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- PDB-7vmw: Crystal structure of LimF prenyltransferase bound with a peptide ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vmw
タイトルCrystal structure of LimF prenyltransferase bound with a peptide substrate and GSPP
要素
  • LynF/TruF/PatF family peptide O-prenyltransferase
  • substrate peptide
キーワードTRANSFERASE / ripp / prenylation / prenyltransferase / abba fold
機能・相同性Peptide O-prenyltransferase, LynF/TruF/PatF family / Family of unknown function (DUF5838) / transferase activity / metal ion binding / GERANYL S-THIOLODIPHOSPHATE / PYROPHOSPHATE / LynF/TruF/PatF family peptide O-prenyltransferase
機能・相同性情報
生物種Limnothrix sp. CACIAM 69d (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Hamada, K. / Kobayashi, S. / Okada, C. / Zhang, Y. / Inoue, S. / Goto, Y. / Suga, H. / Ogata, K. / Sengoku, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Catal / 年: 2022
タイトル: LimF is a versatile prenyltransferase for histidine-C-geranylation on diverse non-natural substrates
著者: Zhang, Y. / Hamada, K. / Nguyen, D.T. / Inoue, S. / Satake, M. / Kobayashi, S. / Okada, C. / Ogata, K. / Okada, M. / Sengoku, T. / Goto, Y. / Suga, H.
履歴
登録2021年10月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月10日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LynF/TruF/PatF family peptide O-prenyltransferase
B: LynF/TruF/PatF family peptide O-prenyltransferase
C: substrate peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5317
ポリマ－69,9743
非ポリマー5574
水7,620423
1
A: LynF/TruF/PatF family peptide O-prenyltransferase
C: substrate peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6034
ポリマ－35,2482
非ポリマー3552
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2190 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area14570 Å2
手法PISA
2
B: LynF/TruF/PatF family peptide O-prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9283
ポリマ－34,7261
非ポリマー2022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area500 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area14930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.660, 48.430, 91.040
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.869, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 LynF/TruF/PatF family peptide O-prenyltransferase


分子量: 34725.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Limnothrix sp. CACIAM 69d (バクテリア)
遺伝子: BJG00_018450 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A372DCN7
#2: タンパク質・ペプチド substrate peptide


分子量: 522.599 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 427分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GST / GERANYL S-THIOLODIPHOSPHATE / S-[(2E)-3,7-DIMETHYLOCTA-2,6-DIENYL] TRIHYDROGEN THIODIPHOSPHATE / (2E)-3,7-ジメチル-2,6-オクタジエン-1-チオ-ル二りん酸


分子量: 330.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20O6P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PPV / PYROPHOSPHATE / ピロりん酸


分子量: 177.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 423 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.76 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PEG 1500, PCB (Na propionate, Na cacodylate, bis-tris propane) buffer, magnesium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→40.24 Å / Num. obs: 52412 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 33.08 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.67
反射 シェル解像度: 1.93→2 Å / Num. unique obs: 5193 / CC1/2: 0.508

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TTY

5tty


解像度: 1.93→40.24 Å / SU ML: 0.2853 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.2409
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2316 2006 3.83 %
Rwork0.1824 50405 -
obs0.1843 52411 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→40.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4812 0 34 423 5269
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01345002
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2286784
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0737736
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0108880
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.5829672
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.93-1.980.41111480.37563564X-RAY DIFFRACTION99.95
1.98-2.030.37751480.29373571X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.090.27731400.22863566X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.160.25441370.20833555X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.240.25511380.20753615X-RAY DIFFRACTION99.97
2.24-2.330.26431480.21083558X-RAY DIFFRACTION99.95
2.33-2.430.27741510.20823579X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.560.2691460.1933586X-RAY DIFFRACTION99.97
2.56-2.720.2241400.18963584X-RAY DIFFRACTION100
2.72-2.930.27591390.19353595X-RAY DIFFRACTION100
2.93-3.220.24881380.17833640X-RAY DIFFRACTION100
3.22-3.690.18231390.15843613X-RAY DIFFRACTION99.97
3.69-4.650.17661410.14373643X-RAY DIFFRACTION100
4.65-40.240.21831530.16863736X-RAY DIFFRACTION99.82
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.186012985240.835261477995-1.19600248212.61833729561-0.7062505985614.039912520710.0515459991437-0.0310261762752-0.04965145066230.0413824454156-0.01792195771180.264976653458-0.0248808931498-0.120514863606-0.02647668591750.1423881212210.00644726584966-0.007780633683570.131339529548-0.008840167929520.198013940921-5.9139268829113.7383107734-32.370546219
22.94194576612-0.3428981825520.1326473699592.22299875083-0.0843018970563.98247238413-0.0231874612355-0.189187218235-0.2211764017770.0380623625730.0521991386334-0.03890145272320.1238766065730.235738217111-0.03308950882310.2166785379320.004661365255290.02618205834960.183501859192-0.001145795906680.2494130209385.02619832261-1.15335806443-28.5601676248
32.22317479797-0.592759666225-0.1392178815642.293485245380.04437467206691.07320792888-0.0915942278425-0.2915311333180.2946379357120.2139941051670.137438835701-0.295796126066-0.1020722288650.200633136817-0.03915858631370.205525379194-0.0111479351945-0.008647809486590.238073957453-0.05758415518050.20595110950913.822383800918.6271164408-27.8234459902
41.89655952903-0.7952992125040.521932034022.67457728767-0.4229654450131.738113552140.1035221221170.184210010079-0.01337237485040.0504256272656-0.1147321752190.0540240108176-0.06685279872250.1013433372930.02499904093090.19093545565-0.01257297805420.0155139523830.199307518398-0.03350479086240.158777955409-22.124908645316.0119702206-62.6135563765
50.1538407122450.4845185307540.241806641413.976500168021.34774389586.539074456840.03002077008260.258222914211-0.121953035188-0.920717992520.00968663484240.002765612201480.405230406748-0.677934529014-0.04062077366540.494538507788-0.050211581842-0.009973459794830.594973964583-0.02821653254680.29726247829-17.096911573210.3462268701-80.9987722897
66.021583637920.27296438215-1.228379548464.578554569110.2155415211534.63622349358-0.1448356285410.874284487289-0.197637494987-0.6116937207780.0741611066548-0.2490751078880.1963197971340.2426401892410.09326707302370.333217197028-0.00139440069060.00523248720580.348349980738-0.05424687660110.277857115902-14.2937356115-0.440587853835-70.633879472
73.70405150189-3.9383288924.110027014284.20115478555-4.342669544514.618436219780.194865348368-1.267761218060.3920239642341.303576473371.163687943440.8062659906020.201932129227-0.842170127644-1.348569020280.5332004316980.07661805338410.01145368157420.7891819662960.03449680461080.4827341721465.8235551311212.3807680652-20.9721584329
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 7 through 77 )AA7 - 771 - 71
22chain 'A' and (resid 78 through 182 )AA78 - 18272 - 176
33chain 'A' and (resid 183 through 302 )AA183 - 302177 - 296
44chain 'B' and (resid 7 through 165 )BD7 - 1651 - 159
55chain 'B' and (resid 166 through 225 )BD166 - 225160 - 219
66chain 'B' and (resid 226 through 300 )BD226 - 300220 - 294
77chain 'C' and (resid 1 through 5 )CH1 - 52 - 6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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