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- PDB-7vmv: Crystal structure of Dengue NS2B-NS3 Protease after secondary cleavage -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vmv
タイトルCrystal structure of Dengue NS2B-NS3 Protease after secondary cleavage
要素(Core protein) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / NS3 Protease
機能・相同性
機能・相同性情報


: / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport ...: / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated activation of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A ...Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Dengue virus 4 (デング熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.351 Å
データ登録者Quek, J.P.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Singapore)NRF2016NRF-CRP001-063 シンガポール
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2022
タイトル: Dynamic Interactions of Post Cleaved NS2B Cofactor and NS3 Protease Identified by Integrative Structural Approaches.
著者: Quek, J.P. / Ser, Z. / Chew, B.L.A. / Li, X. / Wang, L. / Sobota, R.M. / Luo, D. / Phoo, W.W.
履歴
登録2021年10月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Core protein
B: Core protein
C: Core protein
D: Core protein
E: Core protein
F: Core protein
G: Core protein
H: Core protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,1148
ポリマ－116,1148
非ポリマー00
水00
1
A: Core protein
B: Core protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0282
ポリマ－29,0282
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3260 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area12520 Å2
手法PISA
2
C: Core protein
D: Core protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0282
ポリマ－29,0282
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area10890 Å2
手法PISA
3
E: Core protein
F: Core protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0282
ポリマ－29,0282
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area11120 Å2
手法PISA
4
G: Core protein
H: Core protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0282
ポリマ－29,0282
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3160 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area12520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)259.984, 259.984, 259.984
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number196
Space group name H-MF23
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 49 through 54 or (resid 55...
21(chain C and (resid 49 through 66 or (resid 67...
31(chain E and (resid 49 through 76 or resid 78...
41(chain G and (resid 49 through 54 or (resid 55...
12(chain B and ((resid 18 and (name N or name...
22(chain D and ((resid 18 and (name N or name...
32(chain F and (resid 18 through 23 or (resid 24...
42(chain H and ((resid 18 and (name N or name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ALAALAGLUGLU(chain A and (resid 49 through 54 or (resid 55...AA49 - 5429 - 34
121LYSLYSALAALA(chain A and (resid 49 through 54 or (resid 55...AA55 - 5735 - 37
131METMETLYSLYS(chain A and (resid 49 through 54 or (resid 55...AA46 - 9926 - 79
141METMETLYSLYS(chain A and (resid 49 through 54 or (resid 55...AA46 - 9926 - 79
151METMETLYSLYS(chain A and (resid 49 through 54 or (resid 55...AA46 - 9926 - 79
