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- PDB-7vmx: The Crystal Structure of EF-Tu and EF-Ts complex from Mycobacteri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vmx
タイトルThe Crystal Structure of EF-Tu and EF-Ts complex from Mycobacterium tuberculosis
要素
  • Elongation factor Ts
  • Elongation factor Tu
キーワードElongation Factor / Mycobacterium tuberculosis / Protein translation / TRANSLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


translation elongation factor activity / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation elongation factor EFTs/EF1B / Translation elongation factor EFTs/EF1B, dimerisation / Translation elongation factor Ts, conserved site / Elongation factor Ts, dimerisation domain superfamily / Elongation factor TS / Elongation factor Ts signature 1. / Elongation factor Ts signature 2. / Translation elongation factor EFTu/EF1A, bacterial/organelle / Elongation factor Tu, domain 2 / Elongation factor Tu (EF-Tu), GTP-binding domain ...Translation elongation factor EFTs/EF1B / Translation elongation factor EFTs/EF1B, dimerisation / Translation elongation factor Ts, conserved site / Elongation factor Ts, dimerisation domain superfamily / Elongation factor TS / Elongation factor Ts signature 1. / Elongation factor Ts signature 2. / Translation elongation factor EFTu/EF1A, bacterial/organelle / Elongation factor Tu, domain 2 / Elongation factor Tu (EF-Tu), GTP-binding domain / Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Elongation factor Tu C-terminal domain / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / UBA-like superfamily / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Elongation factor Ts / Elongation factor Tu
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Zhan, B.W. / Li, J.X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2016YFA0500600 中国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Structural insights of the elongation factor EF-Tu complexes in protein translation of Mycobacterium tuberculosis.
著者: Zhan, B. / Gao, Y. / Gao, W. / Li, Y. / Li, Z. / Qi, Q. / Lan, X. / Shen, H. / Gan, J. / Zhao, G. / Li, J.
履歴
登録2021年10月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年4月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Elongation factor Ts
B: Elongation factor Tu
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8619
ポリマ－72,4442
非ポリマー4177
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3480 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area28590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.114, 128.114, 200.671
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Elongation factor Ts / EF-Ts


分子量: 28794.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: tsf, C0094_15805, DSI38_05510, E5M05_16495, E5M52_15015, E5M78_14905, ERS007663_01361, ERS007665_01339, ERS007670_03302, ERS007688_01011, ERS013471_00410, ERS023446_00764, ERS024276_02208, ...遺伝子: tsf, C0094_15805, DSI38_05510, E5M05_16495, E5M52_15015, E5M78_14905, ERS007663_01361, ERS007665_01339, ERS007670_03302, ERS007688_01011, ERS013471_00410, ERS023446_00764, ERS024276_02208, ERS027646_02463, ERS027659_03596, ERS027661_01399, ERS094182_02070, F6W99_01501, GCL30_16350, SAMEA2683035_02109
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A045IDC3
#2: タンパク質 Elongation factor Tu / EF-Tu


分子量: 43649.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: tuf_1, tuf, C0094_03695, DSI38_24795, E5M05_06550, E5M52_05390, E5M78_06185, ERS007657_00720, ERS007663_01319, ERS007670_02372, ERS007703_04298, ERS007720_00657, ERS007722_02966, ERS013471_ ...遺伝子: tuf_1, tuf, C0094_03695, DSI38_24795, E5M05_06550, E5M52_05390, E5M78_06185, ERS007657_00720, ERS007663_01319, ERS007670_02372, ERS007703_04298, ERS007720_00657, ERS007722_02966, ERS013471_00592, ERS023446_00428, ERS024276_01766, ERS027646_00039, ERS027659_02599, ERS027661_00652, ERS094182_01322, F6W99_03360, GCL30_03260, SAMEA2683035_02505
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A045IWT1
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.36 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 100 mM TRIS hydrochloride pH 9.0, 8% PEG 6000, 2mM Zinc chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -l,-k,-h / Fraction: 0.07
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 41642 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.145 / Χ2: 1.003 / Net I/σ(I): 5 / Num. measured all: 557995
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.8-2.96.20.53537630.250.1910.5730.73491.2
2.9-3.027.80.51640680.4460.1760.5480.73798.5
3.02-3.158.90.49841170.6330.1660.5260.77599.5
3.15-3.3211.70.45341460.8160.1290.4720.8699.9
3.32-3.5313.20.38341620.930.1030.3970.966100
3.53-3.814.60.28341900.9790.0720.2921.08499.9
3.8-4.1815.10.19341980.9920.0490.1991.16499.9
4.18-4.7818.90.11542310.9980.0260.1181.18100
4.78-6.0217.70.10642740.9980.0240.1081.11399.9
6.02-3018.40.06544930.9980.0150.0660.9199.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-3000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EFC

1efc


解像度: 2.8→29.86 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.52 / 位相誤差: 25.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2677 1818 4.96 %RANDOM
Rwork0.2316 34800 --
obs0.2334 36618 87.58 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 160.33 Å2 / Biso mean: 50.1884 Å2 / Biso min: 12.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→29.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4706 0 7 4 4717
Biso mean--79.8 38.28 -
残基数----619
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8-2.880.4547500.353791396331
2.88-2.960.3591670.34431413148047
2.96-3.060.41181190.34042196231573
3.06-3.160.3411450.32792740288591
3.16-3.290.34671310.30732995312698
3.29-3.440.34111650.278529753140100
3.44-3.620.27581680.260330263194100
3.62-3.850.31431540.238830383192100
3.85-4.140.23911410.213830713212100
4.14-4.560.25161660.184730603226100
4.56-5.220.22141580.179330833241100
5.22-6.560.23521720.211631163288100
6.56-29.860.19521820.18383174335697

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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