PDB-7vnx: Crystal structure of TkArkI

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vnx

タイトル

Crystal structure of TkArkI

要素

TkArkI

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / Kinase

機能・相同性

Protein kinase-like domain superfamily / GUANOSINE / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Thermococcus kodakarensis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.801 Å

データ登録者

Yamashita, S. / Minowa, K. / Ohira, T. / Suzuki, T. / Tomita, K.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Reversible RNA phosphorylation stabilizes tRNA for cellular thermotolerance.
著者: Ohira, T. / Minowa, K. / Sugiyama, K. / Yamashita, S. / Sakaguchi, Y. / Miyauchi, K. / Noguchi, R. / Kaneko, A. / Orita, I. / Fukui, T. / Tomita, K. / Suzuki, T.

履歴

登録	2021年10月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.2	2022年5月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vnx.cif.gz	102.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vnx.ent.gz	77.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vnx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7vnx_validation.pdf.gz	787.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7vnx_full_validation.pdf.gz	787.1 KB	表示
XML形式データ	7vnx_validation.xml.gz	10.6 KB	表示
CIF形式データ	7vnx_validation.cif.gz	14.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/7vnx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/7vnx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7vnvC 7vnwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TkArkI

ヘテロ分子

25.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.850, 66.850, 98.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	TkArkI 分子量: 24996.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5JDQ4
#2: 化合物	ChemComp-GMP / GUANOSINE / グアノシン分子量: 283.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25% ethylene glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→37.464 Å / Num. obs: 23021 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 39.595 % / B_iso Wilson estimate: 34.36 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.069 / R_rim(I) all: 0.07 / Χ²: 0.87 / Net I/σ(I): 35.18 / Num. measured all: 911513 / Scaling rejects: 39

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.8-1.85	40.179	1.935	2.55	67622	1687	1683	0.857	1.959	99.8
1.85-1.9	41.383	1.398	3.73	69110	1670	1670	0.929	1.416	100
1.9-1.95	40.932	1.031	5.1	65246	1594	1594	0.961	1.044	100
1.95-2.01	39.718	0.735	7.03	62317	1569	1569	0.974	0.744	100
2.01-2.08	39.174	0.534	9.5	60015	1532	1532	0.988	0.541	100
2.08-2.15	41.168	0.411	12.63	60146	1462	1461	0.991	0.416	99.9
2.15-2.23	41.936	0.288	17.85	59297	1414	1414	0.997	0.291	100
2.23-2.33	41.265	0.226	22.44	56161	1361	1361	0.997	0.229	100
2.33-2.43	39.551	0.193	25.75	51100	1292	1292	0.998	0.196	100
2.43-2.55	39.277	0.151	31.35	49175	1252	1252	0.999	0.152	100
2.55-2.69	41.549	0.125	39.02	49776	1198	1198	0.999	0.127	100
2.69-2.85	41.115	0.099	48.5	46131	1122	1122	0.999	0.1	100
2.85-3.04	39.182	0.072	62.24	41846	1068	1068	1	0.073	100
3.04-3.29	36.575	0.059	71.95	35697	976	976	1	0.06	100
3.29-3.6	36.972	0.046	88.34	33903	917	917	1	0.047	100
3.6-4.03	37.226	0.042	98.91	30302	814	814	1	0.042	100
4.03-4.65	34.433	0.038	102.54	25377	737	737	1	0.038	100
4.65-5.7	35.533	0.036	103.46	21782	613	613	1	0.036	100
5.7-8.06	35.669	0.034	105.09	17157	481	481	1	0.034	100
8.06-37.464	35.03	0.029	112.59	9353	269	267	1	0.029	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.12-2829_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.801→37.464 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.62 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.205	1151	5 %
R_work	0.1711	21863	-
obs	0.1727	23014	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 111.27 Å² / B_iso mean: 42.5358 Å² / B_iso min: 24.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.801→37.464 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1701	0	20	77	1798
B_iso mean	-	-	53.32	47.48	-
残基数	-	-	-	-	216

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	1753
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.123	2355
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	262
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	301
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.989	670

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
1.8012-1.8832	0.2902	142	0.2301	2698
1.8832-1.9824	0.2623	144	0.1971	2737
1.9824-2.1066	0.2392	143	0.1788	2731
2.1066-2.2693	0.1823	144	0.163	2722
2.2693-2.4976	0.2128	143	0.1738	2724
2.4976-2.8589	0.2478	144	0.1876	2732
2.8589-3.6014	0.2031	145	0.1778	2755
3.6014-37.464	0.181	146	0.1565	2764

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.8954	-3.4908	4.7098	3.0964	-2.2443	9.222	0.1688	0.3023	0.5593	-0.2688	-0.3535	-0.1233	0.1078	0.2031	0.1782	0.4013	0.0173	0.0168	0.2793	0.0127	0.3061	33.9459	19.2116	-20.6287
2	3.2043	-1.4239	-3.0304	2.5846	2.0685	3.6437	-0.0836	-0.0663	0.0038	-0.0199	0.0491	-0.0668	0.0718	0.1353	0.0418	0.2986	0.0166	-0.0342	0.2937	-0.0077	0.308	24.7574	23.5236	-11.2508
3	2.6067	0.1791	0.6981	5.0465	-0.7076	2.4099	-0.05	0.221	0.0755	0.0041	-0.0132	-0.0733	-0.1161	0.2491	0.0684	0.2428	0.0204	0.0064	0.3208	0.0382	0.2714	20.9308	41.0993	-0.1341
4	8.0744	1.6883	-0.4569	5.8417	-3.1996	7.6355	-0.1336	-0.8866	0.6195	0.837	0.0909	0.1062	-0.9796	0.0366	0.0709	0.4075	0.0806	0.0247	0.4421	-0.0824	0.3185	14.6931	48.774	11.9378

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:23)	A	1 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 24:99)	A	24 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 100:185)	A	100 - 185
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 186:216)	A	186 - 216

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)