PDB-7voz: Solution structure of cecropin P1(1-29) in dodecylphosphocholine ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7voz

タイトル

Solution structure of cecropin P1(1-29) in dodecylphosphocholine micelles

要素

Cecropin-P1

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / cecropin P1 / calmodulin-fusion / antimicrobial peptides

機能・相同性

antimicrobial peptide secretion / Cecropin family signature. / Cecropin / Cecropin family / antibacterial humoral response / defense response to bacterium / extracellular region / Cecropin-P1

機能・相同性情報

生物種

Ascaris suum (かいちゅう)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Gu, H. / Kumeta, H. / Aizawa, T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acs Omega / 年: 2022
タイトル: Three-Dimensional Structure of the Antimicrobial Peptide Cecropin P1 in Dodecylphosphocholine Micelles and the Role of the C-Terminal Residues
著者: Gu, H. / Kato, T. / Kumeta, H. / Kumaki, Y. / Tsukamoto, T. / Kikukawa, T. / Demura, M. / Ishida, H. / Vogel, H.J. / Aizawa, T.

履歴

登録	2021年10月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7voz.cif.gz	203.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7voz.ent.gz	173.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7voz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7voz_validation.pdf.gz	392.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7voz_full_validation.pdf.gz	515.6 KB	表示
XML形式データ	7voz_validation.xml.gz	13.4 KB	表示
CIF形式データ	7voz_validation.cif.gz	20.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/7voz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/7voz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7dehC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 36394Solution structure of cecropin P1 in dodecylphosphocholine micelles BMRB: 36449Solution structure of cecropin P1(1-29) in dodecylphosphocholine micelles

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cecropin-P1

3.09 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: NMR Distance Restraints

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 20	all calculated structures submitted
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Cecropin-P1 分子量: 3091.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ascaris suum (かいちゅう) / 遺伝子: ASCEC-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14661

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	anisotropic	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	anisotropic	1	2D 1H-13C HSQC
1	3	1	anisotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	4	1	anisotropic	1	3D 1H-13C NOESY
1	5	1	anisotropic	1	3D CBCA(CO)NH
1	12	1	anisotropic	1	3D C(CO)NH
1	11	1	anisotropic	1	3D HNCA
1	10	1	anisotropic	1	3D HN(CA)CB
1	9	1	anisotropic	1	3D HN(CO)CA
1	8	1	anisotropic	1	3D HNCO
1	7	1	anisotropic	1	3D HBHA(CO)NH
1	6	1	anisotropic	1	3D (H)CCH-TOCSY

-
試料調製

詳細

タイプ: solution
内容: 1 mM [U-13C; U-15N] Cecropin P1 (1-29), 40 mM [U-2H] DPC, 90% H2O/10% D2O
Label: 15N13C_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
1 mM	Cecropin P1 (1-29)	[U-13C; U-15N]	1
40 mM	DPC	[U-2H]	1

試料状態

イオン強度: 42 mM / Label: conditions_1 / pH: 5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Agilent Direct Drive / 製造業者: Agilent / モデル: Direct Drive / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
Sparky	Goddard	chemical shift assignment
NMRPipe	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	chemical shift calculation
VNMR	Varian	collection

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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