PDB-7vok: The Crystal structure of EF-Tu and GDP from Mycobacterium tuberculosis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vok

タイトル

The Crystal structure of EF-Tu and GDP from Mycobacterium tuberculosis

要素

Elongation factor Tu

キーワード

Elongation factor / Mycobacterium tuberculosis / Elongation factor Tu / Xray

機能・相同性

機能・相同性情報

translation elongation factor activity / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.4 Å

データ登録者

Zhan, B.W. / Li, J.X.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Structural insights of the elongation factor EF-Tu complexes in protein translation of Mycobacterium tuberculosis.
著者: Zhan, B. / Gao, Y. / Gao, W. / Li, Y. / Li, Z. / Qi, Q. / Lan, X. / Shen, H. / Gan, J. / Zhao, G. / Li, J.

履歴

登録	2021年10月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年4月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	7vok_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	7vok_validation.xml.gz	59.2 KB	表示
CIF形式データ	7vok_validation.cif.gz	78.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/7vok ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/7vok	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7vmxC 1efcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (15) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (13) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (13) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (6) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Elongation factor Tu

B: Elongation factor Tu

C: Elongation factor Tu

D: Elongation factor Tu

ヘテロ分子

176 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Elongation factor Tu

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, monomer
44.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Elongation factor Tu

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Elongation factor Tu

ヘテロ分子

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44.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Elongation factor Tu

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	95.059, 75.180, 127.176
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.770, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 10 through 37 or resid 45 through 396))
2	1	(chain B and (resid 10 through 37 or resid 45 through 396))
3	1	(chain C and (resid 10 through 37 or resid 45 through 396))
4	1	chain D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	HIS	HIS	(chain A and (resid 10 through 37 or resid 45 through 396))	A	A	10 - 37	10 - 37
1	2	GLU	GLU	LYS	LYS	(chain A and (resid 10 through 37 or resid 45 through 396))	A	A	45 - 396	45 - 396
2	1	LYS	LYS	HIS	HIS	(chain B and (resid 10 through 37 or resid 45 through 396))	B	B	10 - 37	10 - 37
2	2	GLU	GLU	LYS	LYS	(chain B and (resid 10 through 37 or resid 45 through 396))	B	B	45 - 396	45 - 396
3	1	LYS	LYS	HIS	HIS	(chain C and (resid 10 through 37 or resid 45 through 396))	C	C	10 - 37	10 - 37
3	2	GLU	GLU	LYS	LYS	(chain C and (resid 10 through 37 or resid 45 through 396))	C	C	45 - 396	45 - 396
4	1	LYS	LYS	LYS	LYS	chain D	D	D	10 - 396	10 - 396

#1: タンパク質	Elongation factor Tu / EF-Tu 分子量: 43649.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: tuf_1, tuf, C0094_03695, DSI38_24795, E5M05_06550, E5M52_05390, E5M78_06185, ERS007657_00720, ERS007663_01319, ERS007670_02372, ERS007703_04298, ERS007720_00657, ERS007722_02966, ERS013471_ ...遺伝子: tuf_1, tuf, C0094_03695, DSI38_24795, E5M05_06550, E5M52_05390, E5M78_06185, ERS007657_00720, ERS007663_01319, ERS007670_02372, ERS007703_04298, ERS007720_00657, ERS007722_02966, ERS013471_00592, ERS023446_00428, ERS024276_01766, ERS027646_00039, ERS027659_02599, ERS027661_00652, ERS094182_01322, F6W99_03360, GCL30_03260, SAMEA2683035_02505 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A045IWT1
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.64 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 26% PEG 6000, 100mM N-2-hydroxyethylpiperazine-N-ethane-sulphonicacid pH 7.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.4→30 Å / Num. obs: 23713 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 53.01 Å² / R_merge(I) obs: 0.094 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.104 / Χ²: 0.941 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 109018

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
3.4-3.52	2.9	0.317	2241	0.633	0.201	0.378	0.838	90.7
3.52-3.66	3.3	0.291	2306	0.832	0.172	0.341	0.898	93.2
3.66-3.83	3.5	0.247	2312	0.898	0.138	0.285	0.944	93.7
3.83-4.03	3.6	0.205	2291	0.936	0.113	0.236	0.999	92.3
4.03-4.28	4.3	0.152	2335	0.98	0.074	0.17	1.06	93.5
4.28-4.61	5.2	0.131	2407	0.991	0.06	0.145	1.057	96.9
4.61-5.07	5.5	0.11	2455	0.991	0.048	0.121	1.035	97.9
5.07-5.8	5.3	0.108	2430	0.988	0.049	0.119	0.971	96.9
5.8-7.29	5.7	0.085	2427	0.992	0.036	0.093	0.85	96.5
7.29-30	6.4	0.067	2509	0.994	0.028	0.073	0.787	96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1EFC

1efc

解像度: 3.4→29.95 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.51 / 位相誤差: 31.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3016	1017	5.08 %
R_work	0.2443	18993	-
obs	0.2473	20010	80.08 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 154.24 Å² / B_iso mean: 53.4876 Å² / B_iso min: 7.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.4→29.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11796	0	116	0	11912
B_iso mean	-	-	64.92	-	-
残基数	-	-	-	-	1529

