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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7voa | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD in complex with aRBD5 | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/ANTIVIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-ANTIVIRAL PROTEIN COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Vicugna pacos (アルパカ) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Ma, H. / Zeng, W.H. / Jin, T.C. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell Res. / 年: 2022 タイトル: Hetero-bivalent nanobodies provide broad-spectrum protection against SARS-CoV-2 variants of concern including Omicron. 著者: Ma, H. / Zhang, X. / Zheng, P. / Dube, P.H. / Zeng, W. / Chen, S. / Cheng, Q. / Yang, Y. / Wu, Y. / Zhou, J. / Hu, X. / Xiang, Y. / Zhang, H. / Chiu, S. / Jin, T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7voa.cif.gz | 152.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7voa.ent.gz | 118 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7voa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7voa_validation.pdf.gz | 460.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7voa_full_validation.pdf.gz | 463.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7voa_validation.xml.gz | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7voa_validation.cif.gz | 22.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/7voa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/7voa | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7fh0C 6w41S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 13598.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 23386.246 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 321-528 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 / プラスミド: pTT5 / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Eukaryota sp. (真核生物) / 参照: UniProt: P0DTC2 |
#3: 糖 | ChemComp-NAG / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.4 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M Sodium cacodylate pH 5.5, 25%(w/v) PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 190 K / Ambient temp details: Liquid Nitrogen Steam / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月7日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→45.822 Å / Num. obs: 38650 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 12.938 % / Biso Wilson estimate: 36.27 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rrim(I) all: 0.107 / Χ2: 0.83 / Net I/σ(I): 13.34 / Num. measured all: 500053 / Scaling rejects: 100 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6W41 解像度: 1.8→45.822 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.36 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 130 Å2 / Biso mean: 50.3602 Å2 / Biso min: 26.16 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→45.822 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -31.2504 Å / Origin y: -34.6142 Å / Origin z: 32.1937 Å
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精密化 TLSグループ |
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