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万見
- PDB-7vmf: Crystal structure of Arabidopsis thaliana HDT2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vmf
タイトルCrystal structure of Arabidopsis thaliana HDT2
要素Histone deacetylase HDT2
キーワードCHAPERONE / HDT / HD-tuin / Nucleoplasmin / Histone chaperone / HD2B / HDT2
機能・相同性
機能・相同性情報


polarity specification of adaxial/abaxial axis / seed dormancy process / DNA-mediated transformation / root development / plant-type cell wall / plant-type vacuole / plastid / histone deacetylase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / nucleolus ...polarity specification of adaxial/abaxial axis / seed dormancy process / DNA-mediated transformation / root development / plant-type cell wall / plant-type vacuole / plastid / histone deacetylase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / mitochondrion / nucleus
類似検索 - 分子機能
Nucleoplasmin-like domain / Nucleoplasmin-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone deacetylase HDT2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.32 Å
データ登録者Kumar, A. / Bobde, R.C. / Vasudevan, D.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India) インド
Science and Engineering Research Board (SERB) インド
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2022
タイトル: Plant-specific HDT family histone deacetylases are nucleoplasmins.
著者: Bobde, R.C. / Kumar, A. / Vasudevan, D.
履歴
登録2021年10月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone deacetylase HDT2
B: Histone deacetylase HDT2
C: Histone deacetylase HDT2
D: Histone deacetylase HDT2
E: Histone deacetylase HDT2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8526
ポリマ－51,8295
非ポリマー231
水5,945330
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8100 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area19810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.106, 96.221, 196.299
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Histone deacetylase HDT2 / HD-tuins protein 2 / Histone deacetylase 2b


分子量: 10365.731 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: HDT2, HD2, HD2B, HDA4, At5g22650, MDJ22.7 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q56WH4
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2M ammonium phosphate dibasic pH-8.0, 20%W/V PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.07227 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07227 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.32→49.07 Å / Num. obs: 111734 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 1.32→1.34 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4443 / CC1/2: 0.853 / % possible all: 77.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6J2Z

6j2z


解像度: 1.32→46.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 1.786 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.05 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18915 5549 5 %RANDOM
Rwork0.16015 ---
obs0.1616 106115 94.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 1.1 Å / 減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.148 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.74 Å2-0 Å20 Å2
2--0.5 Å2-0 Å2
3---0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.32→46.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3613 0 1 330 3944
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0183695
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023501
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.711.8735011
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0532.8538137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9265473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.11526.071140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.83615631
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2593
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024112
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02740
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9691.9381901
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9681.9371900
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5362.9172368
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5362.9192369
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.792.341794
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.7892.3411795
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.373.3382643
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.65124.3593792
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.62824.0863715
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.22837196
LS精密化 シェル解像度: 1.32→1.354 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 341 -
Rwork0.213 6472 -
obs--78.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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