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- PDB-7voi: Structure of the human CNOT1(MIF4G)-CNOT6L-CNOT7 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7voi
タイトルStructure of the human CNOT1(MIF4G)-CNOT6L-CNOT7 complex
要素
  • CCR4-NOT transcription complex subunit 1
  • CCR4-NOT transcription complex subunit 6-like
  • CCR4-NOT transcription complex subunit 7
キーワードHYDROLASE / CCR4-NOT complex mRNA degradation / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / poly(A)-specific ribonuclease / poly(A)-specific ribonuclease activity / CCR4-NOT core complex / armadillo repeat domain binding / CCR4-NOT complex / RNA exonuclease activity / regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway ...regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / poly(A)-specific ribonuclease / poly(A)-specific ribonuclease activity / CCR4-NOT core complex / armadillo repeat domain binding / CCR4-NOT complex / RNA exonuclease activity / regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / positive regulation of mRNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / : / Deadenylation of mRNA / trophectodermal cell differentiation / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / P-body assembly / nuclear retinoic acid receptor binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / peroxisomal membrane / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / intracellular non-membrane-bounded organelle / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / positive regulation of viral genome replication / nuclear estrogen receptor binding / P-body / mRNA processing / transcription corepressor activity / regulation of translation / 3'-5'-RNA exonuclease activity / DNA-binding transcription factor binding / defense response to virus / molecular adaptor activity / nuclear body / negative regulation of translation / nuclear speck / negative regulation of cell population proliferation / protein domain specific binding / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / extracellular space / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
CCR4-NOT transcription complex subunit 6-like / CCR4-NOT transcription complex subunit 7/8/Pop2 / Ribonuclease CAF1 / CAF1 family ribonuclease / CCR4-Not complex component, Not1, C-terminal / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, domain 4 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, CAF1-binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, TTP binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, HEAT repeat / CCR4-NOT subunit 1, TTP binding domain superfamily ...CCR4-NOT transcription complex subunit 6-like / CCR4-NOT transcription complex subunit 7/8/Pop2 / Ribonuclease CAF1 / CAF1 family ribonuclease / CCR4-Not complex component, Not1, C-terminal / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, domain 4 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, CAF1-binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, TTP binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, HEAT repeat / CCR4-NOT subunit 1, TTP binding domain superfamily / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 / CCR4-Not complex component, Not1 / CCR4-Not complex, Not1 subunit, domain of unknown function DUF3819 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 CAF1-binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 TTP binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 HEAT repeat / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CCR4-NOT transcription complex subunit 1 / CCR4-NOT transcription complex subunit 6-like / CCR4-NOT transcription complex subunit 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.38 Å
データ登録者Bartlam, M. / Zhang, Q.
資金援助2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870053
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31800627
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022
タイトル: Structure of the human Ccr4-Not nuclease module using X-ray crystallography and electron paramagnetic resonance spectroscopy distance measurements.
著者: Zhang, Q. / Pavanello, L. / Potapov, A. / Bartlam, M. / Winkler, G.S.
履歴
登録2021年10月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: CCR4-NOT transcription complex subunit 7
A: CCR4-NOT transcription complex subunit 1
C: CCR4-NOT transcription complex subunit 6-like


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,4813
ポリマ－122,4813
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)110.989, 110.989, 242.904
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 CCR4-NOT transcription complex subunit 7 / BTG1-binding factor 1 / CCR4-associated factor 1 / CAF-1 / Caf1a


分子量: 32776.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CNOT7, CAF1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UIV1, poly(A)-specific ribonuclease
#2: タンパク質 CCR4-NOT transcription complex subunit 1 / CCR4-associated factor 1 / Negative regulator of transcription subunit 1 homolog / NOT1H / hNOT1


分子量: 26628.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CNOT1, CDC39, KIAA1007, NOT1, AD-005 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A5YKK6
#3: タンパク質 CCR4-NOT transcription complex subunit 6-like / Carbon catabolite repressor protein 4 homolog B


分子量: 63076.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CNOT6L, CCR4B
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q96LI5, poly(A)-specific ribonuclease

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 8% PEG 20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.38→50 Å / Num. obs: 10302 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 161.92 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 27.3
反射 シェル解像度: 4.38→4.48 Å / Num. unique obs: 493 / CC1/2: 0.93 / Rpim(I) all: 0.177

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4B8C, 4GMJ

4b8c

4gmj


解像度: 4.38→38.74 Å / SU ML: 0.5167 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.5109
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3239 1009 9.99 %
Rwork0.2625 9094 -
obs0.2687 10103 97.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 198.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.38→38.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5449 0 0 0 5449
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00565564
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96057529
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065839
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071964
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.3148719
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.38-4.610.31391320.26771213X-RAY DIFFRACTION93.21
4.61-4.90.33131410.24131272X-RAY DIFFRACTION98.88
4.9-5.280.29111440.23681293X-RAY DIFFRACTION99.24
5.28-5.810.29971450.27131299X-RAY DIFFRACTION98.7
5.81-6.640.33881440.27391289X-RAY DIFFRACTION98.49
6.65-8.360.30091480.27081338X-RAY DIFFRACTION99.13
8.36-38.740.34391550.26381390X-RAY DIFFRACTION96.68
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.256505677981.07605876922-0.6487470071230.430999478934-0.54714167442.316916785910.3080302330350.07422607683330.565092313337-0.120358200781-0.1907302948840.0390091537840.02451242116010.1613036936120.0002229250661241.387441730.0003175783835850.008784658029811.60371453692-0.03897981419941.51243679637141.9753445739.58200991436275.4446203
21.336811098561.19738887506-0.6211824869344.876285935260.3695852170270.490368802180.07551782732640.0856102164498-0.2197606155110.1910350734820.0984409107542-0.6789394311710.209402486661-0.2140524728940.0002893920537881.313852967340.0595376307422-0.1974031477891.628638070430.2271177593791.5549473815159.724840102-7.67994181495298.462080266
35.096192042871.25498101564-2.577007136761.0978845828-1.516730437263.716837162140.1631983680330.05084657478990.3854390240540.644338841475-0.0797859744240.224883741226-0.832955355607-0.0320905916344-0.0009029608681531.9622813530.0508406860463-0.2287751994131.50014817839-0.004753196487552.13222681622109.61777055120.0357029401304.171233738
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'B' and resid 10 through 280)BA10 - 2801 - 264
22(chain 'A' and resid 1089 through 1317)AB1089 - 13171 - 229
33(chain 'C' and resid 37 through 526)CC37 - 5261 - 180

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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