161METMETLYSLYS(chain A and (resid 49 through 54 or (resid 55...AA46 - 9926 - 79
211ALAALAASPASP(chain C and (resid 49 through 66 or (resid 67...CC49 - 6629 - 46
221ILEILEILEILE(chain C and (resid 49 through 66 or (resid 67...CC6747
231ALAALALYSLYS(chain C and (resid 49 through 66 or (resid 67...CC49 - 9929 - 79
241ALAALALYSLYS(chain C and (resid 49 through 66 or (resid 67...CC49 - 9929 - 79
251ALAALALYSLYS(chain C and (resid 49 through 66 or (resid 67...CC49 - 9929 - 79
261ALAALALYSLYS(chain C and (resid 49 through 66 or (resid 67...CC49 - 9929 - 79
311ALAALAVALVAL(chain E and (resid 49 through 76 or resid 78...EE49 - 7629 - 56
321GLNGLNGLUGLU(chain E and (resid 49 through 76 or resid 78...EE78 - 8058 - 60
331ASPASPASPASP(chain E and (resid 49 through 76 or resid 78...EE8161
341SERSERLYSLYS(chain E and (resid 49 through 76 or resid 78...EE48 - 9928 - 79
351SERSERLYSLYS(chain E and (resid 49 through 76 or resid 78...EE48 - 9928 - 79
361SERSERLYSLYS(chain E and (resid 49 through 76 or resid 78...EE48 - 9928 - 79
371SERSERLYSLYS(chain E and (resid 49 through 76 or resid 78...EE48 - 9928 - 79
411ALAALAGLUGLU(chain G and (resid 49 through 54 or (resid 55...GG49 - 5429 - 34
421LYSLYSALAALA(chain G and (resid 49 through 54 or (resid 55...GG55 - 5735 - 37
431GLYGLYLYSLYS(chain G and (resid 49 through 54 or (resid 55...GG47 - 9927 - 79
441GLYGLYLYSLYS(chain G and (resid 49 through 54 or (resid 55...GG47 - 9927 - 79
451GLYGLYLYSLYS(chain G and (resid 49 through 54 or (resid 55...GG47 - 9927 - 79
461GLYGLYLYSLYS(chain G and (resid 49 through 54 or (resid 55...GG47 - 9927 - 79
112LEULEULEULEU(chain B and ((resid 18 and (name N or name...BB1818
122LEULEUGLUGLU(chain B and ((resid 18 and (name N or name...BB18 - 18018 - 180
132LEULEUGLUGLU(chain B and ((resid 18 and (name N or name...BB18 - 18018 - 180
142LEULEUGLUGLU(chain B and ((resid 18 and (name N or name...BB18 - 18018 - 180
152LEULEUGLUGLU(chain B and ((resid 18 and (name N or name...BB18 - 18018 - 180
212LEULEULEULEU(chain D and ((resid 18 and (name N or name...DD1818
222THRTHRGLUGLU(chain D and ((resid 18 and (name N or name...DD17 - 16917 - 169
232THRTHRGLUGLU(chain D and ((resid 18 and (name N or name...DD17 - 16917 - 169
242THRTHRGLUGLU(chain D and ((resid 18 and (name N or name...DD17 - 16917 - 169
252THRTHRGLUGLU(chain D and ((resid 18 and (name N or name...DD17 - 16917 - 169
312LEULEUTYRTYR(chain F and (resid 18 through 23 or (resid 24...FF18 - 2318 - 23
322ARGARGARGARG(chain F and (resid 18 through 23 or (resid 24...FF2424
332THRTHRILEILE(chain F and (resid 18 through 23 or (resid 24...FF17 - 17117 - 171
342THRTHRILEILE(chain F and (resid 18 through 23 or (resid 24...FF17 - 17117 - 171
352THRTHRILEILE(chain F and (resid 18 through 23 or (resid 24...FF17 - 17117 - 171
362THRTHRILEILE(chain F and (resid 18 through 23 or (resid 24...FF17 - 17117 - 171
412LEULEULEULEU(chain H and ((resid 18 and (name N or name...HH1818
422ALAALAGLUGLU(chain H and ((resid 18 and (name N or name...HH3 - 1733 - 173
432ALAALAGLUGLU(chain H and ((resid 18 and (name N or name...HH3 - 1733 - 173
442ALAALAGLUGLU(chain H and ((resid 18 and (name N or name...HH3 - 1733 - 173
452ALAALAGLUGLU(chain H and ((resid 18 and (name N or name...HH3 - 1733 - 173