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	4604	X-RAY DIFFRACTION	7.453	TORSIONAL
1	2	B	4604	X-RAY DIFFRACTION	7.453	TORSIONAL
1	3	C	4604	X-RAY DIFFRACTION	7.453	TORSIONAL
1	4	D	4604	X-RAY DIFFRACTION	7.453	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.4-3.58	0.3221	45	0.2746	978	1023	29
3.58-3.8	0.3369	105	0.2769	1927	2032	57
3.8-4.09	0.3324	155	0.2715	2904	3059	87
4.09-4.5	0.3145	173	0.2383	3258	3431	96
4.5-5.15	0.3038	164	0.2288	3291	3455	97
5.15-6.48	0.302	168	0.2756	3286	3454	96
6.48-29.95	0.2644	207	0.21	3349	3556	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5472	-0.0701	-0.1042	0.3253	0.0571	0.3192	0.1241	0.1208	0.0564	0.0803	-0.1187	0.3246	-0.1841	-0.1761	0.086	0.1126	0.3135	0.0799	-0.1153	-0.3529	0.0567	-2.7926	-25.2123	44.1057
2	1.5503	-0.465	-0.1422	3.2156	0.158	2.7967	-0.074	-0.4058	-0.1278	0.4295	0.0948	0.4757	0.2873	-0.454	-0.0359	0.5682	-0.0561	-0.0861	0.6296	-0.0525	0.2184	-20.9052	-25.8252	79.8178
3	0.2712	0.0326	0.1385	0.3432	0.2668	0.7143	-0.0518	-0.1682	0.0597	0.0454	-0.0253	0.0659	0.0655	-0.1012	-0.1104	0.3521	-0.1178	-0.0551	0.3337	-0.2812	0.2006	5.4401	-20.9415	71.9759
4	1.7144	-0.0908	0.2335	1.2223	-0.1847	1.8917	-0.0794	-0.7237	-0.2731	0.2583	-0.0955	0.4055	0.2978	-0.1943	0.2036	0.5015	0.1576	0.1163	0.5952	-0.1067	0.3017	-46.0818	-24.0093	18.1063
5	2.8371	-0.6503	-0.5962	2.1621	-0.236	4.5592	-0.2854	0.6149	0.2568	-0.134	0.0656	0.3623	-0.4165	-0.4641	0.1928	0.4555	-0.1096	-0.049	0.4968	0.0518	0.6579	-64.3381	-22.3916	-17.603
6	2.2943	-0.2266	0.3259	0.9157	0.1515	2.0032	0.0303	0.3457	0.3521	-0.0884	-0.1517	-0.1835	-0.1417	-0.0956	0.0321	0.1237	0.0663	-0.0799	0.2878	-0.0738	0.5383	-37.7453	-26.2565	-10.2045
7	2.5636	0.244	0.7665	1.184	0.1837	1.1187	-0.183	0.5252	0.1592	0.0623	-0.0762	-0.0037	-0.1131	0.1313	0.1345	0.4469	-0.1648	0.0041	0.2419	-0.0255	0.2655	0.3414	-12.7489	-15.2383
8	2.152	0.8331	0.3503	2.6492	0.4931	2.8873	0.0343	-0.2571	0.2574	0.3348	0.1602	0.3172	0.0596	-0.5313	-0.108	0.2404	0.0698	0.0079	0.511	-0.0806	0.2791	-18.3453	-8.7121	19.8893
9	1.7211	0.5892	-0.0041	1.4896	0.1148	1.7174	-0.0826	-0.0545	0.589	0.0181	-0.2036	-0.4744	0.0608	-0.1433	0.1778	0.2665	0.0926	-0.155	0.2479	-0.0572	0.5127	8.2652	-5.1173	12.2655
10	1.4828	0.2945	-0.1353	0.7311	-0.5629	1.7158	-0.106	0.9715	0.0901	-0.7137	-0.1538	0.0839	0.0151	-0.3158	0.3157	1.0765	0.0877	-0.061	0.7708	-0.0506	0.5729	-51.7497	3.1445	46.8364
11	3.0578	0.3432	0.4828	3.0147	-0.6009	4.3567	-0.0447	-0.4129	-0.0578	-0.0237	-0.3081	-0.1261	0.2639	0.0173	0.3346	0.2669	-0.0786	0.0045	0.2672	0.015	0.2775	-33.9004	-2.0848	82.3266
12	2.5506	0.6504	0.8912	0.3166	0.2235	2.1853	0.13	-0.2402	0.0588	0.3436	-0.134	0.1013	-0.0333	0.0971	-0.04	0.4218	-0.0007	-0.1273	0.445	-0.1532	0.4516	-60.3898	-5.0146	73.3808

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resseq 10:205)	A	10 - 205
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resseq 211:303)	A	211 - 303
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resseq 304:396)	A	304 - 396
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resseq 10:205)	B	10 - 205
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resseq 211:303)	B	211 - 303
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resseq 304:396)	B	304 - 396
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain C and resseq 10:205)	C	10 - 205
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain C and resseq 211:303)	C	211 - 303
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resseq 304:396)	C	304 - 396
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain D and resseq 10:205)	D	10 - 205
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain D and resseq 211:303)	D	211 - 303
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain D and resseq 304:396)	D	304 - 396

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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