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- PDB-7vo7: Crystal structure of trypsin in complex with Lima bean trypsin in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vo7
タイトルCrystal structure of trypsin in complex with Lima bean trypsin inhibitor at 2.25A resolution.
要素
  • Bowman-Birk type proteinase inhibitor
  • Cationic trypsin
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Protease / Trypsin Lima Bean complex / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
Phaseolus lunatus (インゲン)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Ahmad, M.S. / Akbar, Z. / Choudhary, M.I.
資金援助 パキスタン, 1件
組織認可番号国
Other government パキスタン
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2023
タイトル: Insight into the structural basis of the dual inhibitory mode of Lima bean (Phaseolus lunatus) serine protease inhibitor.
著者: Ahmad, M.S. / Akbar, Z. / Choudhary, M.I.
履歴
登録2021年10月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cationic trypsin
B: Cationic trypsin
C: Bowman-Birk type proteinase inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,53214
ポリマ－52,8063
非ポリマー72711
水7,656425
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4950 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area19270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.009, 54.009, 179.817
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

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タンパク質 , 2種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Cationic trypsin / Beta-trypsin


分子量: 23324.287 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: タンパク質 Bowman-Birk type proteinase inhibitor


分子量: 6157.132 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Phaseolus lunatus (インゲン)

-
非ポリマー , 5種, 436分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 425 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 0.1-0.4 M lithium sulfate, and 16% PEG-3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→17.98 Å / Num. obs: 24309 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 16.2 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.169 / Rpim(I) all: 0.049 / Χ2: 1.17 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 2.25→2.32 Å / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 0.781 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 1180 / CC1/2: 0.87 / Rrim(I) all: 0.238 / Χ2: 1.07 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PROTEUM PLUSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6SY3

6sy3


解像度: 2.25→17.91 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2326 1304 5.38 %
Rwork0.1809 --
obs0.1837 24229 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→17.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3673 0 41 425 4139
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023782
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5875125
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9851348
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046577
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003657
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.340.29551530.22712527X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.450.26941320.22032547X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.570.28831360.21522576X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.740.26311750.20052491X-RAY DIFFRACTION100
2.74-2.950.30581330.19962566X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.240.25051680.18322510X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.710.22991400.15212547X-RAY DIFFRACTION100
3.71-4.650.15591340.14222572X-RAY DIFFRACTION100
4.66-17.910.181330.17362589X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5429-0.1993-0.26181.2839-0.34981.2341-0.0798-0.07850.01030.09250.0858-0.013-0.0050.0173-0.01370.11720.0088-0.03920.07140.00130.087119.726423.33136.1288
20.768-0.14270.18990.75790.48091.9896-0.02730.10360.12820.05930.0194-0.1915-0.13810.3712-0.07060.1178-0.0454-0.04590.11-0.00190.163328.790426.92873.3992
33.0351-0.6682-0.54752.15080.11146.83090.240.1419-0.552-0.6283-0.120.15270.7246-0.8724-0.16290.2674-0.0295-0.0530.1335-0.00680.166217.28669.6847-1.8504
41.334-0.1297-0.1710.79-0.32861.46910.09390.09710.0557-0.0723-0.0455-0.09460.06910.0718-0.03840.1171-0.005-0.01350.09060.04330.093321.620226.4642-8.9519
51.1915-0.06990.42580.5721-0.08831.5166-0.0061-0.00960.07320.02150.04050.0071-0.1328-0.0434-0.02680.07570.0085-0.00690.10740.03450.091-3.604746.6516-33.7887
61.1075-0.1054-0.11920.7709-0.29092.5663-0.00640.03170.13640.0732-0.0037-0.103-0.37140.10160.01630.0948-0.0325-0.01110.09170.00480.1681-0.057455.8909-31.1364
74.0764-0.59180.4973.0382.34843.0428-0.0758-0.2128-0.24870.05170.12340.59280.5262-0.5194-0.09840.1226-0.0012-0.00360.21870.04170.2157-17.321244.2532-25.9285
80.8295-0.3623-0.07380.70990.10331.50730.0004-0.21250.1230.07370.0312-0.0379-0.0718-0.0516-0.00040.08430.0044-0.03960.11550.00590.1257-0.550148.6332-18.8826
91.488-0.31.8261.2106-0.99973.9360.4141-0.6273-0.55390.0001-0.00440.1270.7102-0.3993-0.30190.2753-0.0927-0.08750.37830.12130.3383-2.860427.746-15.0997
100.3187-0.20910.49020.2021-0.53421.4513-0.0091-0.1426-0.0121-0.32090.29160.28960.407-0.5026-0.14430.3048-0.0972-0.17070.30370.14680.3230.644724.4598-11.708
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 16 through 103 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 104 through 140 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 141 through 155 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 156 through 246 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 16 through 103 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 104 through 140 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 141 through 155 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 156 through 246 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 17 through 48 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 49 through 72 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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