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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vmh | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Arabidopsis thaliana HDT4 | |||||||||
要素 | Histone deacetylase HDT4 | |||||||||
キーワード | CHAPERONE / HDT / HD-tuin / Nucleoplasmin / Histone chaperone / HD2D / HDT4 | |||||||||
機能・相同性 | seed dormancy process / Nucleoplasmin-like domain / Nucleoplasmin-like domain / chromatin organization / hydrolase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / Histone deacetylase HDT4 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | |||||||||
データ登録者 | Bobde, R.C. / Kumar, A. / Vasudevan, D. | |||||||||
資金援助 | インド, 2件
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引用 | ジャーナル: Plant Cell / 年: 2022 タイトル: Plant-specific HDT family histone deacetylases are nucleoplasmins. 著者: Bobde, R.C. / Kumar, A. / Vasudevan, D. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7vmh.cif.gz | 110.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7vmh.ent.gz | 84.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7vmh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7vmh_validation.pdf.gz | 461.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7vmh_full_validation.pdf.gz | 466.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7vmh_validation.xml.gz | 18.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7vmh_validation.cif.gz | 26.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/7vmh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/7vmh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7vmfSC 7vmiC 7vrrC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11886.490 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: HDT4, HD2D, HDA13, At2g27840, F15K20.6 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9M4T3 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.66 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M l-proline, 0.1 m HEPES pH 7.5, 24% W/V PEG 1500 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97947 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97947 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→46.29 Å / Num. obs: 38947 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 3.7 % / Num. unique obs: 2203 / CC1/2: 0.819 / % possible all: 88.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7VMF 解像度: 1.85→44.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 3.884 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.881 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→44.96 Å
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拘束条件 |
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