 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Ascaris suum (かいちゅう) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Gu, H. / Kumeta, H. / Aizawa, T. | ||||||
資金援助 | 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Omega / 年: 2022 タイトル: Three-Dimensional Structure of the Antimicrobial Peptide Cecropin P1 in Dodecylphosphocholine Micelles and the Role of the C-Terminal Residues 著者: Gu, H. / Kato, T. / Kumeta, H. / Kumaki, Y. / Tsukamoto, T. / Kikukawa, T. / Demura, M. / Ishida, H. / Vogel, H.J. / Aizawa, T. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7voz.cif.gz | 203.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7voz.ent.gz | 173.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7voz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7voz_validation.pdf.gz | 392.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7voz_full_validation.pdf.gz | 515.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7voz_validation.xml.gz | 13.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7voz_validation.cif.gz | 20.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/7voz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/7voz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7dehC C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
その他のデータベース |
|
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3091.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ascaris suum (かいちゅう) / 遺伝子: ASCEC-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14661 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
|
-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 1 mM [U-13C; U-15N] Cecropin P1 (1-29), 40 mM [U-2H] DPC, 90% H2O/10% D2O Label: 15N13C_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
試料 |
| ||||||||||||
試料状態 | イオン強度: 42 mM / Label: conditions_1 / pH: 5.0 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Agilent Direct Drive / 製造業者: Agilent / モデル: Direct Drive / 磁場強度: 600 MHz |
---|
-解析
NMR software |
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |