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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vmj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of tubulin with 17a | ||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN/INHIBITOR / STRUCTURAL PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization ...tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / neuron projection development / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / mitotic cell cycle / nervous system development / growth cone / microtubule / neuron projection / protein heterodimerization activity / GTPase activity / nucleotide binding / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) Rattus norvegicus (ドブネズミ) Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Jifa, Z. / Lun, T. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of tubulin with 17j 著者: Jifa, Z. / Lun, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7vmj.cif.gz | 449.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7vmj.ent.gz | 359.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7vmj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7vmj_validation.pdf.gz | 802.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7vmj_full_validation.pdf.gz | 855.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7vmj_validation.xml.gz | 77.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7vmj_validation.cif.gz | 104.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/7vmj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/7vmj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4i55S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 50041.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P81947 #2: タンパク質 | 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: TUBB2B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6B856 #3: タンパク質 | | 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043 #4: タンパク質 | | 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43 |
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-非ポリマー , 7種, 13分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-CL / | #9: 化合物 | #10: 化合物 | #11: 化合物 | ChemComp-7PU / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.47 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 6% polyethylene glycol 4000, 8% glycerol, 0.1 M MES, 30 mM CaCl2, 30 mM MgCl2, pH 6.7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月23日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97853 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.9→91.17 Å / Num. obs: 67923 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 64.03 Å2 / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.245 / Rpim(I) all: 0.102 / Rrim(I) all: 0.266 / Net I/σ(I): 5.8 / Num. measured all: 452530 / Scaling rejects: 1458 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4I55 解像度: 2.9→87.43 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.22 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 160.55 Å2 / Biso mean: 60.5795 Å2 / Biso min: 15.52 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.9→87.43 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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