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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vmi | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Arabidopsis thaliana HDT3 | |||||||||
![]() | Histone deacetylase HDT3 | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() seed dormancy process / response to water deprivation / response to abscisic acid / response to salt stress / response to cold / chromatin organization / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Bobde, R.C. / Kumar, A. / Vasudevan, D. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Plant-specific HDT family histone deacetylases are nucleoplasmins. 著者: Bobde, R.C. / Kumar, A. / Vasudevan, D. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 201 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 163.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7vmfSC ![]() 7vmhC ![]() 7vrrC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10778.290 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: HDT3, HD2C, At5g03740, F17C15_160, MED24.1 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.69 % |
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結晶化![]() | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M succinic acid pH 7.0, 0.1 M bicine, 30% V/V PEG MME 550 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年9月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.75→45.13 Å / Num. obs: 46503 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rrim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 16.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.495 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2562 / CC1/2: 0.869 / Rrim(I) all: 0.678 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 7VMF 解像度: 1.8→35.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 9.812 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.76 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→35.26 Å
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拘束条件 |
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