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万見
- PDB-7vos: High-resolution neutron and X-ray joint refined structure of high... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vos
タイトルHigh-resolution neutron and X-ray joint refined structure of high-potential iron-sulfur protein in the oxidized state
要素High-potential iron-sulfur protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / IRON-SULFUR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


aerobic electron transport chain / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
High potential iron-sulfur protein / High potential iron-sulphur protein / High potential iron-sulphur protein superfamily / High potential iron-sulfur proteins family profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
trideuteriooxidanium / DEUTERATED WATER / AMMONIUM ION / IRON/SULFUR CLUSTER / High-potential iron-sulfur protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / 中性子回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.66 Å
データ登録者Hanazono, Y. / Hirano, Y. / Takeda, K. / Kusaka, K. / Tamada, T. / Miki, K.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan) 日本
Japan Science and Technology 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Revisiting the concept of peptide bond planarity in an iron-sulfur protein by neutron structure analysis.
著者: Hanazono, Y. / Hirano, Y. / Takeda, K. / Kusaka, K. / Tamada, T. / Miki, K.
履歴
登録2021年10月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: High-potential iron-sulfur protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,18017
ポリマ－8,7941
非ポリマー1,38716
水2,324129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.334, 58.855, 23.548
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 High-potential iron-sulfur protein / HiPIP


分子量: 8793.851 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: P80176

-
非ポリマー , 6種, 145分子

#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#6: 化合物 ChemComp-D3O / trideuteriooxidanium / perdeuterated oxonium


分子量: 22.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: D3O
#7: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 1.8M ammonium sulfate, 0.1M Na citrate buffer

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-5A10.75
SPALLATION SOURCEJPARC MLF BL-03J-PARC MLF BEAMLINE BL-0322.00-4.40
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2014年6月10日
iBIX2DIFFRACTOMETER2014年5月13日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2LAUELneutron2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.751
221
34.41
反射

Biso Wilson estimate: 3.81 Å2 / Entry-ID: 7VOS

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-IDNet I/σ(I)
0.66-5011710796.37.40.059145.4
1.2-201966994.94.80.2126
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
0.66-0.674.80.2724.55461191
1.2-1.242.50.42.14383284.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
HKL-2000データ収集
精密化

SU ML: 0.044 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 構造決定の手法: 分子置換 / 位相誤差: 4.924 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 開始モデル: 5WQQ

5wqq

/ 立体化学のターゲット値: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2 / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

解像度 (Å)Refine-IDRfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection obs% reflection Rfree (%)% reflection obs (%)σ(F)
0.66-36.41X-RAY DIFFRACTION0.0820.0740.07457991170204.9696.31.51
1.2-15.07NEUTRON DIFFRACTION0.1680.1540.1541966794.6
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.66→36.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数616 0 68 129 813
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
0.66-0.670.20492030.18983390X-RAY DIFFRACTION90
0.67-0.680.16821840.1533495X-RAY DIFFRACTION92
0.68-0.690.1151750.11873564X-RAY DIFFRACTION92
0.69-0.70.10731870.1063519X-RAY DIFFRACTION94
0.7-0.710.11531940.10163536X-RAY DIFFRACTION93
0.71-0.720.10831850.09373557X-RAY DIFFRACTION94
0.72-0.730.10071940.09053587X-RAY DIFFRACTION94
0.73-0.740.09751770.08433605X-RAY DIFFRACTION94
0.74-0.760.0872190.08733597X-RAY DIFFRACTION95
0.76-0.770.08871920.08333593X-RAY DIFFRACTION95
0.77-0.780.08721970.08273628X-RAY DIFFRACTION95
0.78-0.80.09761850.07913687X-RAY DIFFRACTION96
0.8-0.810.08252130.0783644X-RAY DIFFRACTION95
0.81-0.830.07741730.07753679X-RAY DIFFRACTION96
0.83-0.850.08542000.07363714X-RAY DIFFRACTION97
0.85-0.870.06961920.07193702X-RAY DIFFRACTION96
0.87-0.90.071900.06543742X-RAY DIFFRACTION98
0.9-0.920.071940.06283740X-RAY DIFFRACTION98
0.92-0.950.0681820.063777X-RAY DIFFRACTION98
0.95-0.990.07481990.05693793X-RAY DIFFRACTION98
0.99-1.030.06181800.05773790X-RAY DIFFRACTION98
1.03-1.070.06032120.05623823X-RAY DIFFRACTION99
1.07-1.130.06291950.05153838X-RAY DIFFRACTION100
1.13-1.20.06031920.05113870X-RAY DIFFRACTION100
1.2-1.290.06452160.05723896X-RAY DIFFRACTION100
1.29-1.420.06611950.06263884X-RAY DIFFRACTION100
1.42-1.630.0611950.05873945X-RAY DIFFRACTION100
1.63-2.050.07271810.06943994X-RAY DIFFRACTION100
2.05-36.410.10162120.09194151X-RAY DIFFRACTION0
1.2-1.260.22181120.21682303NEUTRON DIFFRACTION83
1.26-1.340.19171450.18642504NEUTRON DIFFRACTION91
1.34-1.450.19271260.1692646NEUTRON DIFFRACTION94
1.45-1.590.1661360.13832723NEUTRON DIFFRACTION97
1.59-1.820.15031270.13292798NEUTRON DIFFRACTION99
1.82-2.290.13021390.12522843NEUTRON DIFFRACTION100
2.3-15.070.15041480.13922917NEUTRON DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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