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Core protein / Envelope protein E / Flavivirin protease NS2B regulatory subunit / Flavivirin protease NS3 ...Envelope protein E / Flavivirin protease NS2B regulatory subunit / Flavivirin protease NS3 catalytic subunit / Genome polyprotein / Matrix protein / Non-structural protein 1 / Non-structural protein 2A / Non-structural protein 2B / Non-structural protein 3 / Non-structural protein 4A / Non-structural protein 4B / Peptide 2k / Peptide pr / Protein prM / RNA-directed RNA polymerase NS5 / Serine protease NS3 / Serine protease subunit NS2B / Small envelope protein M


分子量: 9407.243 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dengue virus 4 (デング熱ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0M4C4I5, flavivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase
#2: タンパク質
Core protein / Envelope protein E / Flavivirin protease NS2B regulatory subunit / Flavivirin protease NS3 ...Envelope protein E / Flavivirin protease NS2B regulatory subunit / Flavivirin protease NS3 catalytic subunit / Genome polyprotein / Matrix protein / Non-structural protein 1 / Non-structural protein 2A / Non-structural protein 2B / Non-structural protein 3 / Non-structural protein 4A / Non-structural protein 4B / Peptide 2k / Peptide pr / Protein prM / RNA-directed RNA polymerase NS5 / Serine protease NS3 / Serine protease subunit NS2B / Small envelope protein M


分子量: 19621.170 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dengue virus 4 (デング熱ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5I3B6, flavivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.99 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.7 M Sodium malonate, pH 5.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: k,h,-l / Fraction: 0.04
反射解像度: 3.351→43.33 Å / Num. obs: 20533 / % possible obs: 97.65 % / 冗長度: 1.8 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 3.351→3.471 Å / Num. unique obs: 2084 / CC1/2: 0.512

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VBC

2vbc


解像度: 3.351→43.33 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 585.55 / 位相誤差: 28.92 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2628 988 -
Rwork0.2258 19517 -
obs-20504 97.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 267.75 Å2 / Biso mean: 138.6228 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.351→43.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6021 0 0 0 6021
残基数----852
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A736X-RAY DIFFRACTION15.827TORSIONAL
12C736X-RAY DIFFRACTION15.827TORSIONAL
13E736X-RAY DIFFRACTION15.827TORSIONAL
14G736X-RAY DIFFRACTION15.827TORSIONAL
21B2384X-RAY DIFFRACTION15.827TORSIONAL
22D2384X-RAY DIFFRACTION15.827TORSIONAL
23F2384X-RAY DIFFRACTION15.827TORSIONAL
24H2384X-RAY DIFFRACTION15.827TORSIONAL
LS精密化 シェル解像度: 3.3511→3.471 Å / Rfactor Rfree error: 0 /
Rfactor反射数
Rfree0.3576 121
Rwork0.3606 2079
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.14860.04130.12156.9749-0.0713-0.0783-0.14070.22750.45450.28790.5272-1.00950.08550.1946-0.40380.99770.0931-0.09651.2113-0.06381.122818.763144.262577.1836
24.8342-1.19421.84025.77132.43526.83090.34250.3880.2853-0.3323-0.018-0.58030.32220.8381-0.33360.56710.12920.06810.80470.12740.770215.067155.527876.4436
35.14184.6155-3.8065.6697-3.17312.24690.56980.43390.78880.55130.08090.87590.08870.2836-0.58741.5011-0.3591-0.0791.6482-0.0391.336733.1151-11.215743.8934
48.05310.3445-1.12955.45291.87354.7407-0.08191.8780.3347-0.9164-0.14690.94860.2556-1.02030.25610.9975-0.1407-0.22061.3236-0.04640.827541.7839-1.004438.3146
53.0018-5.3692-0.92857.7464-0.9221.385-0.13660.1297-0.7347-0.1039-0.12060.76730.1621-0.1330.190.8759-0.0098-0.16661.1365-0.11171.247422.6217.189279.0085
67.6545-2.45362.38183.37140.32875.7708-0.3967-0.8658-0.36380.2024-0.02751.36270.2611-1.29470.37270.7074-0.05080.18960.9572-0.12451.19728.3184.153777.8788
75.50557.3311-1.99778.4797-4.32171.7186-0.1074-0.8958-0.2701-0.1445-0.2559-0.2825-0.27630.55370.3561.0481-0.0960.09351.2022-0.18751.185125.0792-31.447658.1298
85.89741.5786-0.89165.67390.29892.98460.1327-0.378-0.227-0.2043-0.1538-0.8692-0.41810.77950.02830.77410.01310.1330.96890.02310.781415.5028-42.382464.9787
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 46 through 99)A46 - 99
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 18 through 180)B18 - 180
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 49 through 99)C49 - 99
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 17 through 169)D17 - 169
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 48 through 99)E48 - 99
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 17 through 171)F17 - 171
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'G' and resid 47 through 99)G47 - 99
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'H' and resid 3 through 173)H3 - 173

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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